Blast简介

最新推荐文章于 2025-03-16 16:41:01 发布
最新推荐文章于 2025-03-16 16:41:01 发布
阅读量4.8k 收藏 36
点赞数 5
分类专栏： 复杂网络
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_40663313/article/details/107686990
版权

一、什么是Blast

balst是NCBI中用来将一个蛋白质或DNA序列和各种数据库中的其他序列进行比对的主要工具。Blast探索是研究一个蛋白质和基因的最基本方法之一。

二、Blast的运用

  • 确定特定的蛋白质或核酸序列有哪些直系同源或旁系同源序列
  • 确定哪些蛋白质和基因在特定物种中出现
  • 确定一个DNA或蛋白质序列身份
  • 发现新基因
  • 确定一个特定基因或蛋白质有哪些已经发现的变种
  • 研究可能存在多种剪切方式的表达基因序列
  • 寻找对于一个蛋白质的功能或结构起关键作用的氨基酸残基

ncbi blast MATLAB,NCBI-BLAST在线使用教程详细攻略（图解）
weixin_32769015的博客
03-24 9289
NCBI-BLAST在线使用教程详细攻略(图解)BLAST是“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment Search Tool)的缩写。是由美国国立生物技术信息中心(NCBI)开发的一个基于序列相似性的数据库搜索程序。该程序将DNA/蛋白质序列与公开数据库所有序列进行匹配比对，从而找到相似序列。BLAST功能是什么？BLAST可用于推断序列之间的功能和进化关系，以及帮助...
Blast
10-25
Blast
生物信息学（3）——双序列比对之BLAST算法简介
baidu_41860619的博客
06-20 1万+
1. BLAST算法简介 动态规划算法如生物信息学（1）与生物信息学（2）两篇提到的NW与SW算法肯定能得到最优解（最优分为全局最优与局部最优），但是要计算一个庞大的得分矩阵。随着序列的增长，复杂度会平方级别的升高。因此，时间开销和空间开销就会很大。动态规划需要计算出(seq1+1)×(seq2+1)大小的矩阵，但绝大多数数字其实在回溯时是没有用到的，如果能够只计算最终回溯路径附近的一些单元的话，与整个矩阵全部算完，效果近似。 从一个局部来启发，找到一个方法贴近回溯路径，即找到大概会在什么地方匹配，然后顺着
BLAST比对
最新发布
大甘的博客
03-16 1757
BLAST（Basic Local Alignment Search Tool，基本局部比对搜索工具）是一种广泛用于生物信息学的序列比对算法，主要用于核酸或蛋白质序列在数据库中的搜索与比对。通过**索引表（Hash Table）**快速查找候选区域，避免直接进行全局比对。如果你的查询序列是蛋白，但目标数据库是DNA（将DNA翻译后比对），使用。**HSP（高得分片段对）**是指具有较高匹配得分的局部比对区域。如果你的查询序列是DNA但要比对蛋白数据库（先翻译再比对），使用。
生物序列局部比对之Blast算法
huangliangbo的专栏
11-06 2万+
生物序列局部比对之Blast算法 (2012-05-26 22:01:38) 转载▼ 标签： 杂     算法基本原理 Blast算法是1990年由Altschul等人提出的两序列局部比对算法，采用了一种短片段匹配算法和一种有效的统计模型来找出目的序列和数据库之间的最佳局部比对效果。Blast算法是一种基于局部序列比对的序列比对算法。广泛
生信入门：使用blast进行物种鉴定
2401_89507431的博客
12-20 3094
BLAST是一种强大的生物序列比对工具，用于在蛋白质或DNA数据库中寻找相似性。它包括多种搜索策略，如blastn、blastp等，适用于不同序列类型的比对。BLAST可用于物种鉴定、基因家族成员鉴定以及功能和进化关系的推断。安装BLAST后，可以通过makeblastdb创建数据库，然后使用不同的BLAST工具进行序列比对。BLAST结果的解读主要依据E值、一致性和缺失/插入等指标。对于全基因组数据中难以直接提取的基因，可以利用BLAST建立本地库进行比对，以辅助基因鉴定。
生物序列的同源性搜索－blast简介及其应用.pptx
10-05
在这个过程中，【BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）】是一个广泛使用的工具，它是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的。 【相似性】指的是两个生物序列在特定区域的匹配程度，通常以百分比表示。...
