py3Dmol 简介、安装与入门

最新推荐文章于 2025-03-27 14:26:00 发布

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分类专栏： Bioinformatics 文章标签： py3Dmol python 生物信息学

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本文介绍3Dmol.js，一个由匹兹堡大学David Koes团队开发的JavaScript库，用于绘制蛋白质三维结构及小分子。同时，详细讲解了py3Dmol，一个在Jupyter上运行3Dmol.js的小部件，包括其安装、配置及如何在Jupyter环境中使用。通过示例展示了如何加载和渲染分子结构。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

3Dmol.js

3Dmol.js 是由匹兹堡大学的David Koes组创建的JavaScript库。由于它是生物信息学的研究小组，因此该库将专门设计用于绘制蛋白质的三维结构，但也可用于绘制小分子。

py3Dmol

py3Dmol将是在Jupyter上运行3Dmol.js的小部件。并非所有功能都可以使用，但是许多API是通用的，因此阅读3Dmol.js官方网站是学习的最佳方法。

py3Dmol的一个特性是，一旦分子被加载，即使IPython内核未运行，也可以绘制分子。因此，即使您与其他人共享一个笔记本作为ipynb文件，也可以在另一侧移动该结构。

py3Dmol的安装

pip install py3Dmol

如果要与JupyterLab一起使用，则需要安装扩展程序。

jupyter labextension install jupyterlab_3dmol

py3Dmol示例

import py3Dmol

p = py3Dmol.view(query='mmtf:1ycr')
p.setStyle({'cartoon': {'color':'spectrum'}})

benz='''
     RDKit          3D

  6  6  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -0.9517    0.7811   -0.6622 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.2847    1.3329   -0.3121 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.2365    0.5518    0.3512 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    0.9517   -0.7811    0.6644 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.2847   -1.3329    0.3144 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -1.2365   -0.5518   -0.3489 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  2  2  0
  2  3  1  0
  3  4  2  0
  4  5  1  0
  5  6  2  0
  6  1  1  0
M  END
$$$$'''
view = py3Dmol.view()
view.addModel(benz,'sdf')
view.setStyle({'stick':{}})
view.setStyle({'model':0},{'stick':{'colorscheme':'cyanCarbon'}})
view.zoomTo()

view = py3Dmol.view(query='pdb:1dc9',linked=False,viewergrid=(2,2))
view.setViewStyle({'style':'outline','color':'black','width':0.1})
view.setStyle({'cartoon':{'arrows':True, 'tubes':True, 'style':'oval', 'color':'white'}},viewer=(0,1))
view.setStyle({'stick':{'colorscheme':'greenCarbon'}},viewer=(1,0))
view.setStyle({'cartoon':{'color':'spectrum'}},viewer=(1,1))
view.removeAllModels(viewer=(0,0))
view.addModel(benz,'sdf',viewer=(0,0))
view.setStyle({'stick':{}},viewer=(0,0))
view.zoomTo(viewer=(0,0))
view.render()

view = py3Dmol.view(query='pdb:1ycr')
chA = {'chain':'A'}
chB = {'chain':'B'}
view.setStyle(chA,{'cartoon': {'color':'spectrum'}})
view.addSurface(py3Dmol.VDW,{'opacity':0.7,'color':'white'}, chA)
view.setStyle(chB,{'stick':{}})
view.show()