第五章 RNA-seq分析

最新推荐文章于 2025-02-26 11:58:27 发布
最新推荐文章于 2025-02-26 11:58:27 发布
阅读量5.7k 收藏 34
点赞数 4
分类专栏： RNA-seq
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/u010608296/article/details/112611861
版权

第五章 RNA-seq分析

主要为RNA-seq相关知识，部分内容作笔记自查使用。如有错误或遗漏还请海涵，可评论或邮箱联系。
最后修改时间：2020-09-01 16:11:38 星期二

转录组研究方法

  • 定性
    鉴定出所有表达的转录本
  • 定量
    确定转录本各自的表达量

RNA-seq可以做什么

  • Level 1:
    • 每个基因的表达量是多少
  • Level 2:
    • 有哪些转录本？
    • 有哪些可变剪切？
    • 是否会有一种方式的可变剪切产生的前体mRNA(isoform)，较为富集
    • 不同样本之间是否有表达量差异
最低0.47元/天 解锁文章
hppRNA:用于 RNA-Seq 分析的基于 Snakemake 的便捷无参数管道-开源
06-28
hppRNA包专用于从头到尾同时对大量样本进行RNA-Seq分析，在Snakemake管道管理系统中制定。 它从fastq文件开始，结合最先进的软件，将生成基因/异构体表达矩阵、差异表达基因、样本簇以及SNP和融合基因的检测。 第一...
RNA-seq Review：RNA-seq数据分析
cfc424的博客
11-08 1万+
文献：RNA-seq数据分析最佳实践调查 本次阅读Genome Biology杂志2016年Online的RNA-seq数据分析方法的Review论文，题目为： A survey of best practices for RNA-seq data analysis 本文翻译来自该文章。 RNA是基因组和蛋白组的中间体，因此转录本的鉴定和定量是重要的生物学问题。该论文综述了RNA-seq项目中相关的各个步骤、每个步骤的局限、和其他组学的整合以及展望。 Note ： 从摘要中可以发现本文综述分为两部分（1）现
RNA-seq 详细教程：count 数据探索（4）
冷冻工厂
12-01 2092
学习目标 了解 RNA-seq count 数据的特征比较 count 数据的不同数学模型确定最适合 RNA-seq count 数据的模型了解设置生物学重复对于鉴定样本间差异的好处 1. 计数矩阵 当开始差异表达基因分析时，先从一个矩阵开始，该矩阵总结了数据集每个样本中的基因水平表达。矩阵中的行对应基因，列对应样本。在矩阵的每个位置，有一个整数值，表示源自样本中特定基因的序列读取总数（如下图）。 count 计数越高表明与该基因相关的读数越多，表明该基因的表达水平越高。然而，这不一定是真的，我们将在本课
Nat. Genet | 从DNA序列预测RNA-seq覆盖率
最新发布
weixin_42691420的博客
02-26 629
Borzoi采用基于Enformer模型的神经网络架构，结合卷积层和自注意力层来处理长达524kb的DNA序列，并预测32bp分辨率的RNA-seq覆盖度。该模型通过整合RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq和DNase-seq等多种数据类型，捕捉不同组织和条件下的调控信息。Borzoi还使用了梯度型的归因方法，分析特定核苷酸对RNA表达模式的影响。
RNA-seq数据上游分析流程（从原始数据开始）
weixin_40640700的博客
03-25 3万+
数据分析的基本思路 （1）从ncbi的geo或者其它数据库中查找自己感兴趣的RNASeq数据，至少要求给出如下信息： 该套数据所发表的文章的名字： 该套数据的下载网址： 该套数据基本情况介绍（简介以及该套数据包含多少个样本，分为多少种类型，以及每种类型有多少个样本） （2）对芯片数据进行质量控制评价及处理（如果质量差的话，每个样本都应该处理）， 可以用软件Fastqc+Trimmomatic配合使用,也可以用其它软件替换 （3）用TopHat2 + Cufflinks+Hisat系列软件进.
转录组测序（RNA-seq）的数据如何分析？
weixin_55372631的博客
04-03 1万+
经过富集分析后，我们就可以从富集到的GO term或者Pathway中寻找关键基因，通过一个GO term和Pathway里面的基因往往小于100个，至此我们就又将上千条基因的范围缩小到了100条以内。对GO term或者Pathway里面的基因进行范围的缩小也有两个方法，一种方法是根据基因的注释或者文献来找到GO term或者Pathway里面的关键基因（2-3个），另一种方法需要有相应的表型数据，与GO term或者Pathway里面基因进行相关性分析，找出与表型高度相关的基因。
基因表达量计算与差异表达分析常见问题
热门推荐
宁生信
06-10 4万+
问 1：在没有重复实验的情况下，用 RPKM 要怎么做检验呢？ 答：如果要用泊松分布做差异分析模型的话，必须要用 reads count 的。只有 RPKM值的话，可以用 RPKM 的公式反推 reads count 数，再做检验。 问 2：Deseq 是怎么控制 reads 多重比对的？ 答：Deseq 只是一个差异分析的软件，多重比对的分配是在 Deseq 之前的。 Deseq 是输入的
scRNAseq_course:R课程实践中的EMBL-EBI单细胞RNA-seq分析
05-24
在本课程"scRNAseq_course: R课程实践中的EMBL-EBI单细胞RNA-seq分析"中，我们将深入探讨单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其在R语言环境下的应用。该课程主要面向对生物信息学和数据分析感兴趣的科研人员，特别是...
Basic-RNAseq-analysis-pipeline:本指南旨在演示RNA-seq分析流程以及差异基因表达检测背后的基础统计分析
03-14
生物信息学基本实践癌症基因组学相关您可以搜索并...使用数据库和在线工具进行分析第0部分：TCGA，cBIportal，GEPIA2应用编码惯例第0.5部分：LINUX和实践第一部分：RNA-seq分析流程Pert II：R +差异表达分析基本图解
