2019/2/20_*.bam 与 *.sam文件中的flag的含义和统计结果

*.sam文件的含义和统计结果

*.sam文件的flag信息

在sam的信息中，有着重要的信息。包括注释信息部分（header section）和比对结果部分（aligment section）。其中注释信息部分以@开头。如图。

比对结果：

比对结果每行对应一个片段。每列是一个字段。如有片段是如下格式：

D80KHJN1:237:C5HMKACXX:5:1101:1634:1982 147     chr11   2151866 60      100M    =       2151723 -244    ATAGATCAATTGACATGAAATTTGGGGGTTCCTAATTTCTCTATGTAATTCTGCAAGTCTGCTGTCAATCCTCCTGACTTTTCCATCCAAAATCTCCCGG    C@AAA:CD@>ACDDC<DDDDBBDDDFFDFHHGHGHGHGIGIG@88=AIHEGIFCIIHCEF<IGACGGHDGHFIGIGHIJHGFJJHFJHHHFF@DDFFCCC    AS:i:0  XN:i:0  XM:i:0  XO:i:0  XG:i:0  NM:i:0  MD:Z:100        YS:i:-1 YT:Z:CP NH:i:1

1. read序列数据名
2. flag信息（不同数字不同含义）
3. 参考基因组染色