(How to) Call somatic mutations using GATK4 Mutect2

Rawdata

• 对rawdata的fastq进行fastqc检查，决定是否cut某些位置，对所有数据进行了cut前10bp的操作

Data trimming

• 所有fastp参数详解 fastp-parameters

fastp --thread=16 -q 20 -l 50 -f 10 -F 10 -i tumor_R1.fastq.gz -o 
tumor_R1_clean.fastq -I tumor_R2.fastq.gz -O tumor_R2_clean.fastq

-l参数对长度低于50的reads进行过滤
-h -j可改变质控结果文件名

• 质量过滤
  -q, --qualified_quality_phred碱基质量值不小于多少时为合格碱基，默认碱基质量值15，默认碱基质量>=15是合格碱基；
  -u, --unqualified_percent_limit允许不合格碱基的占比为多少时去掉这条read,默认不合格碱基占比>40%时，去掉该read；
• 整体切除
  -f -F对R1和R1分别cut开端多少bp
  -t -T对R1和R1分别cut尾部多少bp

Prepipline 数据预处理 bwa-bqsr

• BWA

bwa mem -t 24 -R "@RG\tID:tumor\tSM:tumor\tLB:WES\tPL:Illumina" /data2/references/Homo_sapiens/hg38.genomic.fa /data1/01.projects/USER006/cleandata/tumor_R1_clean.fastq 
/data1/01.projects/USER006/cleandata/tumor_R2_clean.fastq > /data1/01.projects/USER006/mapping/tumor.sam

• SortSam

samtools view -bS tumor.sam > tumore.bam

samtools sort -@ 5 tumor.bam -o tumor.sorted.bam

samtools index tumor.sorted.bam