bwa shm 测试

已于 2024-06-25 01:33:02 修改
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文章标签： 开发语言 后端
于 2024-06-25 01:27:02 首次发布
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# 从既往的项目中随便找出2条比对记录
le /mnt/lustre/user/wubin/03.Clinical_Data/PMseq/03.run/20240415130508/V350254454/24P9100213/04.map_PMDB/library1.V350254454_L02_32.bacteria_mask_001.tab.xls|head -3|cut -f1-3 >example.map.txt

# 找出对应的fasta序列
perl get_fa.pl bacteria.mask.part_001.fa example.map.txt example.fa


# 给fasta序列添加上注释信息
#>NZ_CP040684.1__bacteria__Pseudomonas__Pseudomonas_aeruginosa__Pseudomonas_aeruginosa_strain=C79
# 逻辑：给>NZ_CP040684.1添加上注释，分别是“accession”，“category”，“genus_name”，“species_name”， “organism_name”
# 不同单元之间的注释用“__”连接，同一单元内部的空格被替换成"_"
perl anno_fa.pl example.fa example.anno.fa example.map

# 构建bwa mem库

bwa index -a bwtsw example.anno.fa 

# 提取fq序列，生成新的fq文件
perl get_fq.pl example.map.txt V350254454_L02_32.unmap.fq.gz example.fq.gz


# 比对，看有没有什么问题
bwa mem -t 2 -M -Y -a -R '@RG\tID:24P9100213\tPL:MGI-2000\tLB:library1\tSM:24P9100213\tCN:genelab' example.anno.fa example.fq.gz -o example.reads.sam

# 结果：发现只要将accession的信息用下划线连接起来，长一点似乎无所谓。
# 还要再看看";"之类的符号是否影响


#=======================================重新注释ref_fa文件后再比对=======================================
# 给fasta序列添加上注释信息
perl anno_fa.pl example.fa example.anno_check_semicolon.fa example.map --add_string ";XXXXX"

# 构建bwa mem库

bwa index -a bwtsw example.anno_check_semicolon.fa

# 比对，看有没有什么问题
bwa mem -t 2 -M -Y -a -R '@RG\tID:24P9100213\tPL:MGI-2000\tLB:library1\tSM:24P9100213\tCN:genelab' example.anno_check_semicolon.fa example.fq.gz -o example.check_semicolon.reads.sam

# 测试结果证明，ref_fa中的 ';' 不会影响比对，只有空格' '才会影响。


# 给fasta序列添加上注释信息
perl anno_fa.pl example.fa example.anno_check_colon.fa example.map --add_string ":XXXXX"

# 构建bwa mem库

bwa index -a bwtsw example.anno_check_colon.fa

# 比对，看有没有什么问题
bwa mem -t 2 -M -Y -a -R '@RG\tID:24P9100213\tPL:MGI-2000\tLB:library1\tSM:24P9100213\tCN:genelab' example.anno_check_colon.fa example.fq.gz -o example.check_colon.reads.sam

# 测试结果证明，ref_fa中的 ':' 不会影响比对，只有空格' '才会影响。



# 给fasta序列添加上注释信息
perl anno_fa.pl example.fa example.anno_check_space.fa example.map --add_string " XXXXX"

# 构建bwa mem库

bwa index -a bwtsw example.anno_check_space.fa

# 比对，看有没有什么问题
bwa mem -t 2 -M -Y -a -R '@RG\tID:24P9100213\tPL:MGI-2000\tLB:library1\tSM:24P9100213\tCN:genelab' example.anno_check_space.fa example.fq.gz -o example.check_space.reads.sam

# 测试结果证明，ref_fa中的 ' ' 不会影响比对，但比对结果指挥显示第一个空格前的那一部分。
# 所以就是：坚决不能有空格


# 给fasta序列添加上注释信息
perl anno_fa.pl example.fa example.anno_check_bracket.fa example.map --add_string ":(catogory)XXXXX__(Genus)XXXXX__(species)XXXXXX__(Strain)XXXXX"

