21款生物信息在线分析工具汇编

1，promoter scan

功能：启动子预测

网址：https://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/

2,ORF finder

功能：ORF预测

网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/

3,NCBI-BLAST

功能：序列比对

网址：https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

4,MUSCLE

功能：运行速度比较快的多序列比对

网址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/#

5,CLUSTAL OMEGA

功能：DNA、RNA、蛋白的多序列比对

网址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

6,CLUSTALW2

功能：应用较广泛的多序列比对

网址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/

7,T-COFFEE

功能：准确度高,速度慢的多序列比对

网址：http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/

8,SimiTriX-SimiTetra

功能：多序列比对相似性展示

网址：http://cotton.hzau.edu.cn/EN/tools/BioERCP/simitrix.php

9, Venn图

功能：绘制Venn图

网址：http://www.biovenn.nl/index.php

10. Venn图

功能：绘制Venn图

网址：http://bioinformatics.psb.ugent.be/cgi-bin/liste/Venn/calculate_venn.htpl 

11，Venn图

功能：绘制Venn图

网址：http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html

12，WEGO

功能：绘制GO注释结果图 

网址：http://wego.genomics.org.cn/cgi-bin/wego/index.pl

13.  CIRCOS

功能：绘制圈图

网址：http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/

14.CIRCexplorer

功能：进行circRNA分析

网址：http://circexplorer2.readthedocs.io/en/latest/

15.iPath

功能：进行可视化通路图在线分析

网址：http://pathways.embl.de/

16.KEGG

功能：进行基因的代谢通路注释

网址：http://www.kegg.jp/blastkoala/

17.UCSC

功能：进行基因组可视化

网址：http://genome.ucsc.edu/index.html

18.IBS

功能：进行序列结构示意图绘制

网址：http://ibs.biocuckoo.org/online.php

19.RAP

功能：在线分析RNA-seq 

网址：https://bioinformatics.cineca.it/rap/

20.AUGUSTUS

功能：基因外显子内含子，UTR,注释

网址：http://bioinf.uni-greifswald.de/webaugustus/prediction/create

21.GSDS

功能：基因外显子内含子，UTR,domain等区域特征展示

网址：http://gsds.cbi.pku.edu.cn/