变异检测

最新推荐文章于 2024-08-16 14:23:28 发布
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版权

0  准备参考基因组

1  质控

2  过滤

3  比对到参考基因组

4  比对信息统计 

5 标记PCR重复

6 检测SNP和 Indel

7 多个g.vcf文件的合并

8 call SNP/INDEL

9 SNP/INDEL的提取和过滤

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wangchuang2017
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变异测试
悟已往之不谏，知来者之可追
02-24 2291
什么是变异测试？ 变异测试，英文Mutation Testing，是使用变异器 （切换数学运算符，更改返回类型，删除调用等）将代码修改为不同的变异（基于变异器创建新代码），并检查单元测试是否失败。好的单元测试应该使所有突变都失败（杀死）。 所以，变异测试的有效性可以衡量杀死了多少个突变。 变异测试是覆盖率的一个很好的补充。相比覆盖率，它能够使单元测试更加健壮。 执行变异测试 在执行变异测试前需要先执行单元测试，不然变异测试有可能找不到单元测试类。 找到对应模块下的pitest插件： 注： 如果是要执行指
Mutation Testing(变异测试)
weixin_34101229的博客
05-15 2311
　　变异测试是一种 fault-based 的软件测试技术。这项技术已经广泛研究并使用了三十余年。它为软件测试贡献了一系列方法，工具，和可靠的结果。本文将对变异测试进行深入的调查，分析它的优势和不足之处，并对比几种不同的变异测试方法，提出一些改进的建议。 　　下面用一个例子来解释什么是变异测试，考虑以下代码片段： 　　if(a && b) c = 1; 　　else c = ...
软件测试第4章 白盒测试方法（变异测试）
最新发布
我的E家
08-16 639
即：检查一组测试用例准备好不好，发现测试用例/测试数据的弱点。针对微小的程序变化，良好的测试用例/测试数据将能够检测到代码中的缺陷或错误。定义了从原有程序生成差别极小程序（即变体）的转换规则。1987年，奥佛特（Offutt）和金（King）针对FORTRAN77首次定义了22种变异算子。✔️ 若已有测试用例不能杀除所有非等价变异体，则需要额外设计新的测试用例，并添加到测试用例集中，以提高测试充分性。，无论经过多少产品、开发、测试、架构评审，往往是测试用例无法覆盖到的。这正是变异测试的用武之地。
变异测试(MT)_追逐梦想的顾咏丰_新浪博客
Yongfeng's Blog
11-28 792
MT 不单单只是代表着蜕变测试，有时候也可以代表变异测试(Mutation Testing)，值得注意的是变异测试并不是用来检测/测试源程序的，而是一种验证测试集质量的方法。 一、基本概念 Mutation testing is a powerful methodology for evaluating test suite quality. * 说白了，就将源程序(Pare...
变异测试简介
dlz00001的博客
06-08 796
上周，我花了一些天假去参加Devoxx法国2014 第三版 。 至于牡蛎，最大的对话不一定包含最漂亮的珍珠。 在今年的版本中，我的启示来自我的朋友Alexandre Victoor的15分钟的演讲，他向我介绍了突变测试的奇观。 由于我目前正在撰写有关Integration Testing的文章 ，因此我对测试我不了解的口味非常感兴趣。 经验丰富的软件开发人员知道不要对代码覆盖率指标抱有太大...
基因组变异检测+胃镜目标检测+scarHRD
07-03
在IT领域，尤其是在生物信息学和医学影像分析中，"基因组变异检测+胃镜目标检测+scarHRD"是一个综合性的技术应用。这个主题涵盖了三个关键知识点：基因组变异检测、胃镜目标检测和scarHRD算法。 首先，基因组变异...
一种基于高通量测序的拷贝数变异检测自动化分析解读及报告系统.pdf
09-14
本文研究的是一种基于高通量测序数据的拷贝数变异检测自动化分析解读及报告系统，该系统通过生物信息学方法对高通量测序的原始数据进行分析，实现对拷贝数变异的自动化检测和解读。 为了实现上述目标，研究团队开发...
结构变异检测和关联测试-Linux开发
05-27
whamwham套件由wham和whamg两个程序组成。 原始工具wham是一种非常敏感的方法，具有很高的错误发现率。 第二个程序whamg更准确，更适合于一般结构whamk套件由wham和whamg两个程序组成。 原始工具wham是一种非常敏感...
论文研究-面向下一代测序技术的结构变异检测算法综述.pdf
07-22
