本文详细介绍了如何使用BWA MEM将经过质控的测序数据比对到人类参考基因组上。首先，讲解了BWA的三个算法，重点介绍了BWA MEM，并提到了构建索引和比对的两个主要步骤。在建索引阶段，讨论了参数p和a的选择，而在比对阶段，解析了-R、-t和-M等关键参数的用法。最后，提供了创建索引和比对的shell脚本示例。
在获得下机数据后，做的第一步是质控。质控工具有很多，这里就不做一一介绍了。这里讲如何使用BWA MEM将质控合格的数据比对到参考基因组上。
BWA是一款基于BWT的快速比对工具，其由三个算法组成。这三个算法分别是：BWA backtrack, BWA SW and BWA MEM。其中，BWA MEM是最新的，其更快更准确，更适合用于人重数据分析。对于上述三种算法，首先需要使用索引命令构建参考基因组的索引，用于后面的比对。所以，使用BWA整个比对过程主要分为两步，第一步建索引，第二步使用BWA MEM进行比对。BWA命令中参数众多，这里不一一讲解，只讲解最常用的几个，具体命令如下：
建立索引：bwa index [-p prefix] [-a algoType] <ref.fa>
参数详解：ref.fa——参加基因组文件，作为输入文件；
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