Linux基础

课前预热

课件准备工作：安装软件

心理建设：

linux系统介绍

实战1：登录服务器

填表法

命令法

ssh June16@192.144.162.230；密码是： pd29769

ssh June16@192.144.162.230 
#输好就按回车键，然后输入密码：pd29769

可能遇到的问题

网络异常：重新登录

校园网不行就换下手机热点

拒绝访问：设置登录端口

如何退出登录

重新登录

正确填写范例

练习1

让工具更好用

1.修改命令行配色

echo  'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc
source  ~/.bashrc

2.修改字体

3.修改复制粘贴快捷方式

Linux系统简介

/bin,/sbin--存放工具

超级用户登陆后在root文件夹下，普通用户在home文件夹下，目前设置在biotrainee文件夹下

命令格式：命令 + 选项 +文件

如何传输数据

windows: xftp,filezilla,winscp

Mac

练习2

文件夹与文件管理命令

## 工作目录
pwd  ## print working directory 打印工作目录
ls   ## list 列出文件
cd   ## change directory 切换目录

## 创建
mkdir ## make directory 建立一个新的目录
touch ## 创建文件 （“摸”一个文件出来）

## 操作文件
mv   ## move 移动和重命名
rm   ## remove  删除

## 链接
ln   ## link 链接文件

##  压缩
tar   ## tape archive 压缩或解压文件

场景1: 打开指定的文件夹并查看内容

Linux里一些默认的符号

绝对路径和相对路径

常用Linux快捷键

Tab:

正则表达式

* 匹配任意多个字符（0到正无穷）

？匹配任何单个字符

文件夹与文件管理命令

d:文件夹；-普通文件； l：链接文件

理解权限

1.pwd

2.cd: change the shell working directory

cd ..    ## 切换到上层目录，相对路径
cd ../.. ## 切换到上上层目录，相对路径
cd /     ## 切换到根目录
cd /bin  ## 切换到根目录下的bin，绝对路径
cd ~     ## 回到用户家目录
cd       ## 同上，回到用户家目录
cd -     ## 返回上一次的工作目录

3.ls:list information about the FILEs

常见参数：

-a ## 列出全部的文件，连同隐藏文件也一起列出来（防止这些文件被改动或复制黏贴等，常常以 . 开头）
-l ## 列出目录的详细信息
##以下几个参数需要联合 -l一起使用
-h ## 将目录容量转换为以人类易读的方式(例如 GB, KB 等等)
-S ## 以文件大小排序  （大写！！！）
-t ## 以时间排序

常见用法

ls          ## 列出当前目录的文件
ls ./       ## 同上，‘.’号代表当前目录
ls ./*txt   ## 列出当前目录下以 txt 结尾的文件
ls ../      ## 列出上层目录的文件
ls -a       ## 列出当前目录下的所有文件，包括隐藏文件
ls -l       ## 列出当前目录下文件的详细信息
ll          ## 等同ls -la ，自定义的别名
ls -lh      ## 加上 -h 参数，以 K、M、G 的形式显示文件大小
ls -lh /    ## 列出根目录下文件的详细信息
ls -th      ## 按照时间排列文件（以人类易读方式）（常用于查看新生成的文件，最新的文件会在最上面）
##     大多数情况下，参数的位置可以互换

练习3

家目录：自己家，随便操作（创建、删除也可）

根目录：最最上层

场景2: 新建一个文件夹, 在里面创建文件

mkdir: make a directory---建立一个新的目录

命名文件、文件夹规则

驼峰命名法：从第二个单词开始首字母大写

蛇形命名法：下划线隔开单词

tree命令： 以树的结构展示文件目录结构

tree命令并不是所有的系统版本都自带，有的版本需要安装

##常用参数
-L level1 Descend only level directories deep. 
-p Print the protections for each file.
-u Displays file owner or UID number.
-g Displays file group owner or GID number.
-s Print the size in bytes of each file.
-h Print the size in a more human readable way.
-D Print the date of last modification or (-c) status change.