检测基因组中的结构变异对遗传学研究具有重要意义，基于测序技术的结构变异检测将成为主流发展方向。全面总结了现有面向下一代测序技术的结构变异检测算法：配对末端匹配法、读深度法、分裂读数据法和序列拼接法，...
基因-高通量测序-变异检测
C橘子
11-09 2975
基因变异检测 ​ 本周的任务是弄清楚基因检测是什么，本来以为挺简单的，后来发现自己基本的染色体都忘干净了。 ​ 基因变异检测看名字就知道是针对基因的，但是基因是什么呢？感觉基因像是一种抽象的概念，那么该怎么检测呢？ 1. 什么是基因 ​ 基因（英语：gene），在生物学中是指“携带遗传信息的基本物质单位”（基本遗传单位）。而自从确定遗传信息的分子载体为核酸后，基因即指能够遗传且具功能性的一段DNA或RNA序列，详细来说，其为DNA或RNA大分子内一段编码基因产物（RNA或蛋白质）的合成)的核苷酸序列。
变异测试方法PDF文件
03-29
变异测试的规范与方法，分享给有需要的人变异测试的规范与方法变异测试的规范与方法
变异测试(mutation testing)：一种评估测试用例集错误检测能力的方法
行步至春深
10-03 3991
错误检测能力如何衡量？一个朴素的想法是，对源程序做一些微小的改动，改动后的程序被称作变异程序/变异体。理想的测试脚本会让源程序通过，而拦截住所有的变异程序。
推荐阅读：变异检测到底应该用什么软件？
weixin_33766805的博客
04-17 349
原文见：Validating generalized incremental joint variant calling with GATK HaplotypeCaller, FreeBayes, Platypus and samtools 说到变异检测，可能大家第一个想到的工具就是GATK Haplot...
GATK变异检测
热门推荐
weixin_45606903的博客
08-13 1万+
变异检测 GATK 变异检测 简述：GATK(全称The Genome Analysis Toolkit) ,是基于二代测序的分析软件，主要功能是寻找变异位点。 数据类型：Illumina数据 软件版本：Gatk 4.1.8.1、fastp 0.20.0、bwa 0.7.17、samtools 1.9 测试数据： $ ref = /home/jingke.meng/database/hg19_BWA /hg19.fa $ fq1 = /home/jingke.meng/GATK_passway/Illu
聊聊变异测试
所寫即所思｜一个阿里质量人对测试的所感所悟。
05-27 617
正如你所看到的，尽管为达到代码覆盖率而构建的测试集会通过代码执行类似的路径，但变异测试指标允许对测试应执行的验证进行更具体的描述。这是杀死的变异体与变异体总数的比率。在多数软件测试方法中，很难预判能否在测试过程中发现缺陷，往往直到这些缺陷在后续的测试环节被发现，甚至是更糟的情况下，在生产环境中出现时才会被注意到。随着工程师越来越多地采用更自动化的软件验证方法，以及在不断缩短的发布周期中对更高品质的软件输出的需求日益增长，变异测试帮助我们退一步评估，我们是否真的应该对我们的测试充满如此信心。
白盒测试--变异测试
m0_62410106的博客
11-13 1136
仅有4行代码的Min函数经过Mothra变异系统可以生成44个变异体 30行代码的三角形分类程序能产生951个变异体 变异测试需要运行大量的变异体，每一变异体至少需要执行一个测试用例以便将其杀死，这就需要大量的计算能力。做法：基于良好定义的变异操作，对程序进行微小的合乎语法的修改，得到源程序的变异程序。变异算子是一种产生变异体的机制。测试集T的变异分数记为MS（T）， 其中：|D|表示：杀死的变异体数 |E|表示：等价的变异体数 |M|表示：生成的所有变异体数。
猿创征文｜聊聊“高大上“的变异测试（Mutation Testing）
所寫即所思｜一个阿里质量人对测试的所感所悟。
10-16 1853
变异测试是一种基于故障注入的测试技术，将错误代码插入到被测代码中，以验证当前测试用例是否可以发现注入的错误。我认为该测试手段理论上属于白盒测试范畴。变异测试的主要目的是为了验证测试用例的有效性，在注入变异后，测试用例能发现该错误，则表明用例有效的；反之，表明测试用例是无效的，需要补充该变异的测试用例。变异测试有助于评估测试用例的质量，以帮助测试人员编写更有效的测试用例。测试人员设计的测试用例发现的变异体越多，表明其设计的测试用例质量就越高。在深入理解变异测试之前，让我们先搞懂和它相关的几个核心概念。
基于隐马尔可夫模型的高效拷贝数变异检测算法
本文主要探讨了"基于隐马尔可夫模型的拷贝数变异检测算法研究"这一主题。在当前拷贝数变异检测领域，存在参数优化困难以及未能充分利用额外信息的问题。针对这些问题，研究者提出了一个创新的检测方法，该方法利用隐...
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