2019年11月_wangchuang2017

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原创 PL/SQL高级编程

PL/SQL高级编程实验目的：1、掌握PL/SQL的数据结构和编程结构，掌握应用PL/SQL编写简单程序的方法2、理解存储过程的概念，掌握编写存储过程的方法3、理解函数的概念，掌握编写存储过程的方法实验内容：一、PL/SQL编程基础1、pl/sql的组成：声明块、执行块、异常处理块2、编制代码实现1+2+...+100的计算declaren int;result int;...

2019-11-30 22:12:06 217

原创 Oracle的视图与索引

实验目的: 1、理解索引和位图索引的基本概念 2、掌握索引和位图索引的创建方法，并使用索引对查询过程产生的影响进行分析 3、理解视图的基本概念 4、掌握视图的创建方法，并对视图中数据查询与更新进行操作，明确其使用的注意事项。实验步骤：1、创建有特点的大数据表。为了保证索引产生前后，查询效果的正确比对，应建立一个存在大量数据的测试表。这个测试表的数据来源于SYS...

2019-11-30 22:10:26 132

原创实验四数据库SQL语言基础编程

-- 实验四数据库SQL语言基础编程-- 实验目的：-- 掌握数据库查询语句的编写方法-- 掌握利用查询语言完成基本查询-- 掌握利用SQL语句完成数据的添加、删除、修改操作-- 实验内容：-- 一、简单查询-- 编写简单查询语句，理解笛卡尔积、选择、投影的概念及其在SQL中的实现-- 查询员工表与部门表的笛卡尔积 select empno,ename,...

2019-11-30 22:07:13 351

原创实验五 oracle高级数据查询技术

实验五 oracle高级数据查询技术实验目的：一、掌握日期型数据的操作技术二、掌握层次查询技术三、理解情景查询与翻译查询技术四、了解统计查询技术实验内容：一、日期型数据的操作日期型数据的查询显示（默认情况）selecthiredatefromemp;不同语言环境下日期型数据查询结果的差异alter session set nls_date_l...

2019-11-30 22:03:40 177

原创解锁oracle数据库的 scott用户，亲身测试。success

一、解锁scott用户安装完oracle和PL/SQL developer之后登录用户scott突然发现无法登录，没有解锁。接下来给大家讲解下，怎么解锁scott用户。在cmd命令提示符中可直接登录oracle,输入如下命令：sqlplus输入用户名和口令（按照这个方法，这里直接进入）请输入用户名：sys输入口令：sys as sysdba //注意：在口令这里输...

2019-11-30 17:14:04 452

原创 Oracle Database 11g的使用

----------------------------Oracle Database 11g-网络配置----------------------------使用SQL*PLUS访问数据库System身份登陆：执行查询：Select instance_name,host_name from v$instance;查看实例的名字及服务器的名字。Select...

2019-11-30 17:07:05 404

原创使用Oracle创建图书馆数据库

select * from bookinsert into book values('001','大型数据库技术',28.3,200,'是')insert into book values('002','SQL Server2019',28.3,200,'是')insert into book values('003','java高级编程技术',28.3,200,'是')insert ...

2019-11-30 16:30:41 1978

原创 SQL相关查询

--1．查询学生的基本信息；select * from studentgo--2．查询“CS”系学生的基本信息；select * from studentwhere sdept='cs'go--3．查询“CS”系学生年龄不在19到21之间的学生的学号、姓名；select sno,sname from studentwhere sdept=...

2019-11-30 16:30:31 1473

原创 SQL相关题目

4.2 查询功能SQL的核心是查询。SQL的查询命令也称作SELECT命令，它的基本形式由SELECT-FROM-WHERE查询块组成，多个查询块可以嵌套执行。以下表为以后的例子中使用表：档案（学号，姓名，性别，民族，毕业成绩，毕业去向）成绩（学号，数学，语文，外语，总分，平均分）§4.2.1 简单查询由SELECT和FROM构成的无条件查询，或由SELE...

2019-11-29 20:55:04 838

原创 SQL2005的安装与使用

安装SQL2005有这两个文件SQLEXPR32_CHS.EXE和SQLServer2005_SSMSEE先装谁第一个SQLEXPR32_CHS.EXE，第二个SQLServer2005_SSMSEE注意装第二个的时候，要装.net framework 2.0，第二个是其设计、控制界面，类似于原来的企业管理器。二．Microsoft SQL Server2008新建用户登录SQL...

2019-11-29 20:53:56 349

原创 MySQL的使用

从cmd中进入MySQL的命令界面1.开始中找出运行:输入cmd2.查找appserv所在盘，我的在D盘，所以接着输入：d:3.在d盘中查找mysql所在目录:cd appserv\mysql\binMySQL\Installation\MySQL Server 5.7\bin4.再输入主机名、数据库名、密码:mysql -h localhost -u root -p5.最后输入...

2019-11-29 20:52:43 115

原创 3.61 视图

1createviewIS_Student.notecreateviewIS_StudentasselectSno,Sname,Sage,SdeptfromstudentwhereSdept='IS'select*fromIS_student2.notecreateviewIS_S1(Sno,Sname,Grade)as...

