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miRWalk是一个综合性的miRNA靶基因数据库,收录了人,小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息,和mirDIP类似,也是一个整合型数据库,整合了来自miRDB, TargetScan, miRTarBase等数据库中的信息,网址如下
http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/
该数据库中共包含以下5个物种的miRNA靶基因信息
human
mouse
rat
dog
cow
官网提供了两种检索功能
1. 一次检索一个miRNA/gene
检索框如下
对于miRNA
, 支持mirBase数据库中的ID和编号,也支持miRNA family的名字。
对于Gene
, 支持gene symbol, Entrez Id, Ensembl-ID等多种格式,也支持输入对应的转录本ID, 比如Refseq
和Ensembl
数据库中的转录本ID。
检索结果如下所示
页面非常简洁,只有一个结果下载的功能。