MACS bdgdiff: Differential peak detection based on paired four bedGraph files.

最新推荐文章于 2023-03-22 22:54:56 发布

菠萝西斯

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分类专栏：学习笔记文章标签： ubuntu

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版权

MACS内置的bdgdiff命令用于基于四对bedGraph文件进行差异峰检测。d1和d2代表序列深度，输出包括con1.bed（条件1上调的峰）、con2.bed（条件2上调的峰）和common.bed（非显著差异峰）。差异峰的显著性通过log10似然比判断，阈值默认为3，可调整。

摘要由CSDN通过智能技术生成

参考原文地址：[http://manpages.ubuntu.com/manpages/xenial/man1/macs2_bdgdiff.1.html](http://manpages.ubuntu.com/manpages/xenial/man1/macs2_bdgdiff.1.html)

一、MACS bdgdiff 简介

bdgdiff Differential peak detection based on paired four bedGraph files.
MACS 内置的找差异峰的命令。

DESCRIPTION

 usage: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG

       [-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-g MAXGAP] [--d1 DEPTH1]
              [--d2 DEPTH2] [--outdir OUTDIR] (--o-prefix OPREFIX | -o OFILE OFILE OFILE)

   optional arguments:
       -h, --help
              show this help message and exit

       --t1 T1BDG
              MACS  pileup  bedGraph  for  condition 1. Incompatible with callpeak --SPMR output.
              REQUIRED

       --t2 T2BDG
              MACS pileup bedGraph for condition 2. Incompatible  with  callpeak  --SPMR  output.
              REQUIRED

       --c1 C1BDG
              MACS  control  lambda  bedGraph for condition 1.  Incompatible with callpeak --SPMR
              output. REQUIRED

       --c2 C2BDG
              MACS control lambda bedGraph for condition 2.  Incompatible  with  callpeak  --</