MS建模后转成LAMMPS的data文件

本文介绍利用Materials Studio建模后，转换成LAMMPS的data文件。

1. 建模。在MS中建立模型，如下图所示。这里建的是一个CH4分子在石墨烯上。

 2. 赋予力场。模型导入LAMMPS中拟采用pcff力场参数。故在MS中，先用Forcite模块中的力场模块进行力场赋值。具体方式为：打开Forcite模块中的Calculation —>点击Energy选项卡 —> Forcefield中选择pcff —>点击旁边的more，打开对话框如下图所示。取消勾选“Calculate automatically”，依次点击箭头所示是的两个Calculate（分别赋力场参数和电荷）。完成后，关闭对话框。

3. 导出。点击程序菜单栏中的“File”—>"Export"，如下图所示。输出类型设置为.car，点击保存。

 

 4. 转换。利用lammps中自带的msi2lmp.exe进行转换，生成data文件。具体方式如下：

（1）找到msi2lmp.exe所在文件夹。如果没有配置环境变量，则需要将上一步生成的文件全部拷贝至这个文件夹中，并在此文件夹中进行后续操作。如果已经配置了环境变量，则在原来那个文件夹中操作即可。

（2）在文件夹的地址栏中，输入cmd，打开命令行，如下图所示。我的已经配置了环境变量，所以我没有把文件拷入msi2lmp.exe所在的文件夹中。

（3）输入命令：msi2lmp Graphene_CH4 -class 2 -frc pcff -i >data.dat

其中：Graphene_CH4 为MS导出的.car文件，-class后的2表示力场的类型，具体的可参考文件夹中的README文件。这里直接复制过来。

   -- -class  (or -c)
        # is the class of forcefield to use (I  or 1 = Class I e.g., CVFF)
                                            (O  or 0 = OPLS-AA)
                                            (II or 2 = Class II e.g., CFFx, pcff, COMPASS)

data.dat文件（名字可以随便取）记录了转换过程，如果文件最后出现“Normal program termination”，则表示转换成功。生成的data文件即包含了模型中各原子的力场信息参数。在LAMMPS的in文件中，直接用read_data命令即可调用。

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