PyG中自定义Data的注意事项（__cat_dim__）

最新推荐文章于 2024-03-16 21:10:36 发布

sanananana

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分类专栏：代码笔记文章标签：深度学习人工智能

本文链接：https://blog.csdn.net/tagagi/article/details/125374881

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记录一个超超超超超令人无语的事件

下载PyG跑源码，然后使用DataLoader加载自定义的数据，结果报错：

__cat_dim__() takes 3 positional arguments but 4 were given

找不到原因，看了一下博客，GNN学习笔记（八）：超大规模数据集类的创建、图预测任务实践_唠叨小主的博客-CSDN博客_二部图数据集

将其中第5节的代码拿下来跑，也是报的一样的错误

实在没有办法，在本地电脑上配好了环境，打算用pycharm一步一步debug

结果代码一粘贴进来就出现了警告：

重写的方法没有对应上！！！！！！！

最后找到BaseData类的原始方法：

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sanananana

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专栏目录

使用PyG创建自定义图数据集

HnrzLinux的博客

09-26

263

PyG（PyTorch Geometric）是一个用于处理图数据的Python库，它提供了创建和处理图数据集的功能。的自定义数据集类，并实现了必要的方法。最后，我们实例化了自定义数据集类，并展示了如何访问和使用图数据。通过使用PyG的强大功能，我们可以轻松地创建和处理自定义的图数据集，以供图神经网络模型的训练和评估使用。上述示例只是一个简单的示范，你可以根据自己的需求和数据集的特点来自定义更复杂的图数据集类。的自定义数据集类，并实现了必要的方法。方法中，我们调用了父类的构造函数，并传递了。

【PyG】DATA（torch_geometric.data.Data ）之学习

devil_son1234的博客

06-19

917

在Data里包含了样本的 label，这意味和 PyTorch 稍有不同，在PyTorch中，我们重写Dataset的__getitem__()，根据 index 返回对应的样本和 label；在 PyG 中，我们使用的不是这种写法，而是在get()函数中根据 index 返回torch_geometric.data.Data类型的数据，在Data里包含了数据和 label；在实际的应用场景中，图的形式多种多样，单纯的使用 x 和 edge index 是无法描述这众多的图结构的；存储节点的坐标，形状是。

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PyG自定义数据集学习笔记（持续更新

weixin_45928096的博客

09-18

7354

PyG 提供了torch_geometric.data.Data用于构建图。除了使用benchmark数据集进行实验外，还可以自定义数据集，其方式与Pytorch类似，需要继承数据集类。PyG中提供了两个数据集抽象类： torch_geometric.data.InMemoryDataset：用于构建内存数据集（小数据集），继承自Dataset，一次性加载所有数据到内存。 torch_geometric.data.Dataset：用于构建大型数据集（非内存数据集），分次加载到内存；

在pyG上定义数据集

qq_42766639的博客

06-28

564

使用数据集的一般过程 PyG定义了使用数据的一般过程：从网络上下载数据原始文件；对数据原始文件做处理，为每一个图样本生成一个Data对象；对每一个Data对象执行数据处理，使其转换成新的Data对象；过滤Data对象；保存Data对象到文件；获取Data对象，在每一次获取Data对象时，都先对Data对象做数据变换（于是获取到的是数据变换后的Data对象）。实际中并非需要严格执行每一个步骤，以上步骤在特定的条件下可以被跳过，具体内容在下文里会学到。创建内存数据集为了创建torch_geometric.d

PyG学习 - DATA（torch_geometric.data.Data ）

qq_40671063的博客

08-09

6567

PyG学习 - DATA（torch_geometric.data.Data ）

PyG-Data和Dataset篇

图挖掘领域，新晋砖家 ☞ 未来可期，欢迎和静静一起学习交流吖

02-23

4244

转载目录系统需求 PyTorch Geometric 基础知识 Data 类 Dataset DataLoader MessagePassing 示例：SageConv 示例：RecSys Challenge 2015 数据预处理 Preprocessing 创建 Dataset 创建图网络（Graph Neural Network）训练 Validation 训练结果(测试) 系统需求要求至少安装 PyTorch 1.2.0 版本。 $ python -c "

PyG MessagePassing代码注释

纪大福

08-06

459

PyG MessagePassing代码注释 import os import re import inspect import os.path as osp from uuid import uuid1 from itertools import chain from inspect import Parameter from typing import List, Optional, Set from torch_geometric.typing import Adj, Size import tor

