ped、map；bed、bim、fam 文件初识

生物学习路的开始阶段，需要了解记录基因的相关文件，文件不了解，基因分析完全做不了，开始学习基因文件。

基因文件形式主要分类两大类：

1. ped + map
2. bed + bim + fam

第一组：

        在第一组文件中，做基因分析主要用ped文件即可，其中包含了每个个体、个体亲本、表现型、基因型在内的所有信息，map包含了ped中基因型的所有位置信息，该组数据方便人的阅读，但是在机器分析中运算速度低，不便于计算机使用。

        ped（pedigree）文件 

FID	IID	PID	MID	Sex	P	rs1	rs2	rs3
1	1	0	0	2	1	CT	AG	AA
2	2	0	0	1	0	CC	AA	AC
Family ID	Individual ID	Paternal ID	Maternal ID	Sex	Phenotype	Genotypes	...	...
家族ID	个人ID	父亲ID	母亲ID	性别	表型	基因型

        map文件

chr	snp identifier	morgans	bp units
染色体	snp标识	基因距离	碱基距离
1	rs1	0	1000
1	rs3	0	1001

第二组：

        该组文件主要是用于数据处理，bed文件是最大的文件，包含了最全的信息，计算机处理该文件速度较快，常用该组数据对基因数据进行分析。

        bed文件：二进制文件，打开看不懂。

        bim文件：

chr	snp identifier	摩尔距离	物理距离	次要等位基因	主要等位基因
1	rs1	0	1000	0	c
2	rs3	0	1001	G	A

        fam（family）文件：包括了家庭信息文件

FID	IID	PID	MID	Sex	P
家族ID	个人ID	父亲ID	母亲ID	性别	表型
1	10000	0	0	1	1
1	10001	0	0	1	2

文件转换：

# ped/map 转换为 bed/bim/fam:
plink --file snp --make-bed --out snp_test

# bed/bim/fam  转换为  ped/map
plink --bfile snp_test --recode --out snp