arrayQualityMetrics包常用函数

最新推荐文章于 2020-10-27 19:58:12 发布
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分类专栏： R包常用函数 文章标签： R包 芯片数据处理
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本文介绍R包arrayQualityMetrics中的关键函数，包括aqm.writereport用于生成质量报告，arrayQualityMetrics用于计算芯片质量报告，以及modulefunctions和preparedata辅助函数，帮助用户自定义报告内容。
摘要由CSDN通过智能技术生成

arrayQualityMetrics

常用函数

1 aqm.writereport

功能：使用aqmReportModule生成质量报告。

返回值：质量报告。

aqm.writereport(modules, arrayTable, reporttitle, outdir)
参数 注释
modules 含有 aqmReportModule 对象的列表。
arrayTable 含有芯片metadata的data.frame。
reporttitle, outdir 报告名称和输出的目录。

2 arrayQualityMetrics

功能：生成芯片质量报告。

返回值：芯片质量报告。

arrayQualityMetrics(expressionset,
outdir = reporttitle,
force = FALSE,
do.logtransform = FALSE,
intgroup = character(0),
grouprep,
spatial = TRUE,
reporttitle = paste("arrayQualityMetrics report for",
deparse(substitute(expressionset))),
...)
参数 注
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tommyhechina
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