PyG文档之五：小批量 mini-batch

Yichar的博客

08-24

4647

创建小批处理对于让深度学习模型的训练扩展到大量数据是至关重要的。不是一个接一个地处理示例，而是将一组示例分组成一个统一的表示，这样可以有效地并行处理。在图像或语言领域，这个过程通常是通过将每个示例重新调整或填充成一组大小相等的形状来实现的，然后将示例分组到另一个维度中。这个维度的长度等于分组在一个小批处理中的样本数量，通常称为batch_size 由于图是最通用的数据结构之一，可以容纳任意数量的节点或边，因此上面描述的两种方法要么不可行，要么会导致大量不必要的内存消耗。在PyTorch geometry中，

GAT学习：PyG实现GAT（图注意力神经网络）网络（一）

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StarfishCu的博客

10-23

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PyG实现GAT网络预备知识代码分析完整代码GAL层目前PyG的教程几乎都是教怎么实现GCN的，但关于实现GAT的没找到PyG的实现，基本都是Pytorch。Paper需要，学习了GAT，为了保证和GCN用同一框架实现，所以用PyG实现了GAT，这里记录下来，用PyG搭建了GAT网络。预备知识 1.GAT的原理移步这里向往的GAT，介绍的很详细。 2.PyG的基本操作移步这几篇： GCN学习：Pytorch-Geometric教程（一） GCN学习：Pytorch-Geometric教程（二） GCN学

PYG(Pytorch Geometric)中文说明书——第3章TUTORIALS

qq_37415491的博客

08-02

1891

本文为pyg官网的中文翻译（官方原版链接 https://pytorch-geometric.readthedocs.io/en/latest/），并加入了一些其他网上大佬和自己的理解。如有翻译理解不当之处还请各位多多指出，非常感谢！ 3.1Creating Message Passing Networks 将卷积算子推广到不规则域通常表示为邻域聚合或消息传递方案。用表示第（k-1）层中节点 i 的特征，表示节点 j 到节点 i 的(可选)边缘特征，消息传递图神经网络可以描述为其中表示一个可微的，排列

PyG:torch_geometric Data类

zerokusinage的博客

03-16

1207

简要介绍torch_geometric(PyG)库的同构图对象

PyTorch Geometric(PYG)-实现小批量data类中__inc__与__cat_dim__的含义与作用

qq_41795143的博客

03-02

2638

PYG中实现小批量data类中__inc__与__cat_dim__的含义与作用 1.作用此两个函数出现在pytorch geometric实现批量操作时，batch集行为的自定义修改方法，两种方法都是为了解决多个数据之间的拼接问题。 2.直观图解官方初始定义，均对某一属性值进行判定 def __inc__(self, key, value): if 'index' in key or 'face' in key: return self.num_nodes else

【GNN】task1-简单图论 & Data类-PyG中图的表示及使用

发现问题，并解决问题，批判性思维

06-17

2134

文章目录第一部分：开篇为什么要在图上进行深度学习？问题的分类将神经网络应用于图的挑战参考资料第二部分：简单图论图结构数据一、图的表示二、图的属性三、图的种类四、图结构数据上的机器学习五、应用神经网络于图面临的挑战六、结语参考资料第三部分：Data类——PyG中图的表示及其使用转`dict`对象为`Data`对象Data对象转换成其他类型数据获取`Data`对象属性设置`Data`对象属性获取`Data`对象包含的属性的关键字对边排序并移除重复的边`Data`对象的其他性质作业第四部分：Dataset类——P

cat

屠龙之术

09-24

249

matlab函数cat的介绍：功能：沿指定维度连接数组句法：C =cat（dim，A，B） C = cat（dim，A1，A2，A3，A4，…）解释：C = cat（dim，A，B）将数组A和B连接在由dim指定的维度的数组上。 dim参数必须是实数，正整数值。 C = cat（dim，A1，A2，A3，A4，…）沿数组的维度dim连接所有输入数组（A1，A2，A3，A4等...

GNN入门之路07

m0_37671786的博客

04-11

1536

GNN入门之路07

PyG教程(4)：自定义数据集

LW的技术小筑

06-10

2753

在PyG中，除了直接使用它自带的benchmark数据集外，用户还可以自定义数据集，其方式与Pytorch类似，需要继承数据集类。PyG中提供了两个数据集抽象类：下面是对其的详细介绍。

第十九课.Pytorch-geometric扩展

白景屹的博客

09-16

2901

目录用GraphGym管理实验用GraphGym管理实验

PyG创建自定义Graph图数据集

CSDN 精品推荐

01-22

2953

PyG内置了很多常用的数据集，例如CoraENZYMES等图经典任务数据集，如果还需要其它论文中的数据集，可以参考该网站，里面包含了很多图任务的数据集，可以根据自己任务需求去下载。但是很多时候这些数据并不适合我们，我们需要将自己的数据集封装到PyG的Data类中，这时就需要自定义PyG的数据类，对于PyG中的数据实例类为。