# 构建bwa mem库

bwa index -a bwtsw example.anno_check_bracket.fa

# 比对，看有没有什么问题
bwa mem -t 2 -M -Y -a -R '@RG\tID:24P9100213\tPL:MGI-2000\tLB:library1\tSM:24P9100213\tCN:genelab' example.anno_check_bracket.fa example.fq.gz -o example.check_bracket.reads.sam

# 测试结果证明，ref_fa中的 ' ' 不会影响比对，但比对结果指挥显示第一个空格前的那一部分。
# 所以就是：坚决不能有空格



# 复制一份，改成这种形式： >(catogory)XXXXX__(Genus)XXXXX__(species)XXXXXX__(Strain)XXXXX__bacteria__Pseudomonas__Pseudomonas_aeruginosa__Pseudomonas_aeruginosa_strain=R11
cp example.anno_check_bracket.fa example.anno_check_bracket2.fa


# 构建bwa mem库

bwa index -a bwtsw example.anno_check_bracket2.fa

# 比对，看有没有什么问题
bwa mem -t 2 -M -Y -a -R '@RG\tID:24P9100213\tPL:MGI-2000\tLB:library1\tSM:24P9100213\tCN:genelab' example.anno_check_bracket2.fa example.fq.gz -o example.check_bracket2.reads.sam

#=======================================试试bwa shm 重复的问题=======================================
# 如果一个文件a.fa 被bwa shm a.fa操作过
# 然后对a.fa做修改，修改后的文件仍然叫 a.fa
# 然后bwa shm a.fa
# 此时 /dev/shm/bwactl 文件中会有2个a.fa
# 此时再运行： bwa mem -t 2 -M -Y -a -R '@RG\tID:24P9100213\tPL:MGI-2000\tLB:library1\tSM:24P9100213\tCN:genelab' a.fa example.fq.gz -o a.fa.sam
# 就会出现以下报错：
# bwa: bwa.c:329: bwa_mem2idx: Assertion `k == l_mem' failed.
# [M::bam2fq_mainloop] discarded 0 singletons
# [M::bam2fq_mainloop] processed 0 reads
# [M::bam2fq_mainloop] discarded 0 singletons
# [M::bam2fq_mainloop] processed 0 reads

# 第1次修改
# 给fasta序列添加上注释信息
perl anno_fa.pl example.fa a.fa example.map --add_string ";MMMMM"


# 构建bwa mem库
bwa index -a bwtsw a.fa

# bwa shm 建库
bwa shm a.fa


# 此时看看发生了什么
# ls /dev/shm/
# bwactl  bwaidx-a.fa


# 删除bwaidx-a.fa，修改a.fa，重新建库
rm /dev/shm/bwaidx-a.fa

# 此时如果不修改a.fa，就直接再运行一次 bwa shm a.fa，就会有如下报错：
# bwa shm a.fa
#[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs
# shm_open(): File exists
#[E::main_shm] failed to stage the index in shared memory

# 第2次修改
# 给fasta序列添加上注释信息
perl anno_fa.pl example.fa a.fa example.map --add_string ";KKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKAAAAAAAAA"


