Python R分别读取.h5ad文件

hyena_7

已于 2022-06-01 09:59:58 修改

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分类专栏： R Python 文章标签： python r语言开发语言

于 2022-02-22 13:27:02 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/watermel__/article/details/123066041

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本文比较了Python和R语言读取.h5ad文件的便利性，指出Python在处理这类文件时更为简便。

摘要由CSDN通过智能技术生成

1.Python读取.h5ad文件（比R方便）

import anndata
import pandas as pd
adata=anndata.read("/home/R/R_data/Seurat/PBMC10/output/adata.h5ad")
#adata.X.todense()#将稀疏矩阵转成普通矩阵
#X=pd.DataFrame(adata.X.todense())
#cell_name=adata.obs.index
#chr_name=adata.var.index
#X.index=cell_name
#X.columns=chr_name
#X=X.T #行为peak,列为cell
#X.to_csv('/home/R/R_data/Seurat/PBMC10/output/SCALE_ATAC.tsv',sep='\t')