2019-11-29 20:51:36 121

原创 3.5.1 插入 3.5.2 修改

一．查询二．修改修改多个元组的值6所有学生年龄增加1岁.noteupdatestudentsetsage=sage+1带子查询的修改语句7.noteupdatescsetgrade=0where'cs'=(selectSdeptfromstudentwhere...

2019-11-29 20:49:56 114

原创 3.4.3 嵌套查询

3.4.3 嵌套查询一．带有in谓词的子查询用自身连接完成 .noteselects1.sno,s1.sname,s1.sdeptfromstudents1,students2wheres1.sdept=s2.sdeptands2.sname='刘晨'student 表39查询与刘晨在同一个系学习...

2019-11-29 20:48:13 2283

原创 3.4.2 连接查询

3.4.2 连接查询一．等值非等值查询等值连接33查询每个学生及其选修课的情况.noteselectstudent.*,sc.*fromsc,studentwheresc.sno=student.snoSCcourse自然连接34.no...

2019-11-29 20:43:54 112

原创 3.4.1 单表查询

3.4.1 单表查询一．选择表中若干列1查询全体学生的学号和姓名select sno, snamefromstudent 3查询全体学生的详细记录selectsno,sname,ssex,sage,sdeptfromstudentselect *from student 2查询全体学生的...

2019-11-29 20:43:06 1676

原创外键的使用

一定要先删除sc表中的某元组行,,,再删除course表中的元组行.note一定要先删除sc表中的某元组行,,,再删除course表中的元组行course表SC表删除course表中的元组行,,出现错误sc ---->参照 courseP155 删除元组行破坏参照完整性 ...

2019-11-29 20:37:34 447

原创创建Student Course SC表

student表createtablestudent(snochar(9)primarykey,snamechar(20)notnull,Ssexchar(20)check(Ssexin('男','女')),Sagesmallintcheck(Sagebetween12and40),Sdeptchar(2...

2019-11-29 20:35:54 13960

原创不用在读长和准确性之间做选择题，PacBio发表新方法

不用在读长和准确性之间做选择题，PacBio发表新方法来源：2019/8/19 16:21:56点击：125从一开始，研究人员似乎就面临着艰难的选择。一边是Illumina产生的短序列，高度准确但读长很短，另一边则是Pacific Biosciences和Oxford Nanopore产生的长序列，但准确性却无法让人满意。研究人员的梦想是拥有既长又准确的测序读数。如今，P...

2019-11-28 22:56:58 360

原创 Hybrid de novo tandem repeat detection using short and long reads 使用短读和长读的混合从头到尾串联重复检测

背景串联重复序列作为基因组重排研究的热点之一，对遗传疾病的遗传背景有着重要的影响。许多用于参考序列串联重复检测的方法获得了高质量的结果。但是，在de novo上下文中，没有可用的参考序列，串联重复检测仍然是一个难题。用第二代测序方法获得的短序列长度不足以跨越包含长重复的区域。这种长度限制是通过第三代测序平台(如太平洋生物科学技术公司)获得的长读来解决的。尽管如此，读取长度的增加伴随着明显的错误...

2019-11-28 18:37:00 257

原创大肠杆菌 Bacteria Escherichia coli PacBio Data

https://github.com/PacificBiosciences/DevNet/wiki/E-coli-K12-MG1655-Hybrid-AssemblyE coli K12 MG1655 Hybrid AssemblyEdit New PagePacific Biosciences edited this page on 23 Jul 2013 · 5 revision...

2019-11-28 15:33:03 161

原创酵母菌 Yeast Saccharomyces cerevisiae

https://github.com/PacificBiosciences/DevNet/wiki/Saccharomyces-cerevisiae-W303-Assembly-ContigsSaccharomyces cerevisiae W303 Assembly ContigsEdit New PageCasey Bergman edited this page on 28 Fe...

2019-11-28 15:32:52 529

原创 GCF_000238955.2 Maylandia zebra 斑马拟丽鱼 Scaffold

GCF_000238955.2 Maylandia zebra 斑马拟丽鱼 Scaffoldhttps://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/all/GCF/000/238/955/

2019-11-28 15:32:28 258

原创 An improved genome reference for the African cichlid, Metriaclima zebra 非洲慈鲷，斑马宫丽鱼的改良基因组参考

Advances in high-throughput genome sequencing have allowed relatively inexpensive genome projects to be conducted for almost any organism. Projects such as the ‘Genome 10K Project’, which aims to sequ...

2019-11-28 11:30:25 375

原创 saccharomyces_cerevisiae 酿酒酵母

ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_embl/saccharomyces_cerevisiae/ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/saccharomyces_cerevisiae/dna/ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-75/fasta/sacchar...

2019-11-28 11:08:51 439

原创 FastQC 配置及基本使用

一.FastQC 安装$ wget http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip$ unzip fastqc_v0.11.7.zip$ cd fastqc$ chmod 744 fastqc# 将 fastqc 设置为可执行程序 ↑ or ↓$ chmod u+x fastqc...

