bedtools 的安装与使用

下载v2.25.0版本的源代码，进行安装

wget https://github.com/arq5x/bedtools2/archive/v2.25.0.tar.gz
tar zxvf v2.25.0 
cd bedtools2-2.25.0/
make
cd bin/
export PATH=$PWD:$PATH

2) 使用

intersect： 求两个区间的交集，输入文件可以是bed,gff,vcf

准备两个测试文件，

cpg.bed,其内容为

chr1    20  70  CPG_1 chr1    100 120 CPG_2 chr1    150 250 CPG_3

exon.bed,其内容为

chr1    10  40  exon_1 chr1    50  60  exon_2 chr1    130 180 exon_3 chr1    200 280 exon_4

使用默认参数，求这个文件的overlap,运行

bedtools intersect -a cpg.bed  -b exon.bed

结果为

chr1    20  40  CPG_1 chr1    50  60  CPG_1 chr1    150 180 CPG_3 chr1    200 250 CPG_3

可以看出，默认情况下只输出A中overlap的区域

添加-wa 参数， 再次运行

bedtools intersect -a cpg.bed  -b exon.bed -wa

结果为：

chr1    20  70  CPG_1 chr1    20  70  CPG_1 chr1    150 250 CPG_3 chr1    150 250 CPG_3

可以看出，加上-wa 参数后，只要A中的这段区域与B中区域有交集，就输出，而且overlap几次，就输出几次

添加-wb 参数，运行

bedtools intersect -a cpg.bed  -b exon.bed -wb

结果为：

chr1    20  40  CPG_1   chr1    10  40  exon_1 chr1    50  60  CPG_1   chr1    50  60  exon_2 chr1    150 180 CPG_3   chr1    130 180 exon_3 chr1    200 250 CPG_3   chr1    200 280 exon_4

可以看出，加上-wb参数后，除了输出A中的overlap区域外，还会输出B中的整个区间

加上-wa, -wb 参数，再次运行

1	bedtools intersect -a cpg.bed  -b exon.bed -wa -wb

结果为：

1 2 3 4

chr1    20  70  CPG_1   chr1    10  40  exon_1 chr1    20  70  CPG_1   chr1    50  60  exon_2 chr1    150 250 CPG_3   chr1    130 180 exon_3 chr1    150 250 CPG_3   chr1    200 280 exon_4

可以看出，同时添加-wa和-wb参数会将overlap 区域成对输出

-c参数，统计A中每个区域与Boverlap的次数

bedtools intersect -a cpg.bed  -b exon.bed -c

结果为：

chr1    20  70  CPG_1   2 chr1    100 120 CPG_2   0 chr1    150 250 CPG_3   2

-v参数：只输出A中没有与Boverlap的区域

bedtools intersect -a cpg.bed  -b exon.bed -v

结果为:

chr1    100 120 CPG_2

可以看出，只要只要与B有overlap就不输出。

 

cpg.bed  exons.bed

cpg.bed

chr1    20    70    CPG_1

chr1    100 120   CPG_2

chr1    150 250   CPG_3


exons.bed

chr1   10    40     exon_1

chr1    50   60     exon_2

chr1   130  180   exon_3

chr1   200 280   exon_4