Affymetrix芯片分析：获取差异表达基因系列三_SAM

最新推荐文章于 2022-05-12 16:06:34 发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/summer_wangjia/article/details/50221375
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该博客介绍了如何使用R语言和Bioconductor库ArrayExpress、affy以及siggenes等进行Affymetrix芯片数据分析。通过加载哮喘相关基因表达谱数据，应用rma预处理，然后使用Significance Analysis of Microarrays (SAM) 方法进行差异表达基因分析，最终展示差异表达基因的SAM图和heatmap图。
摘要由CSDN通过智能技术生成

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("ArrayExpress")

library(ArrayExpress)

AEset<-ArrayExpress("E-GEOD-470")%GEO中哮喘相关的基因表达谱数据（编号GSE470） 

save(AEset,file="AEset.RData")

load("AEset.RData")

class(AEset)%三种查看方式

AEset

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summer_wangjia
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Affymetrix芯片分析：获取差异表达基因系列一
hellobear2012的专栏
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基因芯片（Affymetrix）分析3：获取差异表达基因
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Affymetrix芯片分析：获取差异表达基因系列二_Moderated t statistic
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用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor
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04-19
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FightingBob的博客
05-09 3万+
此次案例我们是要比较ARID1A这个基因突变与不突变两亚类肝癌病人哪些基因的表达存在差异（寻找差异基因）。
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zhu_si_tao的博客
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xxxxx
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r语言siggenes包_基于随机生存森林与网络拓扑信息的食管癌风险预测
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