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theomarker
生物信息
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linux命令 For循环
要设定特定的循环列表,可以由文件导入,也可以由{} 导入。 比如要统计每个BAM文件里的reads数目,用for 循环可以如下:for i in H3K4me1_{0,1,4,12}hour.bam;do echo $i; samtools view -c $i ;done对从文件中提取:for i in ${cat file.txt};do echo $i;done对等...原创 2018-07-24 20:32:27 · 33276 阅读 · 0 评论 -
ln 创建连接
ln有硬链接和符号链接。ln file link #硬链接ln -s item link #软链接,item可以是文件也可以是目录。1,硬链接 hard links 每个文件都有一个硬链接,这个硬链接给文件起名字。当我们创建一个硬链接以后, 就为文件创建了一个额外的目录条目。 局限性: 1,不能关联文件系统之外的文件。 2,不能关联目录。...原创 2018-07-25 07:35:50 · 304 阅读 · 0 评论 -
linux重定向
在Linux里,任何东西都是一个文件。 eg. ls 是把结果输出到一个特殊的文件称为standard output (stdout),错误结果到standard error (stderr)。标准输入和标准错误都链接到屏幕,不保存到磁盘。 > 保存输出结果到文件。 若输出结果不存在,则> 导出空文件。 程序不把它 的错误信息输送到标准输出。 而,像许多写得不错...翻译 2018-07-27 07:57:02 · 198 阅读 · 0 评论