oligo
常用函数
1 darkColors
功能:提供颜色。
返回值:表示颜色的字符。
darkColors(n)
seqColors(n)
seqColors2(n)
divColors(n)
注意:darkColors是基于RColorBrewer包设计的。
2 fitProbeLevelModel
功能:对FeatureSet拟合robust Probe Level linear Models。
返回值:oligoPLM对象。
fitProbeLevelModel(object, background=TRUE,
normalize=TRUE, target="core", method="plm", verbose=TRUE,
S4=TRUE, ...)
参数 | 注释 |
---|---|
object | FeatureSet对象。 |
target | 描述汇总目标。默认为”core”。可输入”probeset”,”core”(Gene/Exon),”full”(Exon),”extended”(Exon) |
verbose | 显示进程。默认为TRUE。 |
注意:由于oligo包读取的文件对象与affy包读取的文件对象不同,因此无法使用affyPLM包中的fitPLM
函数拟合探针水平模型。oligo包读取的