第五章 RNA-seq分析

最新推荐文章于 2025-02-26 11:58:27 发布
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分类专栏： RNA-seq
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第五章 RNA-seq分析

主要为RNA-seq相关知识，部分内容作笔记自查使用。如有错误或遗漏还请海涵，可评论或邮箱联系。
最后修改时间：2020-09-01 16:11:38 星期二

转录组研究方法

  • 定性
    鉴定出所有表达的转录本
  • 定量
    确定转录本各自的表达量

RNA-seq可以做什么

  • Level 1:
    • 每个基因的表达量是多少
  • Level 2:
    • 有哪些转录本？
    • 有哪些可变剪切？
    • 是否会有一种方式的可变剪切产生的前体mRNA(isoform)，较为富集
    • 不同样本之间是否有表达量差异
最低0.47元/天 解锁文章
RNA-seq分析：Step1（软件的安装及配置）
沉香best的博客
08-19 3176
好几个月没有跑RNA-seq分析了，为防止遗忘，特整理分析流程于转录组分析专栏。RNA-seq分析是生信分析流程比较入门的操作，常规的分析主要包括差异基因表达分析、GO和KEGG分析和WGCNA分析。一般来说，前两个分析是最为常见的，第三个主要存在于纯转录组分析文章中。本文主要讲述转录组分析的第一步，软件的安装和配置。
RNA-seq分析
Cassiel60的博客
04-19 2609
最近发现这个网站的博客不合适放很多文件的项目，所以需要结合github一起来记录。 第一次做RNA-seq，是完全按照这篇文章（PMID:27560171）进行跑流程的，虽然刚开始做的时候不是很懂，但是做完了整个流程（Hisat2+Stringtie+Ballgown）后，就明白了。 下载：Hisat2+Stringtie+Ballgown GFF 工具 这是17年就做好的分析，所以可能...
RNA-seq数据分析（分析策略，比对，转录组组装，转录本定量）
weixin_43927366的博客
03-13 6496
分析策略通过综合分析RNA-seq分析流程中不同步骤的工具性能发现不同的分析工具和方法对分析结果的准确度和分析时间影响巨大。HISAT2表现出最快的速度和最准确的拼接比对，但是没有STAR的敏感度高。StringTie在速度和准确度上都优于Cufflinks。长读段方法如IDP和Iso-Seq会识别许多短读段技术没有识别到的多外显子转录本，但是会丢失一些单外显子转录本。通常，在从头组装工具中，Oases表现最佳。不经过比对的工具如和kallisto。
高通量测序数据分析：RNA-seq
qq_41134363的博客
06-20 3万+
深度测序相关数据库与数据格式 SRA toolkit 一、NCBI 和EBI、DDBJ组成INSDC，数据内容相同所以找NCBI就行。 （一）NCBI常用数据库 GenBank：遗传序列数据库，收集了所有公开的DNA序列及其注释 GEO (Gene Expression Omnibus) ：收集整理各种表达芯片数据，后来加入了甲基化、lncRNA、miRNA、CNV等其他芯片，还有高通量测序数据...
Nat. Genet | 从DNA序列预测RNA-seq覆盖率
最新发布
weixin_42691420的博客
02-26 629
Borzoi采用基于Enformer模型的神经网络架构，结合卷积层和自注意力层来处理长达524kb的DNA序列，并预测32bp分辨率的RNA-seq覆盖度。该模型通过整合RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq和DNase-seq等多种数据类型，捕捉不同组织和条件下的调控信息。Borzoi还使用了梯度型的归因方法，分析特定核苷酸对RNA表达模式的影响。
RNA-seq 分析流程 —— 概述
dxs18459111694的博客
05-23 3145
接下来我们要介绍的是RNA-seq数据的处理分析流程，根据RNA-seqshort-readlong-read而我们一般的RNA-seq测序数据分析流程算法
转录组测序（RNA-seq）的数据如何分析？
weixin_55372631的博客
04-03 1万+
经过富集分析后，我们就可以从富集到的GO term或者Pathway中寻找关键基因，通过一个GO term和Pathway里面的基因往往小于100个，至此我们就又将上千条基因的范围缩小到了100条以内。对GO term或者Pathway里面的基因进行范围的缩小也有两个方法，一种方法是根据基因的注释或者文献来找到GO term或者Pathway里面的关键基因（2-3个），另一种方法需要有相应的表型数据，与GO term或者Pathway里面基因进行相关性分析，找出与表型高度相关的基因。
RNA-seq数据上游分析流程（从原始数据开始）
weixin_40640700的博客
03-25 3万+
数据分析的基本思路 （1）从ncbi的geo或者其它数据库中查找自己感兴趣的RNASeq数据，至少要求给出如下信息： 该套数据所发表的文章的名字： 该套数据的下载网址： 该套数据基本情况介绍（简介以及该套数据包含多少个样本，分为多少种类型，以及每种类型有多少个样本） （2）对芯片数据进行质量控制评价及处理（如果质量差的话，每个样本都应该处理）， 可以用软件Fastqc+Trimmomatic配合使用,也可以用其它软件替换 （3）用TopHat2 + Cufflinks+Hisat系列软件进.
hppRNA:用于 RNA-Seq 分析的基于 Snakemake 的便捷无参数管道-开源
06-28
hppRNA包专用于从头到尾同时对大量样本进行RNA-Seq分析，在Snakemake管道管理系统中制定。 它从fastq文件开始，结合最先进的软件，将生成基因/异构体表达矩阵、差异表达基因、样本簇以及SNP和融合基因的检测。 第一...
