基于长短读长和参考基因组的组装错误检测算法的研究

基于长短读长和参考基因组的组装错误检测算法的研究

论文目录 致谢 第1-6页 摘要 第6-7页 ABSTRACT 第7-8页 序言 第9-13页 1 引言 第13-26页 　　　　1.1 基因测序项目介绍 第13-15页 　　　　1.2 基因测序技术发展现状 第15-19页 　　　　　　　　1.2.1 最早的基因测序技术 第15-16页 　　　　　　　　1.2.2 第二代基因测序技术 第16-17页 　　　　　　　　1.2.3 第三代基因测序技术 第17-19页 　　　　1.3 基因组拼接技术介绍 第19-22页 　　　　　　　　1.3.1 从头测序拼接组装算法 第19-21页 　　　　　　　　1.3.2 参考基因组引导的拼接算法 第21-22页 　　　　1.4 基因组拼接中存在的问题 第22-24页 　　　　1.5 论文组织结构 第24-26页 2 组装错误检测算法介绍 第26-33页 　　　　2.1 组装错误检测算法现状 第26-31页 　　　　　　　　2.1.1 组装错误检测算法介绍 第26-28页 　　　　　　　　2.1.2 纠错算法分析 第28-31页 　　　　2.2 本文研究内容及理论依据 第31-32页 　　　　2.3 本章小结 第32-33页 3 基于短读长和参考基因组的组装错误检测模块 第33-43页 　　　　3.1 算法流程 第33-39页 　　　　　　　　3.1.1 短读长比对到重叠群和参考基因组上 第33-34页 　　　　　　　　3.1.2 构建红黑多位置de Brujin图 第34-36页 　　　　　　　　3.1.3 对红黑多位置de Brujin图着色 第36-38页 　　　　　　　　3.1.4 利用红黑多位置de Brujin图检测组装错误 第38-39页 　　　　3.2 红黑多位置de Brujin图和红黑位置de Brujin图的比较 第39-42页 　　　　3.3 本章小结 第42-43页 4 基于长读长的组装错误检测模块 第43-49页 　　　　4.1 长读长纠错 第43-47页 　　　　　　　　4.1.1 寻找overlap图中的极大团 第43-44页 　　　　　　　　4.1.2 完善比对信息并且纠错 第44-46页 　　　　　　　　4.1.3 使用纠错后的区域纠正未纠错的区域 第46-47页 　　　　4.2 组装错误检测 第47-48页 　　　　4.3 本章小结 第48-49页 5 ReMILO软件的实现与性能验证 第49-63页 　　　　5.1 ReMILO软件的实现 第49页 　　　　5.2 实验设计 第49-54页 　　　　　　　　5.2.1 人类基因组上短读长拼接数据的测试 第50-51页 　　　　　　　　5.2.2 粳稻基因组上短读长拼接数据的测试 第51-53页 　　　　　　　　5.2.3 巴氏酵母菌上长短读长混合拼接数据的测试 第53-54页 　　　　5.3 实验指标 第54-55页 　　　　5.4 实验结果及分析 第51-61页 　　　　　　　　5.4.1 人类第十四条染色体短读长拼接数据上的测试结果 第55-58页 　　　　　　　　5.4.2 粳稻基因组短读长拼接数据的测试结果 第58-60页 　　　　　　　　5.4.3 巴氏酵母菌基因组长短读长混合拼接数据的测试结果 第60-61页 　　　　5.5 运行时间和内存使用 第61-62页 　　　　5.6 本章小结 第62-63页 6 结论 第63-65页 参考文献 第61-68页 作者简历 第68-70页 学位论文数据集 第70