2019/07/17_ATAC_Seq_1_FASTQ

今天开始ATAC-Seq 边学边分析总结。

首先说一下fastq 和fasta格式的不同和转换：转换用seqtk , 

用conda 安装seqtk, 然后转换：

seqtk seq -A larvae1_S1_L001_R1_001.fastq > larvae1_S1_L001_R1_001.fasta

 fasqa 不适合储存并且没有质量信息，所以我们无需转换，在这里直接用fastq格式。

gzip *

//压缩目录下的所有文件

gzip -d*

解压全部压缩包（很慢）

 

我拿到的是emily的数据， 格式为fastq.gz 先解压：

gzip -d larvae1_S1_L001_R1_001.fastq.gz

解压好的文件为：larvae1_S1_L001_R1_001.fastq

然后质控： 用了fastqc， 首先安装fastqc: 用conda 安装

conda install -y fastqc

安装后之后呢，开始质控：为了避免混乱，先建一个新的文件夹： qcOutdir

mkdir qcOutdir

fastqc larvae1_S1_L001_R1_001.fastq -t 2 -o qcOutdir

结果会出现在文件夹里。

对文件夹里的所有 larvae stage 的