在PyG上构建自己的数据集

为援不可图

09-02

5547

本部分用到的也是Cora数据集，但是不是官方版本的数据集，而是非常平易近人的风格，拿来就可以使用。

import scipy.io import torch from torch_geometric.data import Data from torch_geometric.nn import GNNExplainer from torch_geometric.utils import to_networkx import matplotlib.pyplot as plt import networkx as nx from edge_index_to_adj_node_edge import edge_index_to_adj_node_edge # 加载 .mat 文件 mat_file = "D:/GNN/wy0303-62OLD/data/data0318/data0318.mat" # 替换为你的 .mat 文件路径 mat_data = scipy.io.loadmat(mat_file) # 提取数据 edge_index = mat_data['edge_index'] # 边的索引 n_s = mat_data['n_s'] # 源节点特征 n_d = mat_data['n_d'] # 目标节点特征 m_s = mat_data['m_s'] # 可能是边特征 m_d = mat_data['m_d'] # 可能是边特征 E = mat_data['E'] # 可能是一些额外的图特征 sc = mat_data['sc'] # 可能是额外的图特征 adj_matrix = edge_index_to_adj_node_edge(edge_index) # 如果存在邻接矩阵 # 转换为 PyTorch 张量 edge_index_tensor = torch.tensor(edge_index, dtype=torch.long) node_features_tensor = torch.cat((torch.tensor(n_s, dtype=torch.float), torch.tensor(n_d, dtype=torch.float)), dim=0) # 处理节点特征（聚合特征维度，得到一个二维张量） node_features_processed = node_features_tensor.mean(dim=(1, 2, 3)) # 你可以根据需要修改此方法 # 创建 PyTorch Geometric 数据对象 data = Data(x=node_features_processed, edge_index=edge_index_tensor) # 加载预训练的模型 model = torch.load('D:/GNN/wy0303-62OLD/best_model.pt') model.eval() # 设置为评估模式 # 选择一个节点进行解释 node_idx = 0 # 选择图中的一个节点进行解释 # 使用 GNNExplainer 进行解释 explainer = GNNExplainer(model, epochs=200) print(f"edge_index type: {type(data.edge_index)}") print(f"edge_index shape: {data.edge_index.shape}") # 在调用 explain_node 时传递所有额外的输入（包括 edge_index） # 这里我们明确传递 edge_index 给模型和 explainer # n_s, n_d, m_s, m_d, E, sc,edge_index,adj_matrix explanation = explainer.explain_node( node_idx, data.x, data.edge_index, m_d=m_d, m_s=m_s, E=E, sc=sc, adj_matrix=adj_matrix, ) # 可视化结果 G = to_networkx(data) # 转换为 NetworkX 图对象 pos = nx.spring_layout(G) # 获取图的布局 # 可视化图 plt.figure(figsize=(8, 8)) nx.draw(G, pos, with_labels=True, node_color='lightblue', node_size=500) nx.draw_networkx_edges(G, pos, edgelist=explanation.edge_mask, edge_color='r'

