RNA-seq
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生物信息
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RNA-Seq HISAT+ HTSeq + DESeq2流程 及测序深度和质控问题讨论
数据基于BGISEQ500 SE50 clean data约1.XG,20+M reads。SE50 20M是否够?对基因定量足够。理由:1,测序饱和度(随reads数增加,检测到的基因数随之上升。但当测序量达到一定区间后,基因数变化不明显)。 2,如果要检测isoform等信息,需要PE150或PE100(6G数据),但仅仅定量SE50 20M已经够了。1,FastQC质控FastQC -t 2 XX.fq.gz’per base sequence content’几乎每个样本前15碱基原创 2020-06-09 11:13:31 · 2022 阅读 · 0 评论 -
RNA-seq分析(Fastqc+Trimmomatic+STAR+HTseq-count+DESeq2)
最近做RNA-seq,正好把流程整理下,也希望分享和相互学习。 具体将以Fastqc + Trimmomatic + STAR + HTseq-count + DEseq2的流程来进行。预处理FastQC + Trimmomaticfastqc -t 5 sample_R1.fq.gzfastqc -t 5 sample_R2.fq.gzjava -jar ~/原创 2018-01-22 19:57:12 · 13313 阅读 · 5 评论