PSI-Blast最新版单机安装,批量生成Pssm打分矩阵

一、PSI-Blast在windows10系统下本地安装

   1、PSI-blast最新版下载,版本：ncbi-blast-2.6.0+-win64.exe

             网址：ftp://ftp.cnbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

   2、安装流程

       2.1  点击.exe直接安装在非系统盘即可，在blast--2.6.0+文件夹下生成bin、doc两个子目录，其中bins是程序目录，doc是文档目录，安装完成。

       2.2  环境变量设置。

        右键点击“计算机”=》属性=》高级系统设置=》环境变量设置。(1) 在系统变量“path”路径下添加,即“\path\blast\bin”;(2) 在blast-2.6.0+文件夹下新建文件夹“db”,新建"BLASTDB"系统变量，即“\path\blast\db”。

       2.3   检测是否安装成功。

        在Dos环境下，输入blastn-version命令，如果显示版本信息，即是安装成功。查看命令帮助信息命令：blastn（要查询的命令） -help

   3、Blast+数据库建立（来源于：Blast本地化详解总结ncbi-blast-2.2.28+-ia32-win32 并稍加补充）

       3.1 数据获取

             方法1：直接从 NCBI或者其他数据库网站下载所需序列做成数据库，或者自己已有的测序数据（格式必须是fasta，名字可以自己随便命名，具体做法下面有说明 ）。

             方法2：从NCBI中的 ftp 库下载所需要的某一个库或几个库，其链接为ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/其中 nr.gz 为非冗余的数据库，nt.gz 为核酸数据库，month.nt.gz 为最近一个月的核酸序列数据。下载的month.nt.gz先用winrar解压缩，然后用makeblastdb.exe格式化。下载到fasta文件放到                                                                   db 文件夹下，文件格式是.fasta。

蛋白质数据库详解： NCBI在线blast数据库的简要说明、 Blast本地化：构建自己的搜索数据库 ）

            方法3：利用新版 blast自带的update_blastdb.pl进行下载，这需要安装perl 程序。

Perl下载：http://pan.baidu.com/s/1i3GLKAp  用update_blastdb.pl下载blast数据库教程

            上述三种方法各有优缺点，前两种下载速度较快，但是每次进行检索都需要对数据库进行格式化（转化成二进制数据），第三种方法下载速度较慢，但是是NCBI 中已经格式化好的，在进行本地检索时不需再进行格式化，直接用即可。

      3.2本地数据库格式化

将makeblastdb.exe从bin文件夹复制到db文件夹下，db文件夹下数据库是pdbaafasta，测试文件k.fasta，在dos环境下进入db文件输入命令：makeblastdb.exe–in pdbaa.fasta  -parse_seqids  -hash_index -dbtype prot  命令解释：-in参数后面接将要格式化的数据库，-parse_seqids, -hash_index两个参数一般都带上，主要是为blastdbcmd取子序列时使用，-dbtype  后接所格式化的序列的类型，核酸用 nucl，蛋白质用prot；

       3.3  数据库建立完毕。

  4. 生成pssm打分矩阵

       4.1 在dos环境下进入db文件输入命令：psiblast -db pdbaa.fasta -in_msa k.fasta-num_iterations 3 -evalue 0.001 -out_ascii_pssm pssm2.txt

       4.2 使用python或dos命令批量调用4.1代码即可

 

   其他参考文献：Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST 的详细介绍