Alpha Fold 2

最新推荐文章于 2023-04-23 15:51:48 发布
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分类专栏： learning note 文章标签： 机器学习 算法 深度学习
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版权

蛋白质结构预测

写在前面

开源链接： https://github.com/deepmind/alphafold
论文链接：https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2_reference.pdf

一、what is embedding?

embedding在深度学习领域的最初切入点是manifold hypothesis（流形假设）：自然的原始数据是低纬的流形嵌入于（embedding into）原始数据所在的高维空间（比如一个三维球体上的每一个点都可以用二维经纬度来表示）。在深度学习中，embedding是将高纬的原始数据（图像，句子）映射到低维流形（比如映射为一个表征向量）并使其变得可分。

二、基础知识

1.蛋白质结构

蛋白质预测任务的定义：输入氨基酸序列，预测其三维结构坐标（即蛋白质中每个原子的三维坐标）。碳基生物中的NH2-CH-COOH

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专栏目录
使用AlphaFold2进行蛋白质结构预测
Cloudam的博客
11-07 2744
为什么这个文件不行？目前，AlphaFold2的源代码已经在GitHub上公开，而且现在科学家正在利用AlphaFold2对已有的蛋白数据库进行高通量的预测，建立了一些模式生物物种所有蛋白的AlphaFold2预测结构数据库（https://alphafold.ebi.ac.uk/）。可以看到，虽然利用AlphaFold2预测了这么多生物的数据库，但是并未覆盖所有的蛋白序列数据库，所以只有搭建本地的AlphaFold2服务，你才能用AlphaFold2随心所欲的预测自己研究蛋白的结构。
Alphafold2是人工智能对科学领域最大的一次贡献
豆豆的博客
12-24 608
　　7月16日，英国《自然》杂志发表了一项结构生物学最新研究，人工智能公司DeepMind的神经网络Alphafold2预测的蛋白质结构能达到原子水平的准确度。 　　蛋白质折叠问题被认为是人类在21世纪需要解决的重要科学前沿问题之一。研究蛋白质结构，有助于了解蛋白质的作用，理解蛋白质如何行使其生物功能，认识蛋白质与非蛋白质之间的相互作用，对于生物学、医学和药学等都非常重要。 　　在50多年的时间里，研究人员一直尝试根据蛋白质的氨基酸序列预测其折叠而成的三维结构。然而，当前使用的计算方法准确度有限，实验方法对
AlphaFold2算法详解
Daisy4的博客
01-04 1万+
正文：https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2 补充文件：https://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41586-021-03819-2/MediaObjects/41586_2021_3819_MOESM1_ESM.pdfhttps://static-content.springer.com/esm/art%3A10.1038%2Fs41586-021-03819-2/Med
AI 最新突破集锦 AI的瓶颈和进展 AI控制核聚变 AI预测蛋白质3D结构 Alpha Fold2 AI证明数学公式 自动驾驶 AI替代的硬件
AI架构师易筋
03-23 1930
大名鼎鼎的 DeepMind 公司，它是全球最大的 AI 研究机构。在围棋比赛中战胜人类的 AlphaGo、预测蛋白质结构的 AlphaFold2、战胜星际争霸世界冠军的 AlphaStar，都出自 DeepMind。DeepMind被谷歌公司以6亿美元的价格收购。 1. 控制核聚变的 AI – Deep Mind 在巨大的热量和重力下，太阳核心中的氢原子核相互碰撞，聚合成更重的氦原子，并在此过程中释放出大量能量。数十年来，科学家和工程师们探索通过形似甜甜圈的托卡马克装置，约束等离子体，从而达成可控核聚变的
AlphaFold2
Seraph09的博客
07-27 831
DeepMind的AlphaFold 2解读! 蛋白质折叠的AI突破! https://www.bilibili.com/video/BV1Bh411Z74n/?spm_id_from=trigger_reload https://www.bilibili.com/video/BV1Bo4y197Yv?from=search&seid=13773497593136628881 https://www.bilibili.com/video/BV1cT4y1M7jK?from=search&s
【实用教程】使用AlphaFold2进行蛋白质结构在线预测
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03-20 9万+
使用Colab进行简单快速的AlphaFold2在线的蛋白质三维结构预测
scala-fold:可折叠
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_List ( 1 , 2 , 3 ).foldWith(sum[ Int ])例子简单的整数和scala > import fold . _import fold . _scala > import Fold . _import Fold . _scala > Seq ( 1 , 2 , 3 ).foldWith(sum[ Int ])res1 : Int =
fold命令 限制文件列宽
01-09
fold命令会从指定的文件里读取内容，将超过限定列宽的列加入增列字符后，输出到标准输出设备。若不指定任何文件名称，或是所给予的文件名为”-“，则fold指令会从标准输入设备读取数据。 语法格式：fold [参数] ...
FOLD
10-24
2. **字体格式**：如.TTF（TrueType Font）、.OTF（OpenType Font）等，决定了字体如何在不同平台上被识别和使用。 3. **字体样式**：粗体、斜体、下划线等，用于增强文字的视觉效果和表达含义。 4. **字体大小**...
