Bioinformatics Armory第6题：Pairwise Global Alignment

Problem

An online interface to EMBOSS's Needle tool for aligning DNA and RNA strings can be found here.

Use:

• The DNAfull scoring matrix; note that DNAfull uses IUPAC notation for ambiguous nucleotides.
• Gap opening penalty of 10.
• Gap extension penalty of 1.

For our purposes, the "pair" output format will work fine; this format shows the two strings aligned at the bottom of the output file beneath some statistics about the alignment.

Given: Two GenBank IDs.

Return: The maximum global alignment score between the DNA strings associated with these IDs.

可以在此处找到EMBOSS的Needle用于对齐DNA和RNA字符串的工具的在线界面。

采用：

• 的DNAfull评分矩阵; 请注意，DNAfull对歧义核苷酸使用IUPAC表示法。
• 空位开罚10。
• 间隙延伸罚分1。

就我们的目的而言，“ pair”输出格式可以正常工作；此格式在有关对齐的一些统计信息下方，在输出文件的底部显示了两个对齐的字符串。

给出：两个GenBank ID。

返回值：与这些ID相关的DNA字符串之间的最大总体比对得分。

Sample Dataset

JX205496.1 JX469991.1

Sample Output

257