PSP - 检测蛋白多域 (Detect Protein Domains) 的 FUpred 算法调用 与 Python 简易实现

欢迎关注我的CSDN：https://spike.blog.csdn.net/
本文地址：https://blog.csdn.net/caroline_wendy/article/details/129708143

检测蛋白多域是一种生物信息学的方法，用于分析蛋白质序列中是否存在不同的功能区域。蛋白多域是指由两个或多个结构域组成的蛋白质，结构域是具有独立折叠和稳定性的蛋白质子结构单元。蛋白多域可以通过不同的方式产生，例如基因重组、剪切变异或水平基因转移。蛋白多域在进化和功能上具有重要意义，因为它们可以增加蛋白质的复杂性和多样性，以及与其他分子的相互作用能力。

检测蛋白多域的方法有很多，其中一种是基于序列比对的方法，如FUpred。FUpred是一种使用隐马尔可夫模型（HMM）来预测蛋白质结构域边界的方法。FUpred首先将输入的蛋白质序列与一个包含已知结构域信息的数据库进行比对，然后根据比对结果生成一个HMM，并使用该HMM来计算每个残基属于结构域内部或外部的概率。最后，FUpred根据概率值确定最可能的结构域边界，并输出预测结果。

论文：FUpred: detecting protein domains through deep-learning-based contact map prediction

• FUpred，即Folding Unit predictor

FUpred算法是一种基于深度学习的蛋白质域边界预测方法，利用深度残差神经网络和共进化精度矩阵，生