2019-11-27 20:43:23 2257

原创 Fastq与Fasta格式

Fastq与Fasta格式一、关于FastqFASTQ是基于文本的，保存生物序列（通常是核酸序列）和其测序质量信息的标准格式。其序列以及质量信息都是使用一个ASCII字符标示，最初由Sanger开发，目的是将FASTA序列与质量数据放到一起，目前已经成为高通量测序结果的事实标准。二、Fastq的格式FASTQ文件中每个序列通常有四行：第一行，序列标识以及相关的描述信息，以‘@...

2019-11-27 19:47:50 1533

原创 canu软件文献

canu软件文献1）背景组装：短的reads通过overlap来组装成contig局限性：repeat 大于overlap导致ambiguous reconstructions and fragment the assembly两个策略：increasing the effective read length（增加reads长度）, and separati...

2019-11-27 18:57:08 233

原创如何根据SRA accession number 从NCBI下载数据

根据accession number从NCBI下载FASTQ/FASTA格式的测序数据（pig）1. 打开NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/），输入accession number搜索，我查阅一些文献是关于通城猪的（SRX510749）（Li X, et al. 2014. Genome-wide scans to detect positive sele...

2019-11-27 18:56:43 2046

原创 SRA数据库的各种编号（DRP， ERP 或SRP）

S R A 数据库，最初的命名为Short Read Archive，现已改为SequenceRead Archive。SRA 数据库的组织架构1，meta 数据是指与测序实验及其实验样品相关的数据，如实验目的、实验设计、测序平台、样本数据(物种，菌株，个体表型等)，在SRA数据库中，meta数据分如下层次来存储：(1)研究课题(study)。在 SRA 数据库中，研究课题...

2019-11-27 17:21:54 5495

原创下载 NCBI sra 文件

随着测序技术的不断提高，二代测序数据成指数增长。NCBI提供了SRA数据库存储这些数据。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra为了方便更好的分析这些数据，NCBI提供了下载的命令行工具：sra-toolkit。包括以下命令：官方文档：http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc...

2019-11-27 17:16:07 375

原创 CDS和ncRNA的分物种数据库

CDS和ncRNA的分物种数据库bioinfo2011关注2018.04.16 00:31:59字数 399阅读 128Ensembl FTP网站 (ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta) 收集了大多数物种的DNA, protein, CDS, ncRNA信息1. DNA不用说，就是基因组信息2. protein，就...

2019-11-27 16:47:54 1083

原创用Eclipse 开发Dynamic Web Project应用程序

用Eclipse 开发Dynamic Web Project应用程序一、创建Server通过菜单选择File > New > Other>Server，创建Server，如下图所示。二、创建Dynamic Web Project项目1、菜单选择File > New >other>web> Dynamic Web Project，...

2019-11-27 15:35:56 1346 1

原创 java JDK 11.0.5的安装

编辑Path变量把%JAVA_HOME%\bin;这个变量插入最前面，注意要有分号和后面的变量间隔开点击环境变量->新建->变量名JAVA_HOME，变量值JDK11的安装目录如"D:\Java\JDK11\"输入java -version 看看是不是java11where java可以检测环境变量中生效的jdk是不是自己安装的位置如果提示不是内部或...

2019-11-27 11:35:39 2325 1

原创 bedtools 的安装与使用

下载v2.25.0版本的源代码，进行安装wget https://github.com/arq5x/bedtools2/archive/v2.25.0.tar.gztar zxvf v2.25.0 cd bedtools2-2.25.0/makecd bin/export PATH=$PWD:$PATH2) 使用intersect：求两个区间的交集，输入文件可以是bed,...

2019-11-25 23:27:38 11717 2

原创 Bicolor的使用

CC = g++GATB=/opt/biosoft/gatb-core-master/gatb-core# CFLAG = -O3 -Wall -I$(GATB)/include/ -L$(GATB)/lib/ -lgatbcore -lhdf5 -ldl -lz -lpthread -std=c++0x#CFLAG = -Wno-deprecated -I$(GATB)...

2019-11-25 16:28:49 172

原创 NCBI-SRA数据下载

SRA 数据库，为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的原始数据，来自四个测序平台，分别为：Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。从事生物信息分析的老师和同学一般都会接触SRA数据，下载SRA数据的方法也有很多，这里来简单总结一下。方法一：SRA　Tookit下载SRA Tookit　是NCBI 提供的下载软件...

2019-11-25 11:25:40 2007 1

原创 E. coli 大肠杆菌短read ERR022075

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/?term=ERR022075ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR022/ERR022075/ERR022075_1.fastq.gzftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/ERR022/ERR022075/ERR022075_2.fastq.gz...

2019-11-24 22:15:25 226

原创软件seqtk的使用

安装cd /home/llt/softwaregit clone https://github.com/lh3/seqtk.gitcd seqtkmake

2019-11-24 21:42:51 1276

原创 High Throughput Algorithm for Long Read Error Correction

https://github.com/lanl001/halcLATEST NEWSThe HALC paper is accepted for publication in BMC Bioinformatics!OverviewHALC is software that makes error correction for long reads with high through...

2019-11-24 11:24:43 131