芯片数据分析步骤1 芯片数据下载-GEO

从GEO数据库下载数据的方法

1、在GEO DATASETS中输入关键词，选择符合的GSE，在ftp中进行手动下载

2、找到符合的GSE，在R中使用GEOquery包进行下载

GEO数据库的数据种类

1、Platforms 平台

包含有芯片的探针信息，如cDNAs，寡核苷酸，ORFs，抗体。

以GPLxxx编号。

一个platform可以包含不同人上传的不同sample。

不同platform的数据需要分开处理。

2、Samples 样品

一个以独立方式处理的样品。

以GSMxxx编号。

一个sample只能包含于一个platform，一个sample可以包含于多个series。

3、Series 系列

一个Series就是一个study。

以GSExxx编号。

一个系列一定包含多个sample，可能包含多个platform。

不同platform的数据需要分开处理。

4、Datasets 数据集

数据集包含有被summiter处理过的数据，可以使用GEO数据库自带的tools进行分析，如differentiated gene expression, cluster, heatmap。

以GDSxxx编号。

一个dataset的sample来自同一个platform，因此彼此间具有可比性。

范例

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