本文介绍了基因富集分析（GSEA）的基本概念和使用方法，包括GSEA的起源、基本思想和原理。GSEA通过预定义的基因集，对基因表达差异进行排序并检验富集情况，帮助解释基因表达数据。使用GSEA需要准备表达矩阵和CLS文件，遵循特定的数据格式，并确保有Java环境。官方资源提供了详细的操作指南和数据下载。
首先我们先了解一下什么叫做基因富集分析
基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法，富集是指将基因按照先验知识，也就是基因组注释信息进行分类。
2005年提出了基于基因集(gene set)定义的基因富集分析方法。 首先要定义基因集，也就是基于我们的先验知识（基因组注释信息），将基因富集，可以想象成，用一堆代表基因功能的箱子（bin）把具有相同或相似功能的基因装起来，起到了降维的作用，当然，每个基因可能同时参与好几种功能。
这样，得到这两组数据后，我们所分析的不是单个基因表达的差异，而是箱子与箱子之间的差异。由此，我们得到的数据更容易解释。
GSEA基本思想
使用预定义的基因集，将基因按照在两类样本中的差异表达程序排序，检验预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集。
GASEA原理
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