物种累积曲线( species accumulation curves)用于衡量和预测群落中物种丰富度随样本量扩大而增加的幅度,在生物多样性和群落调查中,被广泛用于判断样本量是否充分的并估计群落丰富度。
一般而言,在样本量较少的情况下,随着样本数量的增加,将有较大可能性发现大量新的物种,此时曲线呈急剧上升状态;当样本数量已经较大时,此时群落中的ASV/OTU总数将不再随着样本数量增加而显著增加,曲线将趋于平缓。
因此,通过物种累积曲线可以判断样本量是否充分:若曲线始终保持上升趋势,则表明样本量不足,反之,则表明样本量已足以反应群落的物种组成。在样本量充分的前提下,运用物种累积曲线还可以对物种丰富度进行预测。
下面小编使用R脚本,vegan包对ASV/OTU丰度矩阵中每个样本所对应的SAV/OTU总数绘制specaccum物种累计曲线。
1.调用vegan包,读取物种数据;
library(vegan)
otu <- read.delim('feature-table_taxonomy.txt', row.names = 1, sep = '\t'<