samtools index命令的功能描述:
为了能够快速访问bam文件,可以为已经基于坐标排序后bam或者cram的文件创建索引,生成以.bai或者.crai为后缀的索引文件。必须使用排序后的文件,否则可能会报错。另外,不能对sam文件使用此命令。如果想对sam文件建立索引,那么可以使用tabix命令创建。
在使用与region参数相关的其它samtools命令时,需要创建索引。
index命令格式如下:
samtools index [-bc] [-m INT] aln.bam |aln.cram [out.index]
参数:
-b 创建bai索引文件,未指定输出格式时,此参数为默认参数;
-c 创建csi索引文件,默认情况下,索引的最小间隔值为2^14,与bai格式一致;
-m INT 创建csi索引文件,最小间隔值2^INT;
#! /bin/bash
#创建bai索引
samtools index test_2.sorted.bam
smatools index -b test_2.sorted.bam
#创建csi索引
samtools index -c test_2.sorted.bam
samtools index -c -m 10 test_2.sorted.bam