从GEO数据库下载数据的方法
1、在GEO DATASETS中输入关键词,选择符合的GSE,在ftp中进行手动下载
2、找到符合的GSE,在R中使用GEOquery包进行下载
GEO数据库的数据种类
1、Platforms 平台
包含有芯片的探针信息,如cDNAs,寡核苷酸,ORFs,抗体。
以GPLxxx编号。
一个platform可以包含不同人上传的不同sample。
不同platform的数据需要分开处理。
2、Samples 样品
一个以独立方式处理的样品。
以GSMxxx编号。
一个sample只能包含于一个platform,一个sample可以包含于多个series。
3、Series 系列
一个Series就是一个study。
以GSExxx编号。
一个系列一定包含多个sample,可能包含多个platform。
不同platform的数据需要分开处理。
4、Datasets 数据集
数据集包含有被summiter处理过的数据,可以使用GEO数据库自带的tools进行分析,如differentiated gene expression, cluster, heatmap。
以GDSxxx编号。
一个dataset的sample来自同一个platform,因此彼此间具有可比性。
范例
gds858 <