2019/0904_chip-seq在识别组蛋白修饰位点中的作用

最新推荐文章于 2022-12-14 14:44:21 发布
最新推荐文章于 2022-12-14 14:44:21 发布
阅读量4.7k 收藏 8
点赞数 2
分类专栏： 知识点
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/uqyuan0515/article/details/100537325
版权

#组蛋白：（histone）是真核生物体细胞染色质与原核细胞中的碱性蛋白质，和DNA共同组成核小体结构。它们是染色质的主要蛋白质组分，作为DNA缠绕的线轴，并在基因调控中发挥作用. 所以组蛋白是在所有真核生物的细胞核中，与DNA 结合组成的碱性蛋白质的总称。组蛋白的基因非常保守。亲缘关系较远的种属中，四种组蛋白（H2A、H2B、H3、H4）氨基酸序列都非常相似。存在五个主要的组织蛋白家族： H1/H5，H2A，H2B，H3和H4。 组织蛋白H2A，H2B，H3和H4被称为核心组织蛋白（Core Histone），而组织蛋白H1/H5被称为连接组织蛋白（Linker Histone）。

组蛋白修饰（histone modification）是指组蛋白在相关酶作用下发生甲基化、乙酰化、磷酸化、腺苷酸化、泛素化、ADP核糖基化等修饰的过程。

组织蛋白进行翻译后修饰，以更改它与DNA及其他核蛋白的相互作用。组织蛋白H3及H4有着

最低0.47元/天 解锁文章
uqyuan0515
关注
  • 2
    点赞
  • 踩
  • 8
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 1
    评论
专栏目录
【方法篇】质谱手段分析组蛋白修饰类型
weixin_42373414的博客
12-28 2134
本文2220字，阅读需要7分钟 核小体是染色质最小单元结构，由147个碱基的折叠DNA和8聚体组蛋白组成，组蛋白功能是通过一系列各种蛋白翻译后修饰来进行调节。这些修饰对于核小体的完整性至关重要，因为这些修饰控制着染色质的结构以及招募各种基因调控、DNA损伤修复和染色体凝聚的酶。尽管大部分科学家通过抗体富集的手段对组蛋白修饰进行确定，但是这些方法也有自身的限制，比如通量低，对过度修饰蛋白有偏好，因抗原表位可能被修饰所覆盖。 组蛋白修饰 表观遗传学定义为是研究基因的核苷酸序列不发生改变的情况下，基因表达的可遗传
数据原理——1、ChIP-seq
viola_的博客
06-10 6065
一、chip-seq（研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法） 一个染色质 1、调控染色质形态：组蛋白修饰、染色质重塑、DNA甲基化 2、作用机制 1、用交联剂，把与DNA互作的蛋白固定住，防止在两到三天的实验中，从染色质上脱落 2、用抗体识别并结合染色质上的靶蛋白 3、纯化富集靶蛋白 4、靶蛋白脱离下来 5、解交联，使蛋白和DNA分离 6、纯化DNA 7、得到所有与靶蛋白结合的DNA片段 3、三种类型组蛋白：组蛋白、转录因子 ①组蛋白与DNA的结合是结构性的，结合强度非常大，分度高，是最容易做的蛋白 ②
组蛋白ChIP-seq研究思路及应用案例分享
Igenebook的博客
12-14 2239
分享组蛋白ChIP-seq研究思路
植物转录因子 ChIP-Seq 实战系列 - 原理方法篇
weixin_44681709的博客
05-03 1645
植物转录因子 ChIP-Seq 实战系列 - 原理方法篇
图解表观遗传学 | 组蛋白修饰
热门推荐
Baimoc
11-22 1万+
一、组蛋白结构 在了解组蛋白修饰前，先复习一下幼儿园学过的组蛋白结构。 我们都知道在细胞核中的染色体是高度压缩的，而折叠时DNA缠绕的就是组蛋白。 将组蛋白区域放大，我们就会看到这样一串念珠，组蛋白被一根DNA序列串起来。 为了方便研究，我们将一个组蛋白和其附近 147bp DNA片段，叫一个核小体。也就是说， 核小体 = 组蛋白 + DNA(147bp) 把组蛋白拆开来，它其实有八个部分来构成： 组蛋白八聚体 = 2个H2B + 2个H2A + 2个H3 + 2个H4 下面是检测到的组蛋白三维结构
hic-bench:一组用于Hi-C和ChIP-Seq分析的管道
04-28
而ChIP-Seq则用于定位蛋白质-DNA相互作用的位点，特别是在转录调控中起关键作用的组蛋白修饰和转录因子。 hic-bench 是一套专门针对这两种高通量测序数据分析的开源管道，旨在简化并优化数据分析流程。 HiC-Bench的...
BRACIL:ChIP-seq分析工具-开源
05-27
ChIP-seq技术是生物学领域中用于识别DNA与蛋白质相互作用位置的关键方法，特别是转录因子和组蛋白修饰。通过高通量测序，科学家能够获得蛋白质-DNA结合的详细信息，从而深入理解基因调控机制。 BRACIL的独特之处...
生物信息学数据分析 chip-seq
04-04
在生物信息学领域，CHIP-Seq（Chromatin ImmunoPrecipitation followed by high-throughput Sequencing，染色质免疫沉淀结合高通量测序）是一种广泛使用的实验技术，用于研究蛋白质-DNA相互作用，特别是转录因子和组...
SUPERmerge:宽组蛋白标记的ChIP-seq覆盖岛分析算法-开源
04-29
SUPERmerge对于研究低样本量的ChIP-seq实验特别有用，在该实验中，表观遗传组蛋白修饰（例如H3K9me1，H3K27me3）产生固有的宽峰，信号富集的扩散范围跨越多个连续的基因组位点和带注释的特征。
一文读懂 ChIPseq
Baimoc
11-22 1万+
一、介绍 ChIP-seq，测序方法 ChIP 指染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）， seq 指的是二代测序方法 作用：识别蛋白质与DNA互相作用情况 原理：染色质免疫共沉淀 + 二代测序 应用：常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的研究 二、测序原理 1、使用甲醛将目标蛋白与染色质交联固定起来 2、从细胞裂解液分离基因组DNA，通过超声打断DNA为一定长度的小片段 3、添加与目标蛋白质特异的抗体，该抗体与目标蛋白形成免疫沉淀免疫结
ChIP-seq基础入门
weixin_33976072的博客
08-18 1903
理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RNA结构变化等，而表观组研究的问题是在基因序列不变的情况下，基因的表达、调控和性状发生了可遗传变化的分子机制。也...
多尺度胶囊网络用于预测DNA-蛋白质绑定位点
zpj1997的博客