tree -pughsD -L 1 /

touch: “摸”一个文件出来，新建文件

touch：新建文件

常见参数：没有

常见用法：touch file

练习4

cd后接一个ls--查看（形成肌肉记忆）

场景3:文件搬搬搬——移动、重命名、复制和删除

在Windows下是如何操作的呢？ 拖拽、右键选择“复制/粘贴/删除”

mv：移动或者重命名

注意：重命名时需要注意名字是否使用过，有可能误操作会导致重名文件丢失

cp:copy and paste

常见参数：-r, copy directories recursively

常见用法：cp [OPTION] SOURCE DIRECTORY

把文件夹及其包含的文件都拷贝过去

rm:remove

##常见参数：
-f ##force 强制删除不显示警告讯息
-i ##在删除前会先询问用户
-r ## 递归删除文件夹

##常见用法：
rm [-option] file

常见用法：

练习4

场景4：创建软连接

1.相当于windows下的快捷方式，方便操作。

2.节约空间，cp是复制粘贴

ln:link 链接，分软链接（常用）和硬链接（默认）

常见参数：不加参数即为硬链接，加上 –s 参数即为软链接，软链接的作用类似快捷方式
常见用法：ln –s TARGET DIRECTORY （软链接）

删除软链接（不管软链接的对象是文件还是文件夹）：rm ; 千万不要rm -r：会递归的把所在文件夹整个删除！！！

如图所示：蓝色表示链接成功，红色不成功

场景5：压缩文件怎么处理呢？

tar：tape archive 压缩或者解压文件.

##常见参数：
-c ## 创建一个新的tar归档文件（创建压缩文件）
-x ## 从已有tar归档文件中提取文件（解压缩）
-f ## 输出结果到文件或设备
-v ## 在处理文件时显示文件（显示处理进度）
-j ## 将输出重定向给bzip2命令
-z ## 将输出重定向给gzip命令

## 常见用法
解压：tar [参数] [待解压包]
压缩：tar [参数] <压缩后文件名> [待压缩文件/目录]

#zxvf顺序最好不要改变，即使改变f也要放在最后

zx/cvf 注意键盘顺序

解压

压缩

其他压缩和解压命令

打包和压缩的区别

小技巧

文本查看、操作、统计命令

文件查看

标准输出流

cat： concatenate 查看文本文件的内容，输出到屏幕

不能正常删除的话就 ctrl+del ！！！

head / tail：查看文件的前/后 n 行，默认 10 行

more:逐页查看，按空格翻页，按回车换行，q退出

less [参数] 文件名

n往下翻，N往上翻

练习6

less也可以查看压缩文件

##1.
$ cat > file
12345
un deux trois quatre cinq
^C
June16 15:32:30 ~
$ cat file
12345
un deux trois quatre cinq

##2.
$ cd Data/
-bash: cd: Data/: No such file or directory
June16 15:35:23 ~/Data
$ ls
bashrc_bk   example.fq   Homo_sapiens.GRCh38.102.chromosome.Y.gff3.gz
example.fa  example.gtf  readme.txt

June16 15:35:43 ~/Data
$ head -12 example.fq
@ERR329499.1 HWUSI-EAS697:8:115:13414:19955#ACAGTG/1
AAAAAATTGGTGTTATAAGACTTCTGGACCCTGAAGATGTCGATGTCTCCTCACCTGATGAAAAATCAGT
+
HIIIIIIHIIHIHIIIGEIIIIIIIIIIIIIIHEHIGIIHHHIIIHIGIIIIIIGGIEHIDEIHBEBEFB
@ERR329499.2 HWUSI-EAS697:8:116:12001:8002#ACAGTG/1
CATGTTGTCACTTTTTCCATGAGCCACGTAGTACAGAGAACGCGGCACTCCATAAGGACCATTTGTCCTG
+
GGEECDGGE@GGGGGGGGBGEDBGGHHGHGEBGDDDB@DGHDHFBGBDBDD@D2DCECEB@>?C@BECEC
@ERR329499.3 HWUSI-EAS697:8:109:15856:9893#ACAGTG/1
GCCAGATCCATTTTCAGTGGTCTGGATTTCTTTTTATTTTCTTTTCAACTTGAAAGAAACTGGACATTAG
+
IIIIIIIIIGIIIIHBIBFFBBDBB=DGGBA:>=:1@D<A>><=CA@@@A@@79===...9=98=@CC@@
June16 15:36:06 ~/Data
$ tail -12 example.fq
@ERR329499.998 HWUSI-EAS697:8:110:6476:20240#ACAGTG/1
GTGCGTTCTGGTGGGAGGGTAGGAGGTGCAGCCCCAAGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACGCCCGCC
+
GHHHHHDHHHGBGGD;D==;CEC?BA*?A==@?==DEEGEC<8A##########################
@ERR329499.999 HWUSI-EAS697:8:105:13870:5157#ACAGTG/1
CTTCGGTGTGTCCTTCAAAGATTTACACAACATTGTCCTAAAGGGAAGTCACAGCAGCTTAGCTGTTTCT
+
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIHIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIHHIII
@ERR329499.1000 HWUSI-EAS697:8:113:1532:14172#ACAGTG/1
CAGATTACTTTTAACTNCATGGGTTAAATTCCTGTGGGAGTCTTACAGGCAGTGTTTGGACCTTCTTAGA
+
IHIIIIIIIIIIIIID#DBEBBC?BHIGIIIIHIIHHHHIGIIIIGIHGHIIDDGFFFCDGIGIFGHDFG

