SRA数据下载

最新推荐文章于 2024-03-21 20:45:00 发布

肉乎乎乎乎乎乎~~

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SRA数据下载

##SRA_TOOLKIT 使用方法
fastq-dump --defline-seq ‘@ $KaTeX parse error: Expected group after '_' at position 4: sn[_̲$ rn]/$ri’ --split-files SRR351933.sra

如果使用fastq-dump下载数据太慢，中间可能会断，可以直接下载sra文件，然后在去拆分。
##SRA 数据地址
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR850/SRR8506855/SRR8506855.sra
##SRA to fastq
sratoolkit/sratoolkit.2.9.0-ubuntu64/bin/fastq-dump.2.9.0 --split-files SRR8506855.sra

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下载SRA数据

single0202的博客

09-15

520

下载NCBI SRA Toolkit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software 从文献找到数据的SRR编号 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/ Studies->Experiments->Samples->Runs SRP->SRX->SRS->SRR 下载数据 prefetch SRR****** prefetch下载的数据在home目录下的ncbi目

下载sra原始数据（包含储存在sra-sos的数据）

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对于一个做生信分析的学生，从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能。 sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRA Toolkit软件包下载。但是实际上，我尝试了无数次，aspera也装了，但都不能下载。但是sra toolkit的软件包还是要装的，因为之后需要用其中的fastq-dump把sra转换成fastq文件。获取想要的data的SRR号发表的文章后面都是......

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从 NCBI SRA 数据库下载文件——获取想要的数据

鬼话

03-20

7577

事情是这样的，最近啊，在研究拟南芥叶片的数据，需要下载一批数据，之前整理过Sra-ToolKit的安装使用，这次干脆整理一下我知道的NCBI数据搜索和下载的方式😑全称：Sequence Read Archive，是一个公开可访问的存储和共享高通量测序数据的中心资源库。它由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护，该中心是美国国家医学图书馆（NLM）的一部分。

SRA数据下载（通过EBI-ENA数据库，使用ASpera）

weixin_44616693的博客

02-22

7788

SRA数据下载（通过EBI-ENA数据库，使用ASpera）这是本人的第一篇文章，欢迎浏览提问，我会在最快时间内答复。谢谢大家。本文主要是针对新手下载SRA数据过程，我本人已亲自实践有效。按照本文下载SRA数据，需要提前安装Linux系统（常用CentOs或Ubuntu）。需要一定的Linux系统的操作命令认识以及生信知识（包括NCBI数据库检索等）。 SRA简识 SRA数据：一种储存高通量测序数据格式。高通量测序：即NGS和TGS，通常数据产出在几十到几百MB不等各种检索号 PRJNA：study

SRA数据下载方法总结

weixin_44065382的博客

09-21

8538

SRA数据常用的下载方法研究生了，对以往的知识进行一个复习和总结吧。 SRA数据库存储了现在主要高通量测序平台的原始测序数据和和比对信息，包括了SRA、EBI、DDBJ、JGI等数据库的信息。（这里分享一个小的知识点，现在可以不只依赖NCBI进行查找和下载，国家基因组科学数据中心（NGDC）官网已经进行了整合）。对于NGDC数据库的使用在这里就暂时不细说了，看后面有没有必要吧，使用方法更加贴合中国人的习惯的。言归正传，现在SRA数据的下载主要有以下5个方法： 1、NCBI官方提供的SRA Toolki

linux下载sra数据库,NCBI-SRA数据下载的3种方法

weixin_42472941的博客

05-03

1662

SRA 数据库，为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的原始数据，来自四个测序平台，分别为：Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的方法也有很多，这里来简单总结一下。方法一：SRA　Tookit下载SRA Tookit　是NCBI 提供的下载软件，我们需要下...

单细胞RNA测序（scRNA-seq）SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分.md

最新发布

05-12

单细胞RNA测序（scRNA-seq）SRA数据下载及fastq-dumq数据拆分

sra数据下载

weixin_45161743的博客

02-09

2305

xxx’x

sra下载原始数据

生信小博士的博客

01-14

1145

1、prefetch SRRxxxxxx ～/ncbi/public/sra 2、fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3、SRA、SAM以及Fastq文件高速下载方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive：隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information)，它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据 (met...

下载SRA文件

weixin_34146410的博客

11-15

516

sratoolkit.2.6.2-centos_linux64/bin/prefetch 下载SRA文件 fastq-dump --split-3 SRR2923014.sra 转成fq文件

<二代測序> 批量下载 NCBI sra 文件

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08-10

241

本文近期更新地址： http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51078460 前文 http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222 介绍了如何採用 sra-toolkit 下载 sra 文件，可是假设你想下载整个项目的全部样本。应该如何批...

3.windows下Ubuntu，sratoolkit软件，从ncbi的sra数据库下载数据。

weixin_69558614的博客

03-21

1337

vim ~/.bashrc，添加 export PATH="/mnt/h/softwore/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64/bin/:$PATH" ，保存退出后，source ~/.bashrc，激活。在SRA数据库中可以找到很多的测序数据，可以在网页中搜素，找到自己感兴趣的数据，同时在SRA中搜索数据的方式方法也有很多，大家可以自学一下，最终找到自己感兴趣的数据。在NCBI的SRA数据库中，可以找到来自各种生物种类的测序数据，包括但不限于动物、植物、微生物等。自动解压：下载完成后，

sra-download:使用sra-toolkit批量下载已发布的数据

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sra下载使用sra-toolkit批量下载已发布的数据将所有登录号添加到SRaAccList.txt 相应地在sample_list.txt中定义样品名称运行sra-download.sh

RNA-seq——二、sra数据下载、fastqc与质量控制

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2007

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wangprince2017

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RNA-seq——快速下载SRA数据、解决fq文件中测序质量全为 ‘?‘ 的问题

Dzfly

08-19

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写在前面——在学习RNA-seq时，需要从网上下载公开数据集来上手分析，大部分教程都很古老，其中在ncbi中ftp的下载链接已经不存在了，甚至可以直接下载fastq文件。但是，直接下载的fastq文件做fastqc之后结果为一条直线，因为文件里的测序质量都是30，要想下载带正常质量数据的文件需要换一种方法。

RNA-seq流程学习笔记（1）-Ubuntu系统安装SRA数据下载软件Aspera connect和SRT-Toolkit

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目前学习了半个月左右，关于Linux系统和Python语言的一些经验和心得后期再整理，先把前两天解决的Aspera软件经验记录一下，免得时间久了忘记。 ————————————————————————————————————————————— 自己本身是做分子生物学的，所以对生物信息的知识很是匮乏，按照自己性格，从头开始学习生物信息学是啥，参考了网上“生物信息学数据库资源”的文章，里面介绍了几个重要的数据库：NCBI、EBI、UCSC等，了解以后需要分析的数据到底是啥玩意；参考“使用aspera下载.fas

NCBI数据下载-sra

gaomeihong1993的博客

08-01

709

NIBI数据下载-sraNCBI数据下载步骤进入NCBI选择需要的数据选择需要的数据查看数据相信信息点击数据连链接，进入下载页面下载并安装SRA Toolkit NCBI数据下载步骤 NCBI具有强大的功能，今天就sra数据下载为例进行简单的介绍进入NCBI 百度NCBI官网，点击进入，或者直接搜索链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 选择需要的数据如下图所示，这里...