08-11 682
文章目录文章信息摘要生物学背景转录因子结合位点影响数据集模型构建框架实验结果 文章信息 原文：Multi-Scale Capsule Network for Predicting DNA-Protein Binding Sites 摘要 发现DNA-蛋白质结合位点，也称为模体发现，是进一步分析转录因子的基础。将卷积神经网络等深度学习算法引入到模体发现任务中，取得了较好性能。 但由于CNN的局限性，基于CNN的模体发现方法并没充分利用高通测序技术产生大规模测序数据。因此本文提出了多尺度胶囊网络架构（MSC)，
易基因｜染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)分析实验全流程
E_gene的博客
07-14 4944
染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和实验成功的关键问题等四方面详细介绍。手把手教你做染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)分析实验。
易基因｜ENCODE组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq数据标准及处理流程
E_gene的博客
07-15 1848
以表观组学研究中的ChIP-seq为例，ENCODEConsortium使用不同的表观基因组分析，并制定对应的分析方案和指南，具有绝对的权威和参考意义。组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤，但在信号和peakcalling方法以及随后的重复统计处理方面有所不同。组蛋白ChIP-seq和转录因子ChIP-seq的流程具有相同的比对步骤，但在信号和peakcalling方法以及随后的重复样本统计处理方面有所不同。表3转录因子ChIP-seq分析流程的inputs。...
Fpocket-预测蛋白结合位点
li1guangjun的博客
06-06 4171
Fpocket 预测蛋白质结合位点
易基因｜ChIP-seq分析方法：实用的工作流程和高级应用
E_gene的博客
07-19 3117
2020年03月，《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章，详细介绍了染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）的工作流程和高级应用。以下为原文总结分享：一、介绍（Introduction）染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白修饰分析（如增强子分析和全基因组染色质状态注释）可以系统分析表观基因组如何促进细胞身份(cell identity)、细胞发育、细胞谱系规...
CHIP-seq流程学习笔记（8）-使用MACS2 bdgdiff提取非生物学重复样本间差异peak进行注释
垚垚爸的博客
11-06 8324
参考文章： 使用MACS2进行差异peak分析 重点推荐：Call differential binding events MACS2作为使用最广泛的peak calling软件，在v2版本中添加了差异peak分析的功能，它的子命令功能如下： 1. 软件说明 # 用法说明： usage: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG [-C CUTOFF] [-l MINLEN] [-
20190904_chip-seq/ ATAC-seq/DAP-seq 原理理解
uqyuan0515的博客
09-04 9810
染色质免疫共沉淀Chromatin Immunoprecipitation,ChIP 技术是指：在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。该技术是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。 它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特...
检查并解释代码：#!/bin/bash #bwa ID=$(cat ID_list.txt) sample=$(cat sample_list.txt) for /date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R "@RG\tID:${ID}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam in $ID $sample do echo $ /date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R "@RG\tID:${ID}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam done
最新发布
05-28
这是一个 Bash 脚本，用于运行 BWA 软件进行测序数据比对。下面是代码的解释和修正： ``` #!/bin/bash # 读取 ID 和样品名列表 ID=$(cat ID_list.txt) sample=$(cat sample_list.txt) # 循环运行 BWA 进行比对 for ID_sample in "${ID[@]} ${sample[@]}"; do # 运行 BWA，将比对结果存储为 SAM 文件 /date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R "@RG\tID:${ID_sample}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam # 输出 BWA 命令 echo "/date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R \"@RG\tID:${ID_sample}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}\" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam" done ``` 修正后的代码中，`ID` 和 `sample` 分别改为数组类型，循环变量 `ID_sample` 用于遍历两个数组。在循环中，运行 BWA 进行比对，将比对结果存储为 SAM 文件。同时，输出 BWA 命令，方便调试和排错。
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值