blast简介及其应用
02-19
【Blast简介】 Blast，全称为Basic Local Alignment Search Tool，是由美国国立生物技术信息中心（NCBI）开发的一种序列比对工具，主要用于在生物序列数据库中寻找与查询序列相似的序列。Blast的核心原理是通过快速...
BLAST简介、算法及应用
04-25
### BLAST简介、算法及应用 #### BLAST算法简介 BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种基于成对局部序列比对的数据库相似性搜索工具，由Altschul等人在1990年提出。它能够高效地比较查询序列与数据库...
生物序列的同源性搜索及其应用：Blast简介和工具掏析
其中，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的软件工具，用于在数据库中进行序列相似性搜索。BLAST具有高效的算法和准确的结果，广泛应用于基因组学、蛋白质组学等领域。 在生物序列的同源性搜索...
Blast 几种方法的具体用法以及含义
m0_50889751的博客
08-28 4089
Blast 方法
生信入门：序列比对之ncbi_blast在线使用
hgz2020的博客
08-13 4619
blast
生信入门：序列比对之blast在线和本地使用
m0_46757774的博客
04-02 4万+
主要内容 1 背景 2 在线blast 3 本地blast 3.1 老版本blast 3.2 新版本blast 背景 序列比对（Sequence Alignment）的基本问题是比较两个或两个以上序列的相似性。 blast作为一种序列相似性比对工具，是生物信息分析最常用的一款软件，必须掌握。不管是做两序列相似性的简单比对，还是引物特异性、序列的来源等个性化分析，都会用到blast比对。许...
NCBI的NT库比对——blastn
weixin_44616693的博客
10-06 9882
Nt库比对
ncbi blast MATLAB,NCBI在线版Blast使用（超详细奥）
weixin_42541463的博客
03-24 2576
首先进行Blast类型的选择：blastp:将待查询的蛋白质序列及其互补序列一起对蛋白质序列数据库进行查询；blastn:将待查询的核酸序列及其互补序列一起对核酸序列数据库进行查询；blastx:先将待查询的核酸序列按六种可读框架(逐个向前三个碱基和逐个向后三个碱基读码)翻译成蛋白质序列，然后将翻译结果对蛋白质序列数据库进行查询；tblastn:先将核酸序列数据库中的核酸序列按六种可读框架翻译成蛋...
Blast安装及使用-Blast+2.14.0（bioinfomatics tools-001）
weixin_44874487的博客
02-21 8049
BLAST一般在国内生物信息学专业教材中数据库和序列比对相关章节，并且众多生物化学和分子生物学教材中基因组与比较基因组学相关内容也已单独成章。通过测序获得基因、甚至基因组序列，也已成为分子生物学实验室的常规实验方法。
轻松理解BLAST搜索原理
weixin_46432623的博客
04-14 9794
BLAST: Basic Local Alignment Search Tool 基于局部比对搜索工具 （基于北京大学的生物信息学课程总结） 序列比对一般使用动态规划算法 (Simith-waterman 算法) 来实现， 对于两两比对(pairwise-alignment)而言，大O时间为Cmn (c为常量，表示单位操作时间， m， n分别为序列长度)。 如果使用动态规划算法比对数据库中的每一条...
blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx的区别与用法
热门推荐
weixin_41796972的博客
09-12 9万+
blastn：是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较； Blastp：是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较，可以寻找较远的关系； Blastx：将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与蛋白质数据库中的序列进行比对，对分析新序列和EST很有用； Tblastn：将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列（双链）按不同的阅读框进行比对，对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值