oligo包常用函数

oligo

常用函数

1 darkColors

功能：提供颜色。

返回值：表示颜色的字符。

darkColors(n)
seqColors(n)
seqColors2(n)
divColors(n)

注意：darkColors是基于RColorBrewer包设计的。

2 fitProbeLevelModel

功能：对FeatureSet拟合robust Probe Level linear Models。

返回值：oligoPLM对象。

fitProbeLevelModel(object, background=TRUE, 
normalize=TRUE, target="core", method="plm", verbose=TRUE, 
S4=TRUE, ...)

参数	注释
object	FeatureSet对象。
target	描述汇总目标。默认为”core”。可输入”probeset”,”core”(Gene/Exon),”full”(Exon),”extended”(Exon)
verbose	显示进程。默认为TRUE。

注意：由于oligo包读取的文件对象与affy包读取的文件对象不同，因此无法使用affyPLM包中的fitPLM函数拟合探针水平模型。oligo包读取的