# 构建bwa mem库
bwa index -a bwtsw a.fa

# bwa shm 建库
bwa shm a.fa

# 此时可以看看bwactl中有没有重复
bwa shm -l



$perl anno_fa.pl example.fa a.fa example.map --add_string ";KKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKKAAAAAAAAA"
[wubin@login2 ~/05.tests/PMSeq/PMDB_fa_format]
$bwa index -a bwtsw a.fa
[bwa_index] Pack FASTA... 0.23 sec
[bwa_index] Construct BWT for the packed sequence...
[BWTIncCreate] textLength=26052488, availableWord=13832852
[BWTIncConstructFromPacked] 10 iterations done. 22817064 characters processed.
[bwt_gen] Finished constructing BWT in 12 iterations.
[bwa_index] 7.06 seconds elapse.
[bwa_index] Update BWT... 0.17 sec
[bwa_index] Pack forward-only FASTA... 0.14 sec
[bwa_index] Construct SA from BWT and Occ... 2.03 sec
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa index -a bwtsw a.fa
[main] Real time: 9.754 sec; CPU: 9.641 sec
[wubin@login2 ~/05.tests/PMSeq/PMDB_fa_format]
$bwa shm a.fa
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs
shm_open(): File exists
[E::main_shm] failed to stage the index in shared memory
[wubin@login2 ~/05.tests/PMSeq/PMDB_fa_format]
$bwa shm a.fa
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa shm a.fa
[main] Real time: 0.070 sec; CPU: 0.070 sec
[wubin@login2 ~/05.tests/PMSeq/PMDB_fa_format]
$bwa shm -l|grep -w a.fa
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa shm -l
[main] Real time: 0.000 sec; CPU: 0.002 sec
a.fa    22825884
a.fa    22825884
a.fa    22825884
a.fa    22825884
a.fa    22826020






# $bwa shm -l
# hg19.fa 5490045949
# T2T.mask.part_001_test.fa       5536455571
# example.anno_check_bracket.fa   22825996
# T2T.mask.part_001_test2.fa      5536455571
# a.fa    22825884
# a.fa    22825884
# [main] Version: 0.7.17-r1188
# [main] CMD: bwa shm -l
# [main] Real time: 0.000 sec; CPU: 0.002 sec


# 比对，看有没有什么问题
bwa mem -t 2 -M -Y -a -R '@RG\tID:24P9100213\tPL:MGI-2000\tLB:library1\tSM:24P9100213\tCN:genelab' a.fa example.fq.gz -o a.fa.reads.sam

[wubin@login2 ~/05.tests/PMSeq/PMDB_fa_format]
$bwa mem -t 2 -M -Y -a -R '@RG\tID:24P9100213\tPL:MGI-2000\tLB:library1\tSM:24P9100213\tCN:genelab' a.fa example.fq.gz -o a.fa.reads.sam
bwa: bwa.c:329: bwa_mem2idx: Assertion `k == l_mem' failed.
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# 第三次修改
# 给fasta序列添加上注释信息
perl anno_fa.pl example.fa a.fa example.map --add_string ";MMMMM"


# 构建bwa mem库
bwa index -a bwtsw a.fa

# bwa shm 建库
bwa shm a.fa


$perl anno_fa.pl example.fa a.fa example.map --add_string ";MMMMM"
[wubin@login2 ~/05.tests/PMSeq/PMDB_fa_format]
$bwa index -a bwtsw a.fa
[bwa_index] Pack FASTA... 0.23 sec
[bwa_index] Construct BWT for the packed sequence...
[BWTIncCreate] textLength=26052488, availableWord=13832852
[BWTIncConstructFromPacked] 10 iterations done. 22817064 characters processed.
[bwt_gen] Finished constructing BWT in 12 iterations.
[bwa_index] 7.33 seconds elapse.
[bwa_index] Update BWT... 0.16 sec
[bwa_index] Pack forward-only FASTA... 0.06 sec
[bwa_index] Construct SA from BWT and Occ... 2.15 sec
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa index -a bwtsw a.fa
[main] Real time: 10.051 sec; CPU: 9.945 sec
[wubin@login2 ~/05.tests/PMSeq/PMDB_fa_format]
$bwa shm a.fa
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs
shm_open(): File exists
[E::main_shm] failed to stage the index in shared memory
[wubin@login2 ~/05.tests/PMSeq/PMDB_fa_format]
$bwa shm a.fa
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa shm a.fa
[main] Real time: 0.073 sec; CPU: 0.072 sec
[wubin@login2 ~/05.tests/PMSeq/PMDB_fa_format]
$bwa shm -l |grep -w a.fa
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa shm -l
[main] Real time: 0.000 sec; CPU: 0.002 sec
a.fa    22825884
a.fa    22825884
a.fa    22825884
a.fa    22825884
a.fa    22826020
a.fa    22825884

