yanailab- CEL-Seq2 pipeline

Install celseq2

git clone https://github.com/yanailab/celseq2.git

cd celseq2

pip install ./

在安装过程中总是会有报错，应该是依赖的软件版本问题。。。

Step-1: Specify Global Configuration of Workflow

第一步就是构建一个config file，内容包括参考基因组的索引路径，GFF3路径， barcodes 表的路径，bowtie2的路径，，，，

new-configuration-file -o /path/to/CEL-Seq2_config.yaml

vi 

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Step-2: Define Experiment Table

第二步构建实验设计表格，内容主要是barcodes 以及lanes. 官方例子：

SAMPLE_NAME	CELL_BARCODES_INDEX	R1	R2
wonderful_experiment1	1-9	path/to/lane1-R1.fastq.gz	path/to/lane1-R2.fastq.gz
wonderful_experiment2	10-18	path/to/lan