WHAM数据处理（Grossfield lab）

此文本记录利用Grossfield lab发布的WHAM代码进行伞状抽样的运行方法。具体代码可从网站下载：WHAM – Grossfield Lab (rochester.edu)

具体配置方法在其手册中有介绍。这里完善补充：

1.在Linux系统（以Ubuntu为例）中，新建文件夹WHAM，用于存放软件：

mkdir WHAM

2. 进入WHAM文件夹中，使用命令：

wget http://membrane.urmc.rochester.edu/sites/default/files/wham/wham-release-2.0.11.tgz 

下载最新版的WHAM代码。此链接的获取方式为：右击“here”，复制链接，即可。

3. 下载了软件的压缩文件（.tgz），输入命令进行解压缩（wham-release-2.0.11.tgz是我下载的软件版本，需要根据下载的版本进行相应修改）：

tar xvf wham-release-2.0.11.tgz 

4. 进入解压缩后的文件夹（wham）中，由于我需要进行一维的伞状抽样，故进入下一级wham目录中

5. 根据手册中的安装方法，首先输入命令：make clean，再输入命令：make，即完成了编译。编译后的文件如下：

 6. 此时程序即配置完毕，可以运算了。如果没有配置环境变量，则需要在此目录中新建子目录，将数据文件拷贝至此子目录中，并在子目录中运行wham命令，即可进行伞状抽样，具体命令详细格式为：

这里可以新建一个文件用于存储上述命令：wham.sh

存储内容(可以根据WHAM的设置自行修改)：wham 3 13 100 1e-8 353 0 metadata.dat PMF.dat

在终端中输入命令：sh wham.sh 即可运行上述命令

补充：配置wham的环境变量

若想在其它的目录中运行wham命令，则需要配置环境变量。具体方法如下：

1. 进入目录：

cd /etc/profile.d

2. 进入root模式，并新建文件，文件名自取：

vim my-path.sh

3. 输入下列代码：

export WHAM= /home/zxy/WHAM/wham/wham 

export path=$WHAM:$path

* WHAM是随便取的变量名，后面的路径是软件的路径

4. 保存并退出（wq）,在命令行中输入：

source /etc/profile

即设置好了wham的环境变量

5. 新建一个终端（命令行窗口），输入命令：

which wham

即配置好了环境变量

6. 在任何一个目录中，均可执行wham命令了。