RDKit | 通过评估合成难度(SA Score)筛选化合物

本文介绍了在药物研发中评估化合物合成难度的重要性,特别是通过SA Score(Synthetic Accessibility score)这一方法。SA Score利用分子结构复杂性和子结构频率来快速评估大量化合物的合成可行性,为早期筛选提供支持。
摘要由CSDN通过智能技术生成

        无论如何获得先导化合物,评估候选先导化合物的合成难度都很重要。无论该化合物在计算机上的应用前景如何,实际上并未对其进行合成和评估。

       介绍SA score(Synthetic Accessibility score)作为评估化合物合成难易程度的一种方法。


药物研发中合成难度评估的重要性

药物发现研究中的主要候选化合物:

  • 预期的活性值
  • 结构新颖,易于申请专利
     

       如果化合物是从商业产品或内部数据库获得,则“合成潜力”得到保证。另一方面,尚不清楚是否可以实际合成复杂的天然化合物或从头设计的化合物。

       无论如何,在研究的某个阶段都必须考虑化合物的“易于合成”。在这种情况下,如果优先考虑其他指标(例如活性)并在最后考虑“合成的难易程度”,则倾向于选择具有相似化学型和骨架的化合物。为了防止这种情况,期望从筛选的初期就通过均等地处理“合成可及性”来评价化合物。换句话说,用一种简单的方法来评估大量化合物的“合成容易性”很重要。

       经验丰富的合成化学家可以

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首先,我们需要将文法转换为增广文法形式,添加一个新的起始符号 S0,并添加一个新的产生式 S0 -> S。 增广文法为: S0 -> S S -> AS | b A -> SA | a 接下来,我们需要找出所有的活前缀。 对于每个产生式,我们都可以将它们拆分为两个部分:前缀和后缀。前缀指的是所有已经匹配到的符号,后缀指的是还未匹配到的符号。 对于 S -> AS 和 A -> SA,它们的前缀都是 S,后缀分别为 A 和 a。因此,S 和 SA 都是 S 的活前缀。对于 S -> b,它的前缀为 S,后缀为 b,因此 S 和 b 都是 S 的活前缀。对于 A -> a,它的前缀为 A,后缀为 a,因此 A 和 a 都是 A 的活前缀。 接下来,我们可以根据这些活前缀构建 DFA。DFA 的每个状态都表示一个活前缀,转移边表示从一个活前缀到另一个活前缀的转移关系。 构建 DFA 的步骤如下: 1. 构建初始状态,初始状态为增广文法的起始符号 S0 的活前缀 {S}。 2. 对于每个活前缀集合,找出所有可能的转移符号。 - 对于 S 的活前缀 {S},可以通过产生式 S -> AS 和 S -> b 转移到 {AS} 和 {b}。 - 对于 AS 的活前缀 {AS},可以通过产生式 A -> SA 和 A -> a 转移到 {SAS, aS} 和 {a}。 - 对于 SAS 的活前缀 {SAS},可以通过产生式 A -> SA 和 A -> a 转移到 {ASASA, aSA} 和 {aS}。 - 对于 aS 的活前缀 {aS},可以通过产生式 S -> AS 和 S -> b 转移到 {AS} 和 {b}。 - 对于 aSA 的活前缀 {aSA},可以通过产生式 S -> AS 和 S -> b 转移到 {ASA} 和 {bA}。 - 对于 ASA 的活前缀 {ASA},可以通过产生式 A -> SA 和 A -> a 转移到 {SASA, aSA} 和 {aS}。 - 对于 ASASA 的活前缀 {ASASA},可以通过产生式 A -> SA 和 A -> a 转移到 {SASASA, aSASA} 和 {aSA}。 - 对于 aSA 的活前缀 {aSA},可以通过产生式 S -> AS 和 S -> b 转移到 {ASA} 和 {bA}。 - 对于 bA 的活前缀 {bA},可以通过产生式 A -> SA 和 A -> a 转移到 {SA} 和 {aSA}。 3. 对于每个活前缀集合,标记终止状态。终止状态指的是包含起始符号的活前缀集合。 - 在本例中,只有 {S} 是终止状态。 最终得到的 DFA 如下图所示: ``` +-----+ | | v | +---------+---------+ | | | v v | +------+ +------+ | | S | | AS | | |(start)| | | | +------+ +------+ | | | | | a | a | | | | v v | +------+ +------+ | | aS | | aSA | | | | | | | +------+ +------+ | | | | | S | A | | | | v v | +------+ +------+ | | AS | | ASA | | | | | | | +------+ +------+ | | | | | b | b | | | | v v | +---------+---------+ | v +------+ | | v | (end) ``` 其中,(start) 表示初始状态,(end) 表示终止状态。
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