Linux fold命令用法详解
01-09
Linux fold命令 Linux fold命令用于限制文件列宽。 fold指令会从指定的文件里读取内容，将超过限定列宽的列加入增列字符后，输出到标准输出设备。若不指定任何文件名称，或是所给予的文件名为”-“，则fold指令会从...
How To Fold It
11-08
How To Fold It MIT 几何折叠算法主讲教授专著
AlphaFold2无痛安装教程(超级详细)
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无痛安装和使用AlphaFold2
四大顶级专家谈AlphaFold2：关于技术细节、局限与意义
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2020-12-16 03:25:07 AlphaFold2的胜利就像是一场接力赛，往往是跑到最后一棒的人会有更多的高光时刻。但是，我们依然要记住为这门学科贡献智慧的人。 来源 | 医健AI掘金志 作者 | 李雨晨、刘海涛 尽管，距离Deepmind公司AlphaFold2的横空出世，已经过去了两周的时间，但是围绕AlphaFold2的讨论热度依然不减。 AlphaFold2是否是完美无缺，如果不是，它的“胜利”具体体现在哪些项目上？AlphaFold2对结构生物学的影响有哪些，哪些方向能
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技术干货 | AlphaFold/ RoseTTAFold开源复现（1）—推理复现
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最近AlphaFold开源，比较火，项目组也尝试进行复现，有些经验给大家分享一下，包括推理复现、训练复现、分布式训练复现等，今天先介绍一下推理的复现。蛋白质结构预测背景与问题描述蛋白质几乎参与所有生命现象，从催化化学反应的酶、到对抗病毒的抗体、以及作为信号物质的胰岛素。决定蛋白质功能的是由氨基酸序列折叠形成三维结构，各种蛋白质相互结合从而去影响生命现象。因此有“序列决定结构，结构决定功能”的说法。1972年诺贝尔化学奖的获奖演说中，克里斯蒂安·安芬森（Christian Anfinsen）提出了一个著名的假
诺奖级成果开源！为什么说AlphaFold2足以改变全人类？
夕小瑶科技说
07-18 1644
文 | 炼丹学徒编 | 小轶前天，AlphaFold2开源，相信大家被大大小小的公众号刷屏了。谷歌Deepmind团队此前使用基于Transformer的模型，在CASP14比赛上，刷新蛋...
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蛋白质对于人体和生命来说 　　 　　犹如高楼大厦中的一砖一瓦 　　 　　失去蛋白质,生命也会如同 　　 　　缺少材料的大楼般轰然倒塌 　　 　　人体中存在众多类型的蛋白质,如人体免疫系统的抗体蛋白、胶原蛋白、抗冻蛋白、核糖体等,每种蛋白质都有自己独特的蛋白质三维结构。研究蛋白质,对于生命科学与药物研发具有重要的价值。 　　 　　很多人体疫病,都是由蛋白质的错误折叠引发的,比如帕金森症、阿尔斯海默症、亨廷顿症等。药物原理类似于一把钥匙,锁就是疫病靶点,通常可以把它认为是一种蛋白质。“钥匙小分子”加入锁孔就是和
AlphaFold2配置和部署过程
qq_33500415的博客
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AlphaFold2安装和部署过程 参考：https://github.com/kalininalab/alphafold_non_docker Environment CPU：Intel® Xeon® Gold 6240 CPU @ 2.60GHz GPU：Tesla V100S PCIe 32GB * 4 OS：Ubuntu 20.04.2 LTS CUDA：11.3 NVIDIA：NVIDIA driver version: 470.57.02 Insatll environment dependen
一文了解 AlphaFold 2 背后的 PDB 蛋白质结构数据集
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By 超神经内容提要：DeepMind 的最新一代算法 AlphaFold 2，在近日被称为「蛋白质奥林匹克竞赛」的 CASP 中，完虐其它对手，取得惊人的突破，震惊整个科研圈。在被这项...
# Label encoding train['EJ'] = train['EJ'].map({'A': 0, 'B': 1}) test['EJ'] = test['EJ'].map({'A': 0, 'B': 1}) scaler = StandardScaler() df, test_df = train.copy(), test.copy() new_num_cols = train.select_dtypes(include=['float64']).columns df[new_num_cols] = scaler.fit_transform(train[new_num_cols]) test_df[new_num_cols] = scaler.transform(test[new_num_cols]) df kf = StratifiedKFold(n_splits=5, random_state=42, shuffle=True) df['fold'] = -1 for fold, (train_idx, test_idx) in enumerate(kf.split(df, greeks['Alpha'])): df.loc[test_idx, 'fold'] = fold df.groupby('fold')["Class"].value_counts()
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07-08
接下来，使用 StratifiedKFold 将数据集分成了 5 个折叠，并将每个样本所属的折叠编号存储在 df 的 'fold' 列中。最后，使用 groupby 函数按照 'fold' 列和 'Class' 列进行分组，并计算每个折叠中每个类别的样本数量...

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