序列比对

概念：

　　如果两个序列享有一个共同的进化上的祖先,则这两个序列是同源的(homologous)

　　直系同源:若一一个基因原先存在于某个物种,而而该物种分化为了两个物种,两个物种中的相同的基因功能未变化;

　　旁系同源的序列因基因复制(gene duplication)而被区分开(separated):若生生物体中的某个基因被复制了,功能改变了,那么两个副本序列就是旁系同源的。因此,旁系同源基因存在于同一个物种。

　　http://seqanswers.com/wiki/Software/list

比对：

　　全局比对：Clustalw　　 MUSCLE　　HMMER（进化树）

　　　　Clustalw下载：http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html

　　局部比对：BLAST　　Blat　　Blastz　　Genewise　　Fasta　　

　　　　Blast—Basic Local Alignment Search Tool　　http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi　　

                                            nr:非冗余的核酸库　nt:非冗余的蛋白库

　　　　一段序列和另一段所关心的序列之间有没有同源的子序列

　　　　多序列比对的干广泛应用(Tree View　　FigTree　　MEGA)

1：获得共性序列　　

2:种系分析　　

3:保守区段分析

　　短序列比对：SOAP2　　BWA　　Bowtie　　MAQ

　　　　tophat 　　star 　　hisat