RNA-seq Review：RNA-seq数据分析
cfc424的博客
11-08 1万+
文献：RNA-seq数据分析最佳实践调查 本次阅读Genome Biology杂志2016年Online的RNA-seq数据分析方法的Review论文，题目为： A survey of best practices for RNA-seq data analysis 本文翻译来自该文章。 RNA是基因组和蛋白组的中间体，因此转录本的鉴定和定量是重要的生物学问题。该论文综述了RNA-seq项目中相关的各个步骤、每个步骤的局限、和其他组学的整合以及展望。 Note ： 从摘要中可以发现本文综述分为两部分（1）现
linux分析rna-seq,RNA-seq数据分析（一）——Tophat篇
weixin_39649660的博客
05-13 865
引言RNA-Seq技术的产生大大推动了转录组学的研究范围和规模，然而面对RNA-seq惊人的数据量，刚入门的新手难免感觉有些无所适从。因此如何对RNA-seq数据进行分析，挖掘其中蕴含的宝贵信息，可以说是RNA-seq分析中的重中之重。分析RNA-seq的软件众多，但没有哪个软件是万能的。研究人员可以根据自己的研究对象和目标，制定不同的分析策略。RNA-seq数据分析主要分为三部曲：比对——转录组...
RNA-SEQ测序结果分析
07-17
RNA-SEQ测序结果分析，本文档使用B两个BPA样本及两个对照样本，在建库MAPPING完成后，对基因表达进行差异分析
RNA-seq 基本分析流程
weixin_30307921的博客
02-26 4062
高通量测序技术，就是二代测序，已经成为现代生物学研究的一个较为常规的实验手段。这一技术的发展极大地推动了基因组学，表观基因组学以及翻译组学的研究。RNA-seq 通过测定稳定状态下的RNA样品的序列来对RNA样品进行研究，从而避免了许多之前研究手段的不足，比如象基因芯片或者 PCR 就需要背景知识。而且 RNA-seq 还可以触及以前无法研究的领域，比如复杂结构的转录体。 RNA-seq可以应用...
RNA-seq数据分析
yiyaaaaaaaa的博客
03-02 7949
一、数据收集 1.NCBI GEO数据库收集相关RNA-seq数据 样本信息以及引用文献可以点击对应链接查看 2.SRA Run Selector 查看数据单双端类型（SINGLE or PAIRED)及分组信息 可以点击Accession List下载对应的SRR_Acc_List.txt 二、RNA-seq 处理流程 使用HISAT, StringTie and Ballgown处理流程 <一>下载并解压SRA文件 1.根据下载的SRR_Acc_List.txt下载原始sra文件至SRR
RNA-seq分析最全教程（本科结课作业）
weixin_73362123的博客
11-24 5246
本次实操数据来自下面的文章，是量化环境葡萄糖对转录组的影响，比较低糖和高糖环境下胰岛转录组的变化，胰岛来源小鼠。
第二章 RNA-seq一般分析流程全套
laurelgirl的博客
02-22 3万+
提前申明：该贴参照于https://www.jianshu.com/p/e8cd62ba14fe 标题1. 用conda安装RNA-seq所需要 #启动conda自设环境 conda activate python3 或者用 source activate python3 #安装所需软件(conda可以同时安装多个软件，但是建议初学者还是选择逐一安装，避免出现错误) conda inst...
RNA-Seq数据分析使用方法
weixin_73362123的博客
03-03 2016
质量问题通常来自测序本身或前面的文库制备。包括： 可信度低的碱基 序列特异性的偏差 3’/5’位置偏差 聚合酶链反应(PCR)假象 未修剪的接头 序列污染 通过过滤、修剪、纠错或偏差订正被矫正。 质量控制和预处理软件 1FastQC 输入文件可以是FASTQ(未压缩或压缩的)或SAM/BAM文件。生成html的质量报告，包括： 读段的数目及质量编码 可视化有关碱基质量和内容 读取长度及k-mer内容 有含糊不清的碱基 过度代表的序列和重复的信息 1.2html结果文件解读 左侧会有Summary可以
RNA-seq分析流程，保姆级！
朱晓莹sunny的博客
09-09 2310
Illumina测序技术，即边合成边测序（SBS）技术，是全球广泛采用的新一代测序（NGS）技术，负责生成全球90%以上的测序数据。随着每个 dNTPs 的加入，荧光标记的可逆终止子被成像，然后切割以允许下一个碱基的掺入。由于所有 4 个可逆终止子结合的 dNTPs 在每个测序循环中都存在，将偏差降至最低。该方法实际上消除了与重复核苷酸（均聚物）串相关的错误和漏检。Illumina 技术支持单端和双端文库（即单端测序or双端测序）。SBS技术提供了用于高分辨率基因组测序的短插入双端功能，以及用于高效序列组装
RNA-seq结果图片如何解读（火山图、韦恩图、聚类热图和折线图）
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qq_41909309的博客
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在RNA-seq项目中，常见的结果包括：火山图、韦恩图、聚类热图、log2(ratios)折线图、有向无环图、散点图、代谢通路图、蛋白互作图等。今天我们先来一起学习火山图、韦恩图、聚类热图和折线图的解读。 1、火山图 RNA-seq中，火山图（Volcano Plot）显示了两个重要的指标：fold change和校正后的p value，利用T检验分析出两样本间显著差异表达的基因后，以log2（f...
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