[wubin@login2 ~/05.tests/PMSeq/PMDB_fa_format]
$bwa mem -t 2 -M -Y -a -R '@RG\tID:24P9100213\tPL:MGI-2000\tLB:library1\tSM:24P9100213\tCN:genelab' a.fa example.fq.gz -o a.fa.reads.sam
[M::main_mem] load the bwa index from shared memory
[M::process] read 2 sequences (86 bp)...
[M::mem_process_seqs] Processed 2 reads in 0.002 CPU sec, 0.001 real sec
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa mem -t 2 -M -Y -a -R @RG\tID:24P9100213\tPL:MGI-2000\tLB:library1\tSM:24P9100213\tCN:genelab -o a.fa.reads.sam a.fa example.fq.gz
[main] Real time: 0.003 sec; CPU: 0.005 sec






#===============================关于bwa shm a.fa============================
# 可以看出，反复做bwa shm的操作，一次成功，一次失败，下一次又成功
# 失败的时候会=========删除/dev/shm/bwaidx-T2T.mask.part_001.fa========
# 再次运行bwa shm， 成功后会====再次创建 /dev/shm/bwaidx-T2T.mask.part_001.fa====
# 但在这个过程中， bwactl中的T2T.mask.part_001.fa会====每成功一次，就增加一个记录====

[wubin@login2 /mnt/lustre/user/wubin/03.Clinical_Data/PMseq/03.run/20240409130508_test2/V350251040/24P9000196/sh.e.o/R02.Map_host]
$bwa shm -l |grep T2T.mask.part_001.fa
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa shm -l
[main] Real time: 0.000 sec; CPU: 0.003 sec
T2T.mask.part_001.fa    5536451524
T2T.mask.part_001.fa    5536455715
T2T.mask.part_001.fa    5536455571
T2T.mask.part_001.fa    5536455571
T2T.mask.part_001.fa    5536455571
T2T.mask.part_001.fa    5536455571
[wubin@login2 /mnt/lustre/user/wubin/03.Clinical_Data/PMseq/03.run/20240409130508_test2/V350251040/24P9000196/sh.e.o/R02.Map_host]
$bwa shm  /mnt/lustre/user/wubin/01.Program/Scripts/03.data/PMSeq/02.genomes_refseq/Library/human/mask_split/T2T.mask.part_001.fa
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs

shm_open(): File exists
[E::main_shm] failed to stage the index in shared memory
[wubin@login2 /mnt/lustre/user/wubin/03.Clinical_Data/PMseq/03.run/20240409130508_test2/V350251040/24P9000196/sh.e.o/R02.Map_host]
$
[wubin@login2 /mnt/lustre/user/wubin/03.Clinical_Data/PMseq/03.run/20240409130508_test2/V350251040/24P9000196/sh.e.o/R02.Map_host]
$bwa shm -l |grep T2T.mask.part_001.fa
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa shm -l
[main] Real time: 0.000 sec; CPU: 0.003 sec
T2T.mask.part_001.fa    5536451524
T2T.mask.part_001.fa    5536455715
T2T.mask.part_001.fa    5536455571
T2T.mask.part_001.fa    5536455571
T2T.mask.part_001.fa    5536455571
T2T.mask.part_001.fa    5536455571
[wubin@login2 /mnt/lustre/user/wubin/03.Clinical_Data/PMseq/03.run/20240409130508_test2/V350251040/24P9000196/sh.e.o/R02.Map_host]
$bwa shm  /mnt/lustre/user/wubin/01.Program/Scripts/03.data/PMSeq/02.genomes_refseq/Library/human/mask_split/T2T.mask.part_001.fa
[M::bwa_idx_load_from_disk] read 0 ALT contigs
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa shm /mnt/lustre/user/wubin/01.Program/Scripts/03.data/PMSeq/02.genomes_refseq/Library/human/mask_split/T2T.mask.part_001.fa
[main] Real time: 10.388 sec; CPU: 10.372 sec
[wubin@login2 /mnt/lustre/user/wubin/03.Clinical_Data/PMseq/03.run/20240409130508_test2/V350251040/24P9000196/sh.e.o/R02.Map_host]
$bwa shm -l |grep T2T.mask.part_001.fa
[main] Version: 0.7.17-r1188
[main] CMD: bwa shm -l
[main] Real time: 0.000 sec; CPU: 0.002 sec
T2T.mask.part_001.fa    5536451524
T2T.mask.part_001.fa    5536455715
T2T.mask.part_001.fa    5536455571
T2T.mask.part_001.fa    5536455571
T2T.mask.part_001.fa    5536455571
T2T.mask.part_001.fa    5536455571
T2T.mask.part_001.fa    5536455571


