R语言 生存分析与cox模型的学习笔记

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前言

http://www.sthda.com/ 是个好网站，Clinical Statistics: Introducing Clinical Trials, Survival Analysis, and Longitudinal Data Analysis 是本好书。

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提示：

一、基础概念

Survival time and event（生存时间或事件）
常见的event：Relapse（复发），Progression，Death。
Censoring （删失）生存分析主要产生censoring或者drop out的原因是回访时间点，event没有发生，这种情况被称为right-censored，这种情况会导致censored survival times（截尾时间）偏短，我们可能会得到一个低估的数据。
Survival function and hazard function （生存函数和风险函数）用来衡量survial的表现形式和预测手段。

1、解读 Survival function

The survival function 生存函数

$$S(t)$$
通俗的解释，就是某病人活到时间点 t 的概率。假如病人在大写T的时间点，没有出现Event。此病人活过t时间点的概率。假定 F(t) 是病人没有活过时间点的概率，那么
$$S(t)=1-F(t)=P(T>t)$$
生存函数，换言之，就等于时间点大写T（大T应该大于等于0的随机变量）大于某个时间点小写t。
生存函数是一个分布函数，我们求一个概率密度函数。
$$S(t)=P(T>t)={\int }_t^{\infty }f(x)dx=1-F(t)$$

2、解读 Hazard function

The hazard function 风险函数
$$h(t)$$
这是一个描述“瞬间死亡率”的函数，具体指观察对象，在生存到t 时刻的瞬时死亡率。区别于S (t) 生存函数表示超过某时间点t1 概率，风险函数描述在时间点t2 ，观察对象的死亡率。
那么，这个瞬间是什么，就是
$$T<t+dt|T>t$$
这表示，病人在 T > t 的基础上，也就是在时间t，EVENT没有发生。下一个瞬间t+dt马上就发生。
那么这个概率，就等于
$$P（T<t+dt|T>t）=\frac{P（t<T<t+dt)}{P(T>t)}=\frac{f（t）dt}{S（t）}=h(t)dt$$

把最后两项的dt出掉，就得到了我们熟悉的。
$$\frac{f（t）}{S（t）}=h(t)$$
h(t) 既不是概率密度，也不是累积分布。

3、解读 Kaplan-Meier survival estimate

KM方法是用来估计S (t)的，因为各种各样的原因，实际情况很难准确计算S (t)。
$$S(t)=\prod _{i:t_i<=t}(1-\frac{d_i}{n_i})$$
ti 是样本中，每个数据的记录时间，可以肯定的事ti 是离散的，S(t)也必然是离散的。
di 是在ti这个时间点，死亡（event 发生）的人数。
ni 在这个时间点，取出删失后的生存人数。也就是减去删失的，上一个时间点死亡的人数。
可以预见的，在ti 与 ti+1 这个时间段中的t，S (t) 是一个固定值，因为ti是一个离散的数据，所以KM曲线会表现为台阶形。

二、用R来实现

这部分，参考http://www.sthda.com/english/wiki/survival-analysis-basics。

1、K-M 曲线可视化

生存分析的R包，用survial，survminer就可以了

#install.packages(c("survival", "survminer"))
library("survival")
library("survminer")、
data <- lung
# data("lung") 已经不适合这个版本了

包里自带的lung数据集
inst: Institution code
time: Survival time in days
status: censoring status 1=censored, 2=dead
age: Age in years
sex: Male=1 Female=2
ph.ecog: ECOG performance score (0=good 5=dead)
ph.karno: Karnofsky performance score (bad=0-good=100) rated by physician
pat.karno: Karnofsky performance score as rated by patient
meal.cal: Calories consumed at meals
wt.loss: Weight loss in last six months

> head(lung)
  inst time status age sex ph.ecog ph.karno pat.karno meal.cal wt.loss
1    3  306      2  74   1       1       90       100     1175      NA
2    3  455      2  68   1       0       90        90     1225      15
3    3 1010      1  56   1       0       90        90       NA      15
4    5  210      2