MultiVI NaN in latent representation

在scvi-tools的MultiVI教程中,针对unpaired scRNA-seq和scATAC-seq数据的处理存在局限。在遇到fully paired多组学数据时,原始代码无法正常运行。经过在GitHub上提问,开发者Adam Gayoso迅速回应并提供了修正方案,成功解决了fully paired数据的运行问题。
摘要由CSDN通过智能技术生成

scvi-tools开发者提供的这个tutorial(https://docs.scvi-tools.org/en/stable/tutorials/notebooks/MultiVI_tutorial.html)里面给的是scRNA-seq和scATAC-seq存在unpaired数据时的处理情况,对于都是paired的数据是不能正确运行的。我在github上提出问题之后,scVI-tools的开发者Adam Gayoso立即对我的问题进行解答,非常感谢Adam Gayoso,不厌其烦帮我解决了fully paired多组学数据的运行问题,以下是正确的运行代码:

import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns
import numpy as np
import pandas as pd
import os
import scanpy as sc
import scvi
from os.path import join
import anndata as ad
import metrics
scvi.settings.seed = 420

data_root = '/home/user/JupyterNotebook/Seurat'
RNA = pd.read_csv(join(data_root, 'Demo/Demo_rna_intersect_dc.tsv'),sep='\t')
RNA.head()

RNA_T=RNA.T
X=RNA_T.values
obs=pd.DataFrame()
var=pd.DataFrame()
var.index=RNA.index.tolist()
obs.index=RNA_T.index.tolist()
obs.index.name='barcode'
obs['batch_id']= 1
var
  • 0
    点赞
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值