RNA -seq Intro
04-21
RNA-seq 技术作为新一代测序技术（Next Generation Sequencing, NGS）的重要组成部分，近年来在基因表达分析领域得到了广泛应用。它不仅可以用于定量基因表达水平，还能帮助发现新转录本、剪接变异以及融合基因等。...
Zika-RNAseq-Pipeline：开放的RNA-Seq数据分析管道教程，其中包含最近处理Zika病毒研究中的数据的示例
02-04
一个开放的RNA-Seq数据分析管道教程，其中包含最近处理Zika病毒研究[第1版； 裁判员：2批准]。 F1000研究2016，5 ：1574（doi： ） 浏览笔记本 要查看具有更丰富显示效果的IPython笔记本，请单击 交互式运行RNA-seq...
RNA-seq数据分析（分析策略，比对，转录组组装，转录本定量）
weixin_43927366的博客
03-13 6487
分析策略通过综合分析RNA-seq分析流程中不同步骤的工具性能发现不同的分析工具和方法对分析结果的准确度和分析时间影响巨大。HISAT2表现出最快的速度和最准确的拼接比对，但是没有STAR的敏感度高。StringTie在速度和准确度上都优于Cufflinks。长读段方法如IDP和Iso-Seq会识别许多短读段技术没有识别到的多外显子转录本，但是会丢失一些单外显子转录本。通常，在从头组装工具中，Oases表现最佳。不经过比对的工具如和kallisto。
RNA-seq数据构成原理
weixin_47151413的博客
03-01 2751
转录组研究方法 定性 鉴定出所有表达的转录本定量 确定转录本各自的表达量 RNA-seq可以做什么 Level 1: 每个基因的表达量是多少Level 2: 有哪些转录本？有哪些可变剪切？是否会有一种方式的可变剪切产生的前体mRNA(isoform)，较为富集不同样本之间是否有表达量差异 RNA-seq之前的技术 Real-Time qRT-PCR(实时荧光定量PCR) 转录本定量测量金标准，准确率极高，类似于DNA的一代测序 通过对...
完整转录组RNAseq分析流程（tophat2+cufflink+cuffdiff）
wt141643的博客
03-28 1万+
前一段时间跟着孟浩巍大神的视频学习，在自己的小破笔记本上还是跑完了整个RNAseq差异表达的分析流程（ tophat2 + cufflink + cuffdiff ）虽然这个流程比较老了，现在做分析一般使用的都是 HTseq + DESeq2 等其他的流程，但是作为入门的知识还是比较容易理解，这篇文章先更一下流程，后面会再更一篇安装子系统，安装conda和一些分析软件的流程，凑一个真正完整的入门生...
序列比对-BLAST
wangprince2017
05-19 2万+
一.BWA BWA主要是将reads比对到大型基因组上，主要功能是：序列比对。首先通过BWT(Burrows-Wheeler Transformation，BWT压缩算法)为大型参考基因组建立索引，然后将reads比对到基因组。特点是快速、准确、省内存。由三种类似算法组成： BWA-backtrack，BWA-SW和BWA-MEM。首推BWA-MEM。 三种算法的使用范围 BWA-back...
Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这
悟道西方
10-28 4万+
摘要 RNA测序（RNA-seq）在过往十年里逐渐成为全转录组水平分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着二代测序技术 (NGS)的发展，RNA-seq的应用也越来越广。现已经可以应用于很多RNA层面的研究，比如单细胞基因表达、RNA翻译（translatome）和RNA结构组（structurome结构组学）。新的有意思的应用，如空间转录组学（spatialomics）也在积极...
转录组测序技术及结果解读（一）——测序样品设置及选择
wangprince2017
09-22 1万+
转录组测序 转录组 (transcriptome)是指特定生物体在某种状态下所有基因转录产物的总和，转录组研究是功能基因组研究的一项重要内容，转录组是连接基因组遗传信息与生物功能 (蛋白质组) 的必然纽带。RNA-seq也称为全转录组鸟枪测序，应用高通量测序技术对样品中的mRNA、small RNA和non-coding RNA进行测序的技术，其中针对mRNA的RNA-Seq测序即为转录组测序。 RNA-Seq可进行全基因组水平的基因表达差异研究，具有定量更准确、可重复性更高、检测范围更广、分析更可靠.
基因表达分析（上）
weixin_33852020的博客
05-26 4348
基因表达 什么是基因表达，如下是来自于维基百科的解释： Gene expression is the process by which information from a gene is used in the synthesis of a functional gene product. These p...
RNA-seq【分析记录】
GeekFocus
08-27 2241
视频学习笔记 概述 预处理 FASTQC数据质控 数据过滤Trimmomatic 有参转录组序列比对 不同比对软件的比较 常用序列比对算法 基因组比对 STAR hisat2 转录本比对 RSEM 无参转录组 转录本从头拼接原理 拼接方法 Trinity 表达定量 RNA-seq常用统计定量单位 基因组比对 Htseq-Count FeatureCount 转录本比对 RSEM 数据分析 思路？ 差异表达 + Deseq标准化原理 富集分析 + GO + 通路富集分
评论 2
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包

打赏作者

wangchuang2017

你的鼓励将是我创作的最大动力

¥1 ¥2 ¥4 ¥6 ¥10 ¥20
扫码支付：¥1
获取中
扫码支付

您的余额不足，请更换扫码支付或充值

打赏作者

实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值