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基因组测序
文章平均质量分 68
wangchuang2017
天下才子,中州过半
惟楚有才,于斯为盛
实事求是,知行合一
师者,所以传道,授业,解惑也
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测序平台和测序技术是怎么对应的?
测序技术迄今经历了三代的发展。原创 2022-06-16 16:46:38 · 432 阅读 · 0 评论 -
基因测序的回顾与展望
基因测序的回顾与展望阳洋自2005年人类基因组计划(Human Genome Project, HGP)完成以来,其成果已经应用在了基础科学、临床医疗等各个领域,而测序人类基因组的成本也从HGP时的58亿美元下降到了2014年的不足1000美元。这得益于技术的进步,二代测序技术的出现使得基因测序所需的成本与时间大大下降。自从454公司开创先河发布第一种二代测序平台以来,Helicos、ABI的Solid、Illumina (Solexa) 等新二代测序平台不断涌现,虽然各种测序原创 2021-10-07 18:38:29 · 518 阅读 · 0 评论 -
ART基因序列生成器,究竟是做什么的?
ART是一款比较流行的模拟数据软件。可以模拟生成三大二代测序平台Illumina's Solexa, Roche's 454和Applied Biosystems' SOLiD的single-end, paired-end/mate-pair reads,同时也可以对序列比对、无参组装、call SNP等进行打分,可以说是功能相当全面。ART原始生成的是测序数据fastq文件。而且只能用一个物种的基因组做为输入。,art生成的fastq文件是模拟测序生成的序列?那那些所谓的quality scor原创 2021-09-27 15:00:51 · 696 阅读 · 0 评论 -
基因组行业重大事件介绍
1953年,沃森和克里克共同提出了DNA 分子的双螺旋结构,标志着生物科学的发展进入了分子生物学阶段.DNA双螺旋结构的提出开始,便开启了分子生物学时代.分子生物学使生物大分子的研究进入一个新的阶段,使遗传的研究深入到分子层次,“生命之谜“被打开,人们清楚地了解遗传信息的构成和传递的途径.在以后的近50年里,分子遗传学,分子免疫学,细胞生物学等新学科如雨后春笋般出现,一个又一个生命的奥秘从分子角度得到了更清晰的阐明,DNA重组技术更是为利用生物工程手段的研究和应用开辟了广阔的前景.在人类最终全面揭开生命..原创 2021-09-23 16:06:21 · 202 阅读 · 0 评论 -
2021-2027全球与中国DNA测序市场现状及未来发展趋势
2021-2027全球与中国DNA测序市场现状及未来发展趋势晓晓关注她2021-2027全球与中国DNA测序市场现状及未来发展趋势本报告研究全球与中国市场DNA测序的发展现状及未来发展趋势,分别从生产和消费的角度分析DNA测序的主要生产地区、主要消费地区以及主要的生产商。重点分析全球与中国市场的主要厂商产品特点、产品规格、不同规格产品的价格、产量、产值及全球和中国市场主要生产商的市场份额。主要生产商包括:IlluminaRochePacific Biosciences原创 2021-02-24 09:32:54 · 732 阅读 · 0 评论 -
链特异性建库方式
你好就是关于建库测序存在疑问,我看网上有一种链特异性建库,把cDNA第二链降解然后扩增,那扩增过程中不就又有二链了吗,怎么知道的方向性?链特异性建库方式(以目前最常用的dUTP为例,如下图所示)首先利用随机引物合成RNA的一条cDNA链,在合成第二条链的时候用dUTP代替dTTP,加adaptor后用UDGase处理,将有U的第二条cDNA降解掉。...原创 2021-02-22 17:28:42 · 1620 阅读 · 3 评论 -
基因组组装算法
本文主要内容:De Bruijn graph算法 基因组组装过程 Kmer为什么是奇数 Kmer的作用在上篇文章cutadapt使用指南中,我们提到可以使用minion来寻找测序数据的接头,但是原理是什么呢?这个问题激发了我的兴趣,于是搜索了原文献:Unfortunately sometimes adapter information is not properly tracked and attached as metadata to the raw sequencing data and原创 2021-02-20 11:30:11 · 1023 阅读 · 0 评论 -
