2019/0904_chip-seq在识别组蛋白修饰位点中的作用

最新推荐文章于 2022-12-14 14:44:21 发布
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#组蛋白：（histone）是真核生物体细胞染色质与原核细胞中的碱性蛋白质，和DNA共同组成核小体结构。它们是染色质的主要蛋白质组分，作为DNA缠绕的线轴，并在基因调控中发挥作用. 所以组蛋白是在所有真核生物的细胞核中，与DNA 结合组成的碱性蛋白质的总称。组蛋白的基因非常保守。亲缘关系较远的种属中，四种组蛋白（H2A、H2B、H3、H4）氨基酸序列都非常相似。存在五个主要的组织蛋白家族： H1/H5，H2A，H2B，H3和H4。 组织蛋白H2A，H2B，H3和H4被称为核心组织蛋白（Core Histone），而组织蛋白H1/H5被称为连接组织蛋白（Linker Histone）。

组蛋白修饰（histone modification）是指组蛋白在相关酶作用下发生甲基化、乙酰化、磷酸化、腺苷酸化、泛素化、ADP核糖基化等修饰的过程。

组织蛋白进行翻译后修饰，以更改它与DNA及其他核蛋白的相互作用。组织蛋白H3及H4有着

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uqyuan0515
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数据原理——1、ChIP-seq
viola_的博客
06-10 6058
一、chip-seq（研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法） 一个染色质 1、调控染色质形态：组蛋白修饰、染色质重塑、DNA甲基化 2、作用机制 1、用交联剂，把与DNA互作的蛋白固定住，防止在两到三天的实验中，从染色质上脱落 2、用抗体识别并结合染色质上的靶蛋白 3、纯化富集靶蛋白 4、靶蛋白脱离下来 5、解交联，使蛋白和DNA分离 6、纯化DNA 7、得到所有与靶蛋白结合的DNA片段 3、三种类型组蛋白：组蛋白、转录因子 ①组蛋白与DNA的结合是结构性的，结合强度非常大，分度高，是最容易做的蛋白 ②
ChIP-seq基础入门
weixin_33976072的博客
08-18 1899
理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RNA结构变化等，而表观组研究的问题是在基因序列不变的情况下，基因的表达、调控和性状发生了可遗传变化的分子机制。也...
组蛋白ChIP-seq研究思路及应用案例分享
Igenebook的博客
12-14 2207
分享组蛋白ChIP-seq研究思路
一文读懂 ChIPseq
Baimoc
11-22 1万+
一、介绍 ChIP-seq，测序方法 ChIP 指染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）， seq 指的是二代测序方法 作用：识别蛋白质与DNA互相作用情况 原理：染色质免疫共沉淀 + 二代测序 应用：常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的研究 二、测序原理 1、使用甲醛将目标蛋白与染色质交联固定起来 2、从细胞裂解液分离基因组DNA，通过超声打断DNA为一定长度的小片段 3、添加与目标蛋白质特异的抗体，该抗体与目标蛋白形成免疫沉淀免疫结
易基因 | 表观技术：染色质结构构象与DNA互作：ChIP-seq、ATAC-seq
E_gene的博客
10-26 1088
大家好，这里是专注表观组学十余年，领跑多组学科研服务的易基因。 关于表观组学测序分析方法，此前已有关于DNA（羟）甲基化、RNA 甲基化介绍 常用的6种DNA甲基化测序方法，你知道几个？ 国自然选题：RNA甲基化测序技术（m6A m5C）正热门 今天一起来聊聊关于染色质结构构象与DNA互作的常用检测技术：ChIP-seq和ATAC-seq。 1、染色质免疫共沉淀测序技术（ChIP-Seq） 染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP)，是研究
hic-bench:一组用于Hi-C和ChIP-Seq分析的管道
04-28
而ChIP-Seq则用于定位蛋白质-DNA相互作用的位点，特别是在转录调控中起关键作用的组蛋白修饰和转录因子。 hic-bench 是一套专门针对这两种高通量测序数据分析的开源管道，旨在简化并优化数据分析流程。 HiC-Bench的...
BRACIL:ChIP-seq分析工具-开源
05-27
ChIP-seq技术是生物学领域中用于识别DNA与蛋白质相互作用位置的关键方法，特别是转录因子和组蛋白修饰。通过高通量测序，科学家能够获得蛋白质-DNA结合的详细信息，从而深入理解基因调控机制。 BRACIL的独特之处...
生物信息学数据分析 chip-seq
04-04
在生物信息学领域，CHIP-Seq（Chromatin ImmunoPrecipitation followed by high-throughput Sequencing，染色质免疫沉淀结合高通量测序）是一种广泛使用的实验技术，用于研究蛋白质-DNA相互作用，特别是转录因子和组...
SUPERmerge:宽组蛋白标记的ChIP-seq覆盖岛分析算法-开源
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SUPERmerge对于研究低样本量的ChIP-seq实验特别有用，在该实验中，表观遗传组蛋白修饰（例如H3K9me1，H3K27me3）产生固有的宽峰，信号富集的扩散范围跨越多个连续的基因组位点和带注释的特征。
图解表观遗传学 | 组蛋白修饰
Baimoc
11-22 1万+
一、组蛋白结构 在了解组蛋白修饰前，先复习一下幼儿园学过的组蛋白结构。 我们都知道在细胞核中的染色体是高度压缩的，而折叠时DNA缠绕的就是组蛋白。 将组蛋白区域放大，我们就会看到这样一串念珠，组蛋白被一根DNA序列串起来。 为了方便研究，我们将一个组蛋白和其附近 147bp DNA片段，叫一个核小体。也就是说， 核小体 = 组蛋白 + DNA(147bp) 把组蛋白拆开来，它其实有八个部分来构成： 组蛋白八聚体 = 2个H2B + 2个H2A + 2个H3 + 2个H4 下面是检测到的组蛋白三维结构
