samtools flagstat命令简介_samtools flagstat结果-CSDN博客

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samtools flagstat命令简介：

统计输入文件的相关数据并将这些数据输出至屏幕显示。每一项统计数据都由两部分组成，分别是QC pass和QC failed，表示通过QC的reads数据量和未通过QC的reads数量。以“PASS + FAILED”格式显示。还可以根据samtools的标志位显示相应的内容，但是这里不做讨论。

 命令格式：

            samtools flagstat <in.bam> |<in.sam> | <in.cram>

运行flagstat命令得到的结果如下图所示:

在这里插入图片描述

  从第一行至第十一行分别表示：

    1.  QC pass的reads的数量为2499917，未通过QC的reads数量为0，意味着一共有2499971条reads；

    2.  重复reads的数量，QC pass和failed

    3.  比对到参考基因组上的reads数量；

    4.  paired reads数据数量；

    5.  read1的数量；

    6.  read2 的数量；

    7.  正确地匹配到参考序列的reads数量；

    8.  一对reads都比对到了参考序列上的数量，但是并不一定比对到同一条染色体上；

    9.  一对reads中只有一条与参考序列相匹配的数量； 

    10.  一对reads比对到不同染色体的数量；

    11.  一对reads比对到不同染色体的且比对质量值大于5的数量

https://blog.csdn.net/u013553061/article/details/53402232?ops_request_misc=%257B%2522request%255Fid%2522%253A%2522160173025819195264714691%2522%252C%2522scm%2522%253A%252220140713.130102334…%2522%257D&request_id=160173025819195264714691&biz_id=0&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2_allfirst_rank_ecpm_v3~pc_rank_v2-2-53402232.first_rank_ecpm_v3_pc_rank_v2&utm_term=samtools+flag&spm=1018.2118.3001.4187