RDKit入门与进阶教程（30篇）

最新推荐文章于 2024-08-13 08:49:38 发布
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版权

RDKit

RDKit是用C ++和Python编写的化学信息学和机器学习软件集。

项目包含：

  • BSD许可证 - 开源的商业友好许可证

  • 核心数据结构和算法C++编写

  • 使用Boost.Python生成的Python 3.x包装器

  • 使用SWIG生成的Java和C＃包装器

  • 2D和3D分子操作

  • 用于机器学习的描述符和指纹生成

  • 用于PostgreSQL的分子数据库 cartridge ，支持子结构和相似性搜索以及许多描述符

  • KNIME的化学信息学节点

  • Contrib文件夹中包含有用的利用RDKit强大功能的社区贡献软件

RDkit Tutorial 

RDKit：计算不同小分子构象之间的RMSD

聚类小分子数据集(基于RDKit的Python脚本)

基于RDKit的Python脚本：SDF格式转SMILES格式

RDKit：运用RDKit计算USRCAT（形状相似性）

RDKit：可视化药效团（Pharmacophore）

基于Pytorch和RDKit建立QSAR模型

RDKit：化合物骨架分析

RDKit：化合物相似性搜索

基于RDKit的溶解度预测的机器学习模型

基于机器学习的化合物活性预测模型

RDKit：化合物亚结构（Substructure）搜索

基于神经网络的溶解度预测和回归分析

基于RDKit探索DrugBank（demo）

基于随机森林的化合物活性二分类模型

RDKit支持PostgreSQL配置

RDKit：基于支持向量回归（SVR）预测logP

基于随机森林（RF）的机器学习模型预测hERG阻断剂活性

RDkit＆mol2vec ：靶标抑制剂活性二分类模型对比

DrugAI
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RDKit新手入门
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RDKit介绍、安装、简单可视化和相似性搜索
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Qt是跨平台的C++图形界面开发平台，开发的应用可以跨平台使用，PyQt是基于Qt基础之上进行的Python封装，既能利用Qt图形界面开发的便捷性和内部实现的高效性，又能利用Python语言的便捷性和优雅特色。本课程介绍基于Qt Designer的图形设计来实现Python图形界面开发。
RDKit 安装教程
XavierJ的博客
12-09 6385
文章目录简介功能准备安装参考 简介 RDKit 是用 C++ 和 Python 编写的化学信息学和机器学习软件的集合。 功能 BSD 许可证- 面向开源的商业友好型许可证 C++ 中的核心数据结构和算法 Python 3.x wrapper 使用 Boost.Python 生成 使用 SWIG 生成的 Java 和 C# 包装器 2D 和 3D 分子操作 用于机器学习的描述符和指纹生成 用于 PostgreSQL 的分子数据库盒，支持子结构和相似性搜索以及许多描述符计算器 用于 KNIME 的化学信息学
RDKit入门教程(2)——利用RDKit获取分子指纹
慕尘蒿
07-31 9742
MACCSkeys共有166个特征，但是MACCSkeys总长度为167bits。第0位为占位符，第1~166位为分子特征位。MACCSkeys的第1~166位的具体含义如下...
Mordred 开源项目使用指南
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Mordred 开源项目使用指南 mordreda molecular descriptor calculator项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mo/mordred 项目介绍 Mordred 是一个用于化学信息学的开源项目，专注于分子描述符的计算。它提供了大量的分子特征，帮助研究人员在药物设计和材料科学领域进行更深入的分析和研究。Mordred 支持多种...
RD kit官方指南
03-23
RDkit指南～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～～
RDkit入门
博客而已
08-26 3731
今天开始写RDkit的入门教程，每天学习和写一小点，相信一句话“不积跬步无以至千里，不积小流无以成江海”，所以就慢慢来，一点一滴积累叭，从最简单的开始喽希望自己每天都能保持写博客的好习惯，把自己的代码笔记就极在这里，RDkit一块啃了很久的骨头，今天终于要下定决心，好好总结一波了，希望保持这个更新的频率，每天都能有所学。............
求大佬帮忙！
amang_的博客
03-12 269
为什么会出现这样的情况？？？
RDKit基础操作
白景屹的博客
09-22 1万+
目录读写分子操作分子 RDKit 是一个常用的生物化学信息python工具包。它提供了大量对化学分子2D或3D的计算操作，可生成用于机器学习的分子描述符，以及提供其他更强大的功能； RDKit的安装可以使用Conda完成： conda install -c rdkit rdkit 安装完成后，可以测试： import rdkit print(rdkit.__version__) # 2017.09.1 读写分子 RDKit 支持从Smiles、mol、sdf 文件中读入分子获得分子对象。 Smiles
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08-09
支持ubuntu下的python C++调用，rdkit是化学信息学的一个包，用于将化学的分子式用smiles实现
花了1个月时间，把Python库全部整理出来了，覆盖所有，建议收藏
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可以这样理解：先将原子沿着一条链编号，将要剩下成环的原子单独拿出来连接。如下图：1号和3号C原子是最后连接的，所以smiles里面单独命名为C1，而4号C原子没有单独的连接，所以无特殊标记，最后2号和5号C原子因为也要连接，所以命名为C2。一种用ASCII字符串明确描述分子结构的规范，即化学结构的字符串表示。油水分配系数，确定化合物是否适合作为药物的重要指标。shift+Enter:运行+插入下一板块。Tab：补齐面板，需要Enter确认。ctrl+Enter: 运行。简化分子线性输入规范(
Rdkit安装
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import os import rdkit import pandas as pd from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Descriptors from rdkit.ML.Descriptors import MoleculeDescriptors path=‘POSCAR-2’ mols=[] files= os.listdir(path) for file in files: mol = Chem.MolFromMolFile(path+’/’+
在哪里可以看rdkit的使用教程
07-08
你可以在以下地方找到RDKit的使用教程和文档： 1. RDKit官方文档：RDKit官方网站提供了详细的文档和教程，包括安装指南、API文档、示例代码和教程等。你可以访问RDKit官方网站（https://www.rdkit.org/）来查找相关信息。 2. RDKit的GitHub页面：RDKit的GitHub仓库（https://github.com/rdkit/rdkit）上也提供了一些示例代码和文档。你可以在GitHub仓库中浏览源代码、示例和文档。 3. RDKit Cookbook：RDKit Cookbook是一本由RDKit用户社区贡献的合作书籍，其中包含了许多RDKit的使用案例和示例代码。你可以在RDKit Cookbook的GitHub仓库（https://github.com/rdkit/rdkit-cookbook）上找到该书籍并学习其中的内容。 4. RDKit的邮件列表和论坛：RDKit维护有一个邮件列表（rdkit-discuss@lists.sourceforge.net），你可以加入该邮件列表并向其他用户请教问题。此外，RDKit还有一个Google Group（https://groups.google.com/g/rdkit），你可以在该论坛上与其他用户交流和分享经验。 5. 在线教程和博客：一些博客和在线教程提供了关于RDKit的使用指南和示例代码。你可以通过搜索引擎找到这些资源，如基于RDKit的化学信息学博客和教程等。 通过这些资源，你可以学习RDKit的基本用法、分子处理、化学计算和化学信息学等方面的知识。记得多实践，通过实际操作来巩固所学的内容。
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