GSEA使用（初级）

首先我们先了解一下什么叫做基因富集分析 

基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法，富集是指将基因按照先验知识，也就是基因组注释信息进行分类。

2005年提出了基于基因集(gene set)定义的基因富集分析方法。  首先要定义基因集，也就是基于我们的先验知识（基因组注释信息），将基因富集，可以想象成，用一堆代表基因功能的箱子（bin）把具有相同或相似功能的基因装起来，起到了降维的作用，当然，每个基因可能同时参与好几种功能。

这样，得到这两组数据后，我们所分析的不是单个基因表达的差异，而是箱子与箱子之间的差异。由此，我们得到的数据更容易解释。 

 

GSEA基本思想  

使用预定义的基因集，将基因按照在两类样本中的差异表达程序排序，检验预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集。

 

GASEA原理