##3.
June16 15:36:24 ~/Data
$ less example.gtf
June16 15:37:26 ~/Data
$ less -S example.gtf
June16 15:38:03 ~/Data
$ less -SN example.gtf

文件操作

wc：统计文本

常见参数：（不加参数的话输出的三个数值就是 行数、字符数、字节数）

-l 统计行数 （小写的L）

-w 统计字符串数 （前后是空格就认为是一个字符）

-c 统计字节数

cut ：文本切割

常见参数：

-d 指定分隔符，默认\t（Tab键）；

-f 输出哪几列（字段fields）

指定分隔符只能单个字符

-f 不论写的顺序，都会按照从小到大的列数输出

sort:排序

常见参数：

-n：按照数值从小到大进行排序

-V：字符串中含有数值时，按照数值从小到大排序

-r：逆向排序

-k：指定区域

-t：指定分隔符

（1）-k -r

-k 3是一对，-r要么放前面要么放后面，不要放中间

（2）-k -n

只有-k不是按照数值大小排序，是比较每一位的数值

加上-n即可按数值大小排序

（3） -V

uniq:取出重复行

常见参数：

-c 统计每个字符串连续出现的行数

-c

paste：文本合并

常见参数：

-d：指定分隔符

-s：按行合并

常见用法：

1. paste file1 file2

2. seq 20 | paste - -

相当于R里的cbind

上下合并

paste 左右合并

指定分隔符 -d

按行合并 -s

seq 20 | paste - -

tr：字符替换

常见参数：

-d：删除指定字符

-s：缩减连续重复字符

"被替换" "要替换": 替换

(1) -d

tr -d " "--去除空格

tr -d "\n"------去除分行（\n--回车）

^i （或者\t)——Tab键

（2）-s

(3) 替换 tr "被替换" "要替换的"

练习7

##1.用 cat 查看 example.gtf，通过管道符传递给wc,统计行数
cat example.gtf | wc -l

##2.截取 example.gtf 第 9列的内容
cat example.gtf | cut -f 9 | head

##3.在第2步的基础上以分号作为分割符，截取第1列
cat example.gtf | cut -f 9 |cut -d ";" -f 1 | head

##4.在第3步的基础上排序、去重复并统计行数
cat example.gtf | cut -f 9 |cut -d ";" -f 1 | sort -n | uniq -c

##5.在第4步的基础上，将空格替换成冒号
cat example.gtf | cut -f 9 |cut -d ";" -f 1 | sort -n | uniq -c | tr " " ":"

小结

cut后面的行数无论何种顺序，输出结果都是按照从大到小，awk命令可以按照书写顺序输出

拓展

http://man.linuxde.net/Linux命令大全

linux命令在线中文手册linux命令手册

鸟哥的Linux私房菜：基础学习篇 第四版 | 鸟哥的 Linux 私房菜：基础学习篇 第四版鸟哥的Linux私房菜：基础学习篇 第四版（在线阅读版）