最新发布

04-03

<think>好的，我现在需要帮助用户解决如何使用PyTorch Geometric和GNNExplainer对图神经网络模型进行解释并生成可视化边重要性掩码的问题。首先，我得回忆一下相关的知识，特别是关于GNNExplainer的实现步骤和PyTorch Geometric的用法。用户提到了他们之前学过在GNN上使用GNNExplainer，现在想具体实现。首先，我需要确认GNNExplainer的基本原理。GNNExplainer通过生成边的重要性掩码来解释模型的预测，这意味着它会为图中的边分配重要性分数，显示哪些边对模型的预测影响最大。这应该涉及到训练一个解释器，该解释器优化掩码以突出重要的子图结构。接下来，用户需要使用PyTorch Geometric（PyG）来实现。PyG是一个常用的图神经网络库，内置了一些解释工具，可能包括GNNExplainer。我需要检查PyG的文档，确认是否有现成的GNNExplainer类。例如，PyG的`torch_geometric.explain`模块中可能已经包含了这个工具，或者可能需要从其他库引入。然后，步骤可能包括：加载预训练的GNN模型，准备数据（比如Twitch数据集），初始化解释器，生成解释，最后可视化结果。需要注意的是，数据需要转换成PyG的Data对象格式，包含节点特征、边索引等信息。在代码实现方面，用户可能需要先导入必要的模块，比如`GNNExplainer`来自`torch_geometric.explain`，然后加载模型和数据。之后，调用解释器的explain方法，传入输入数据和目标类别，得到边的重要性掩码。掩码可能存储在`edge_mask`属性中，这是一个张量，表示每条边的重要性分数。关于可视化，PyG可能有内置的可视化函数，或者需要使用matplotlib等库将边的重要性映射到颜色或宽度上。例如，可以使用networkx来绘制图，并根据掩码值调整边的显示样式。需要确保节点和边的位置正确，并且重要性分数能够直观地展示出来。用户可能遇到的问题包括：如何正确配置解释器的参数（比如epoch数、学习率），如何处理不同的任务类型（如图分类或节点分类），以及如何调整可视化以便更清晰地展示重要边。此外，引用提到的Captum库和积分梯度方法可能需要区分，但用户的问题明确指向GNNExplainer，所以应专注于该方法的实现。还需要注意引用用户提供的参考文献，特别是引用[1]和[3]，其中提到PyTorch Geometric的可解释性机制和GNNExplainer的应用。在回答中需要适当引用这些资料，确保符合用户的引用格式要求。总结步骤： 1. 导入必要的库和模块。 2. 加载预训练的GNN模型和数据集。 3. 初始化GNNExplainer，设置参数。 4. 生成边掩码和节点特征掩码。 5. 可视化结果，突出显示重要边。需要验证这些步骤是否在PyG的最新版本中适用，因为库的API可能会有变化。例如，旧版本可能需要不同的导入路径或方法调用。此外，示例代码的正确性很重要，比如数据加载部分是否正确处理了节点特征和边索引，解释器是否正确应用在模型上。可能还需要考虑如何将生成的掩码应用到原始图上，提取重要的子图结构，并解释这些结构的意义。例如，在社交网络数据中，重要的边可能代表用户间的重要连接，影响模型的分类决策。最后，用户可能需要调整可视化参数，比如颜色映射、节点大小、边的宽度等，以更清晰地展示结果。这部分可能需要指导用户如何自定义这些参数，或者提供示例代码片段。</think>以下是如何使用PyTorch Geometric和GNNExplainer实现图神经网络可解释性的步骤详解： ### 一、环境准备与数据加载 1. 安装依赖库： ```python !pip install torch torch-geometric matplotlib networkx ``` 2. 加载Twitch社交网络数据集（示例）： ```python from torch_geometric.datasets import Twitch dataset = Twitch(root='data/twitch', name='DE') data = dataset[0] # 获取第一个图数据 ``` ### 二、模型构建与解释器初始化 ```python import torch from torch_geometric.nn import GCNConv, global_mean_pool from torch_geometric.explain import GNNExplainer # 定义简单GCN模型 class GCN(torch.nn.Module): def __init__(self, hidden_dim=64): super().__init__() self.conv1 = GCNConv(dataset.num_features, hidden_dim) self.conv2 = GCNConv(hidden_dim, dataset.num_classes) def forward(self, x, edge_index, batch=None): x = self.conv1(x, edge_index).relu() x = self.conv2(x, edge_index) return x if batch is None else global_mean_pool(x, batch) model = GCN() model.load_state_dict(torch.load('pretrained_gnn.pth')) # 加载预训练模型 # 初始化解释器 explainer = GNNExplainer(model, epochs=200, lr=0.01) ``` ### 三、生成边重要性掩码 ```python # 对单个图进行解释（图分类任务） node_mask, edge_mask = explainer.explain_graph( x=data.x, edge_index=data.edge_index, target=data.y ) # 边重要性分数标准化 edge_mask = (edge_mask - edge_mask.min()) / (edge_mask.max() - edge_mask.min()) ``` ### 四、可视化实现 ```python import matplotlib.pyplot as plt import networkx as nx def visualize_masks(data, edge_mask): G = nx.Graph() pos = nx.spring_layout(nx.from_edgelist(data.edge_index.t().numpy()), seed=42) # 添加带权重的边 for (u, v), w in zip(data.edge_index.t().numpy(), edge_mask.numpy()): G.add_edge(u, v, weight=float(w)) # 绘制网络 plt.figure(figsize=(10,8)) edges = G.edges() weights = [G[u][v]['weight']*5 for u,v in edges] # 边宽度反映重要性 nx.draw(G, pos, with_labels=False, node_size=50, edge_color=weights, edge_cmap=plt.cm.Blues, width=weights) plt.colorbar(plt.cm.ScalarMappable(cmap=plt.cm.Blues), label='Edge Importance') plt.show() visualize_masks(data, edge_mask) ``` ### 五、结果解读生成的可视化图中： - 边颜色越深/宽度越大表示重要性分数越高 - 这些边构成对模型预测起关键作用的子图结构 - 可结合领域知识分析这些边代表的实际意义（如社交网络中的强关联关系）[^1][^3]