#=======================================最终测试出的逻辑================================
#$bwa shm -l |grep -w a.fa
#[main] Version: 0.7.17-r1188
#[main] CMD: bwa shm -l
#[main] Real time: 0.000 sec; CPU: 0.002 sec
#a.fa    22825884
#a.fa    22825884
#a.fa    22825884
#a.fa    22825884
#a.fa    22826020
#a.fa    22825884


# 可以看出bwactl中的a.fa有6条记录
# 但bwaidx-a.fa只有一条
# 前提： 存在/dev/shm/bwactl
# 1. 当/dev/shm 目录下有bwaidx-a.fa时，就直接用/dev/shm/bwaidx-a.fa
#   如果/dev/shm 目录下没有bwaidx-a.fa时，就直接从/home/wubin/05.tests/PMSeq/PMDB_fa_format/a.fa载入参考序列
#
# 2. 当bwactl中有多条a.fa的记录时，bwa 采用的是第一条记录
#
# 3. 当bwactl中第一条a.fa与/dev/shm/bwaidx-a.fa不匹配时，比对就会报错：
#  bwa: bwa.c:329: bwa_mem2idx: Assertion k == l_mem failed.

# 4. 这里的匹配，似乎还不是指 bwactl中第一条a.fa 与 /dev/shm/bwaidx-a.fa 是由同一个a.fa 被 bwa shm 产生
#   而是某种差异不要太大？ 这一点还没有测试清楚。
#   既往测试中，只要改动不大，比如将后缀从 XXXXX 改成了YYYYY，
#   新增的记录都是 a.fa    22825884， 此时新的/dev/shm/bwaidx-a.fa也能兼容旧的bwactl

# 5. 反复做bwa shm的操作，一次成功，一次失败，下一次又成功
# 失败的时候会=========删除/dev/shm/bwaidx-T2T.mask.part_001.fa========
# 再次运行bwa shm， 成功后会====再次创建 /dev/shm/bwaidx-T2T.mask.part_001.fa====
# 但在这个过程中， bwactl中的T2T.mask.part_001.fa会====每成功一次，就增加一个记录====