易基因｜染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)分析实验全流程
E_gene的博客
07-14 4914
染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和实验成功的关键问题等四方面详细介绍。手把手教你做染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)分析实验。
MACS2 peak calling实战
庐州月光的博客
03-22 5146
欢迎关注”生信修炼手册”!MACS是一款最为流行的peak calling软件，最初是针对转录因子的chip数据来设计的，在最新版本中，也添加了对组蛋白修饰的适配。目前最新版本为v2.0...
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fengzhibifang的博客
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使用MACS2进行差异peak分析
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欢迎关注”生信修炼手册”!MACS2作为使用最广泛的peak calling软件，在v2版本中添加了差异peak分析的功能，所有的子命令功能描述如下通过bdgdiff子命令来进行差异pe...
Chip-seq流程报告
生物医学信息学博客
02-01 3万+
实验旨在了解Chip-seq的基本原理。通过模仿文献《Targeting superenhancerassociated oncogenes in oesophageal squamous cell carcinoma》的流程，学会利用NCBI和EBI数据库下载数据，熟悉Linux下的基本操作，并使用R语言画图，用Python或者shell写脚本进行基本的数据处理，通过FastQC
ChIP-seq流程(MACS2 histone peaks)
闲敲棋子落灯花
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ChIP-seq（流程） 1，质量控制 基于FastQC和Trimmomatic： fastqc -t 5 input.fastq.gz java -jar ~/tools/Trimmomatic/Trimmomatic-0.36/trimmomatic-0.36.jar SE -threads 12 -phred33 -trimlog BSY-trim.log ENCFF000BS...
20190904_chip-seq/ ATAC-seq/DAP-seq 原理理解
uqyuan0515的博客
09-04 9802
染色质免疫共沉淀Chromatin Immunoprecipitation,ChIP 技术是指：在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。该技术是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。 它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特...
检查并解释代码：#!/bin/bash #bwa ID=$(cat ID_list.txt) sample=$(cat sample_list.txt) for /date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R "@RG\tID:${ID}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam in $ID $sample do echo $ /date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R "@RG\tID:${ID}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam done
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05-28
这是一个 Bash 脚本，用于运行 BWA 软件进行测序数据比对。下面是代码的解释和修正： ``` #!/bin/bash # 读取 ID 和样品名列表 ID=$(cat ID_list.txt) sample=$(cat sample_list.txt) # 循环运行 BWA 进行比对 for ID_sample in "${ID[@]} ${sample[@]}"; do # 运行 BWA，将比对结果存储为 SAM 文件 /date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R "@RG\tID:${ID_sample}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam # 输出 BWA 命令 echo "/date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R \"@RG\tID:${ID_sample}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}\" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam" done ``` 修正后的代码中，`ID` 和 `sample` 分别改为数组类型，循环变量 `ID_sample` 用于遍历两个数组。在循环中，运行 BWA 进行比对，将比对结果存储为 SAM 文件。同时，输出 BWA 命令，方便调试和排错。

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