进阶版Venn plot：Upset plot入门实战代码详解——UpSetR包介绍

        网上已有一些帖子讲解了Upset plot的背景知识和实现方法，本文旨在从实战角度出发，解读Upset plot实现的一些途径及其优劣势以及如何通过upsetR包实现Upset plot的绘制，并提供代码和input格式示例。另博主在使用中发现一处报错，尚不清楚原因，一并提出，以抛砖引玉。

Q1：Upset plot和Venn plot的关系？

        提到集合的可视化，传统的方法以Venn plot为主。然而当集合的数量过多（超过五个），Venn plot会变得非常杂乱（Fig.1）。Upset plot可以很好地展示多个集合之间的关系（Fig.2）。两种图的样子虽然差别较大，但是其本质都是反映了集合的关系。简而言之有三点：

1. 集合数＜5使用Venn plot更加清晰。
2. 集合数＞5使用Upset plot更加清晰。
3. Upset plot具有更多的展示方式。

​​（Fig.1）

(Fig.2)

Q2：如何解读Upset plot？

        熟悉Venn plot的朋友只需稍作变换即可很好地理解Upset plot。Fig.2是一个简单的Upset plot，图像可以分为上部分（条形图）和下部分（左侧的条形图，中间的集合名称和右侧的点阵）。左下方的横行条形图展示了每个集合的元素数（此处元素数由input文件直接得到），左中方的集合名称由input文件中命名的集合名得到，左下方的点阵应与上方的条形图一起解读。有颜色的点代表涉及到相关集合，即有颜色的点对应的左中的集合一起取交集。以红点为例，代表Drama与Drama集合取交集，即自身取交集。蓝点代表Action集合与Drama取交集，对应的条形图数值为68，即有68个元素既在Action中又在Drama中。以此类推便可理解黄点。上方的条形图代表着每个交集对应的元素数。