基因就是DNA吗
基因就是DNA吗说到DNA,不少人会说:那不就是基因吗?其实,这是一种误解。DNA和基因是两个频繁使用的科学词汇,两者关系非常密切,但又绝不能把DNA等同于基因。打个比方,将一根长长的钢丝,每隔一段绕成包含几个圈的弹簧圈,这时的钢丝除有直的部分外还有弹簧圈,尽管弹簧圈是由钢丝绕成的,但是不能简单地把弹簧圈等同于钢丝。DNA与基因就如同弹簧圈与钢丝:基因是DNA构成的,但绝不能把DNA都看作基因。那么,DNA究竟是什么呢?它的全名叫脱氧核糖核酸,是一类大分子,因最初是从细胞核中提取出来的.原创 2021-02-17 17:24:37 · 1204 阅读 · 0 评论 -
纳米孔(Oxford Nanopore)测序仪的学习笔记
纳米孔(Oxford Nanopore)测序仪的学习笔记最近学习了测序中国探基学院的相关课程,关于纳米孔(Oxford Nanopore)测序仪,由诺禾致源的工作人员主讲,收获了一些知识,在此记录一下。他们讲的内容多了一些实践相关的经验,值得学习。关于纳米孔测序仪的性能指标1.准确度已经从R6试剂的70%提升到了现在的95%。 2.建库起始DNA量建议大于10微克。关于建库方式1D Ligation 1D + Barcode–损伤修复–末端制备–1D蛋白–PCR-free或者PCR测序(原创 2021-02-16 10:18:21 · 2754 阅读 · 0 评论 -
深度学习 + 基因组学:破译人类 30 亿碱基对
深度学习 + 基因组学:破译人类 30 亿碱基对【新智元导读】基因技术被认为是改变未来的技术之一。根据麦肯锡的报告,预计到2025年,全球将会累计产生 10 亿人次的全基因组数据。基因组学所需的数据量如此巨大,用深度学习技术去探索人类基因组密码便成为了趋势与未来。本专栏将结合最新的一篇来自于卡耐基梅龙大学的综述论文,回顾与展望这一交叉学科的发展。自从2013年变分自动编码器(VAEs)被提出,2014年Goodfellow提出生成对抗网络(GANs)起,生成式模型(generative mod.原创 2021-01-24 16:47:40 · 1478 阅读 · 0 评论 -
测序 测序过程和原理
测序知识萱_1014已关注0.1552020.06.21 17:10:13字数 1,784阅读 74 测序过程和原理测序原理:一代测序(Sanger测序):(1)目前一代测序在验证序列(就是平时送公司测序返回来自己blast的那些)以及验证基因组组装完整性方面都是金标准。(2)一代最长能测1000bp,(3)它一次只测一条,也就是所谓的通量低(4)准确度很高,99.999%NGS (next generatio...原创 2021-01-23 17:00:12 · 8186 阅读 · 1 评论 -
混合和可扩展的纠错算法,用于长读的插入缺失和替换错误
混合和可扩展的纠错算法,用于长读的插入缺失和替换错误Arghya Kusum Das, 萨彦·高斯瓦米(Sayan Goswami) 李基成& 承钟公园BMC基因组学卷20,产品编号:948(2019)引用本文 895次访问 1高度 指标细节 抽象背景长读测序显示出有望通过提供更完整的装配来克服第二代测序的短长度限制。但是,与短读相比,长测序读段的计算面临着更高的错误率(例如13%vs. 1%)和更高的成本(每Mbp 0.3美元v...原创 2020-12-15 21:19:22 · 910 阅读 · 0 评论 -
基因组测序为什么没完没了?
基因测序, 适可而止, 否则就是误区, 原因有:1, 基因的修饰2, 基因的整体效应3, 基因的个体背景4,基因间相互作用。5 , 基因的时效性等等, 都不是简单的测序可以解决的, 国内华大的方向有误, 不推崇因为远没有饱和啊。理想的研究状态 每个生物样品都要测序,且要3个以上的重复。现在许多物种都只测了参考基因组,更多的物种都没测完,更别说你想一次实验几百个上千的样品单独测序了。这还只是基因组DNA水平上的测序。甲基化,转录组,蛋白组,小RNA各种各样都要测序。作者:Dontkm原创 2020-12-06 16:47:30 · 1510 阅读 · 0 评论