记和blast死磕的一天

在家办公耽搁了很多事情，上级催结果，慌忙把RNA-seq的分析结果交过去，然后我心心念念的gene-fusion拖了好久，gene-fusion的操作步骤，后面我做出来了就更新，现在先记录一个我今天遇到的俩大坑，有一个至今没有解决，渴望被解救。。。

因为做gene-fusion必须从ncbi下载blast的nt*、human_genomic*、other_genomic*的数据，我登录进数据库就真的惊呆了，ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/里面并没有human_genomic*、other_genomic*，这是我至今都搞不清楚的事情，四处百度谷歌都没找到答案。

我以为是我页面显示有问题，好吧，不是说blast+可以在线建库嘛，我就安装一个呗，反正就是下载解压缩，太容易了，详情参考大神：https://www.jianshu.com/p/08a77eee8943

安装好了，我就现场来一个update_blastdb.pl nt

结果报错：“error while loading shared libraries：libssl.so.0.0.1.....”，看截图：

亏的我还一顿conda libgcc安装，都不管用，后面黔驴技穷，吃点点心休息时候，猛然发现前面“/usr/bin/curl”,我忽然灵机一动，不对呀，我curl分明是安装在conda底下，不会在usr下面呀

于是，直接编辑perl文件，vi update_blastdb.pl

发现里面的 curl地址是默认（划线部分）的/usr/bin/curl替换成自己的路径就可以了，不懂得可以直接which perl

好吧，有一个坑已经出来了，还有一个，我也不懂了，就是perl update_blastdb.pl --showall可以看到所有库，按理说会有human_genomics和other_genomics，别的大神都是这么说的，我这里就不行，和我在线看到的文件一摸一样，截图如下：

难道是blastdb更新了？反正都说用tophat-fusion都要用blast的三个库，我只能找到一个，剩下的，就只好看一个能不能得到结果了，暴风哭泣。。。。。。

我特地去blast官网下载了最新的blastdbv5.pdf，官方在2020.2.14给出的数据库就上面截图那几个，而且blastn比对的数据库就是nt,用taxid限制分类human (taxid 9606)，命令：

blastn –db nt –query QUERY –taxids 9606 –outfmt 7 –out OUTPUT.tab

好，就我的认知范围，我认为nt就是涵盖了各物种，应该足够我得到我想要的gene-fusion，借平台祈求我今天能下载下数据，这两天可以跑出结果，再分享博文。

以上都是我的理解，渴望有哪个大神可以给我一点点提示，感激不尽，嘤嘤嘤

对了，透露一下，马上三十岁生日了，打算给自己送的生日礼物是：辞职重返校园，脱产读博四年。。。。特别希望有人能够给我这种大妈级别读博的人一点建议，哪怕嘲笑一下我的智商也行。特别要在线感谢老公独自扛住还房贷、养孩子的所有压力，还有我亲娘承担我这四年所有开销，你们都辛苦了，会更加爱你们哟！！！！