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BWA软件安装和使用： 1.安装请参考【1】 2.使用： hadoop@Mcnode1:~/cloud/adam/xubo/data/down-sratool/sra$ bwa aln ../../dmel-all-chromosome-r5.37/dmel-all-chromosome-r5.37.fasta DRR047093.fastq >RAL357_1.sai [b
BWA0.7+Samtools1.5+GATK4.0在小数据集上的试验
Javis486的专栏
03-13 3391
试验数据 chr14_1.fastq chr14_2.fastq (1.47G each one .gz) chr14.fasta (28M .gz) chr14.fastq文件可以在GAGE下载 chr14.fasta文件可以在UCSC下载 软件的版本： bwa-0.7.17 gatk-4.0.2.1 samtools-1.5 试验过程 1.生成索引文件 bwa i...
BWA使用说明
热门推荐
小猪打呼噜
06-16 1万+
BWA使用说明
BWA and Bowtie
J_Fun的博客
03-02 1496
BWA——Burrows-Wheeler Aligner Installation 下载：http://sourceforge.net/projects/bio-bwa/files/ 压缩文件 解压缩：$tar xvfj bwa-0.7.12.tar.bz2 转至目录：$cd bwa-0.7.12 编译：$make 测试：$./bwa #正常情况下会出现帮助信息 Run
bwa基因比对程序
03-16
**BWA基因比对程序详解** BWA（Burrows-Wheeler Aligner）是由Heng Li开发的一种高效、准确的生物信息学工具，主要用于DNA序列与参考基因组之间的比对。在基因组研究中，BWA是广泛使用的比对软件之一，尤其在全基因...
bwa-benchmarks
03-18
请注意，要对BWA进行基准测试，应在测试EC2实例上下载并编译该应用程序的源。 BWA的源单独授权为GPL-3.0 如何使用此代码 Benchmark-userdata- [arch] .sh 要使EC2类型之间的基准测试自动化，最有效的方法是创建一...
bwa_pipeline
03-18
【标题】"bwa_pipeline" 是一个基于 Python 的生物信息学流程，主要用于基因组比对。这个流程利用了 BWA（Burrows-Wheeler Aligner）工具，它是一款高效的序列比对软件，广泛应用于全基因组测序数据的处理。 【描述...
BWA：丰富LTE的网络应用
01-19
为此，华为推出BWA（）解决方案，旨在满足LTE网络在不同场景对不同业务的承载需求，丰富的网络应用，提升用户体验。 　LTE+Wi-Fi：延伸Wi-Fi的应用场景近几年，智能终端得到了长足发展，其中，具有Wi-Fi功能的智能...
【C++&Python&Java】字符处理详细解读_字符_ASCLL码_字母数字转换_算法竞赛_开发语言
YLCHUP的博客
07-15 2293
C++和Python和Java三语言超全讲解，详细辨析字符的妙用。让你熟练玩转“字符”这一数据类型。快来看ヾ(•ω•`)o
智慧医院智能导诊系统源码，智慧导诊小程序源码，采用前端框架：Uniapp+后端框架：springboot+移动端：微信小程序、H5自主研发
baina666的博客
07-16 1139
智慧导诊系统是一种基于人工智能和大数据技术的医疗辅助系统，旨在提高患者的就医效率和医院的管理效率。以下是对智慧导诊系统的详细解析：定义与功能智慧导诊系统通过自然语言处理、机器学习等技术，自动分析患者的病情及伴随症状，并根据疾病类型和症状推荐合适的科室和医生，为患者提供精准的分诊服务。该系统能够帮助患者快速了解医院信息、科室布局、医生排班等情况，从而提高就医效率。
全局 loading
paopao_pop的博客
07-17 288
做项目中一直想用一个统一的 loading 状态控制全部的接口加载，但是一直不知道怎么处理，最近脑子突然灵光了一下想到了一个办法。估计大佬也看出来了，虽然是个方法，但是很不严谨。因为简单的计数法，会有出现负数的情况，甚至两个接口同时响应的情况（当然这种很极端）然后因为页面会有很多接口会同时触发接口调用，但是接口响应时间是不一定的，所以采用计数法处理，代码如下。我询问了后端大佬，给我提供了一种互斥锁的概念可以融入其中，所以出现了现在的最好版本。今天就这样，又是小白学习的一天，加油！
全新UI自助图文打印系统小程序源码/自助云打印机前后端源码
最新发布
12年全栈程序开发
07-17 227
这些服务覆盖了多种文件格式，包括文档、图片、表格等。除此之外，系统还集成了额外的特色功能，如美颜、换装以及文档打印等，以满足用户的不同需求。管理员可进管理后台对打印机进行管理。最新的自助图文打印系统和证件照云打印小程序源码采用了PHP作为后端开发语言，旨在为用户提供全面的自助打印服务。
bwa windows安装
06-05
BWA (Burrows-Wheeler Aligner) 是一种高效的基因序列比对工具，尤其适合短读长序列的比对。...5. **测试安装**：打开命令提示符（CMD或PowerShell），输入`bwa`，如果能够看到BWA的版本信息，说明安装成功。

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