RDKit | RDKit分子结构图的详细说明

最新推荐文章于 2024-08-08 08:20:24 发布

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分类专栏： RDKit | 化学信息学与AI 文章标签：化学信息学 python RDKit

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本文深入探讨了RDKit的结构图绘制，特别是SVG格式的使用。通过讲解如何使用Draw包和rdMolDraw2D模块，展示了从导入模块、绘制结构式到设置详细图纸的过程，特别强调了RDKit在处理芳烃和使用MCS计算最大通用结构时的机制。此外，还介绍了在Jupyter环境中展示结构图的方法和调整高亮区域、原子标签及颜色等的技巧。

摘要由CSDN通过智能技术生成

二维绘制结构式是人类了解分子形状和特性的第一步。

RDKit中有多个绘制引擎，通过使用不同的方法绘制的结构在外观上有所不同。这次将深入研究RDKit的结构图，并说明SVG格式的绘制方法，该方法自2015.03更新起可用。可能有很多细节，但是了解幕后发生的事情通常会很有帮助。

导入模块和载入数据

首先，导入必要的库和分子。需要2020.03或更高版本的RDKit。

from rdkit import rdBase, Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw
from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D
from IPython.display import SVG
print('rdkit version: ', rdBase.rdkitVersion)