[samtools]index命令简介

        samtools index命令的功能描述：

        为了能够快速访问bam文件，可以为已经基于坐标排序后bam或者cram的文件创建索引，生成以.bai或者.crai为后缀的索引文件。必须使用排序后的文件，否则可能会报错。另外，不能对sam文件使用此命令。如果想对sam文件建立索引，那么可以使用tabix命令创建。

在使用与region参数相关的其它samtools命令时，需要创建索引。

        index命令格式如下：

        samtools index [-bc] [-m INT] aln.bam |aln.cram [out.index]

        参数：

        -b 创建bai索引文件，未指定输出格式时，此参数为默认参数；

        -c 创建csi索引文件，默认情况下，索引的最小间隔值为2^14，与bai格式一致；

        -m INT 创建csi索引文件，最小间隔值2^INT；

#! /bin/bash
#创建bai索引
samtools index test_2.sorted.bam
smatools index -b test_2.sorted.bam
#创建csi索引
samtools index -c test_2.sorted.bam
samtools index -c -m 10 test_2.sorted.bam