从ArrayExpress数据库下载一个芯片做注释

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前言

最近课题需要一组支撑数据，Characterization of a Large Panel of Patient-Derived Tumor
Xenografts Representing the Clinical Heterogeneity of Human Colorectal Cancer 里面的EMTAB-
991，是基因表达的矩阵。

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# 首先加载必要的包
library(ArrayExpress)
library(oligo)

二、下载芯片

这次需要的芯片是"E-TAM-991”，来自Characterization of a Large Panel of Patient-Derived Tumor Xenografts Representing the Clinical Heterogeneity of Human Colorectal Cancer. Clin Cancer Res 18, 5314–5328 (2012). 也就是保存在arrayexpress数据库。直接搜E-MTAM-991，可能会搜不到，但是不要紧，https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MTAB-991/，直接跳转页面。

这些Files就是我们需要的，先下载下来吧。

1.用getAE()下载

dir.create("E-MTAB-991")  # 建一个文件夹，把E-TAM-911的raw data下载到里面。
dir <- "E-MTAB-991"
anno_AE <- getAE("E-MTAB-991", path = dir, type = "raw")

getAE() 里面两个参数比较重要：1. type: raw表示只下载raw文件，processed表示只下载process文件，full表示都下载。2. extract: 默认TRUE。如果选FALSE，下载的zip文件不会自动解压缩。

2.用wget 下载

这种就比较麻烦了，但是有时候速度快。

wget https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/files/E-MTAB-991/E-MTAB-991.sdrf.txt
wget https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/files/E-MTAB-991/E-MTAB-991.sdrf.txt
wget https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/files/E-MTAB-991/E-MTAB-991.raw.1.zip
wget https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/files/E-MTAB-991/E-MTAB-991.raw.2.zip
wget https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/files/E-MTAB-991/E-MTAB-991.raw.3.zip
wget https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/files/E-MTAB-991/A-AFFY-113.adf.txt

代码如下（示例）：

二、读取芯片数据

# 把样本对应的信息先读进去
raw_data_dir <- "E-MTAB-991"
sdrf_location