samtools flagstat 统计结果的理解

最新推荐文章于 2024-10-13 11:47:10 发布

-麦_子-

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分类专栏： Bioinformatics analysis 文章标签： stm32 linux

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14608455 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)     ## reads总数
37967 + 0 secondary                      ##出现比对到参考基因组多个位置的reads数
0 + 0 supplementary                      ##可能存在嵌合的reads
0 + 0 duplicates                         ##重复的reads数
14590894 + 0 mapped (99.88% : N/A)       ##比对到参考基因组上的reads数
14570488 + 0 paired in sequencing        ##属于PE read的reads总数。
7285244 + 0 read1                        ##PE read中Read 1 的reads 总数。
7285244 + 0 read2                        ##PE read中Read 2 的reads 总数。
14507068 + 0 properly paired (99.56% : N/A)       ##完美比对的reads总数。PE两端reads比对到同一条序列，且根据比对结果推断的插入片段大小符合设置的阈值。
14551500 + 0 with itself and mate mapped       ##PE两端reads都比对上参考序列的reads总数。
1427 + 0 singletons (0.01% : N/A)        ##PE两端reads，其中一端比上，另一端没比上的reads总数。
26260 + 0 with mate mapped to a different chr      ##PE read中，两端分别比对到两条不同的序列的reads总数。
17346 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5)       ##PE read中，两端分别比对到两条不同的序列，且mapQ>=5的reads总数。