R语言绘制生存曲线图

本文介绍了如何使用R语言的KMunicate包绘制生存曲线图,即Kaplan-Meier图。通过详细步骤,包括下载包、导入数据、拟合曲线、自定义绘图参数,展示了生成生存曲线的过程。此外,还提到了如何通过ggplot2进行个性化设置,以及如何添加注释,适合对生信绘图感兴趣的读者参考。
摘要由CSDN通过智能技术生成

R语言绘制生存曲线图

KMunicate是支持按照Morris等人的KMunicate研究推荐的方式生成Kaplan-Meier图. 1958年,Edward L. Kaplan 和Paul Meier也首次在临床研究中提出了生存曲线的概念,又被称作Kaplan-Meier曲线,主要用来对各组患者的生存状况进行描述生存曲线,是最常用图片之一,旨在描述各组患者的生存状况。

代码如下:

1.下载KMunicate包并导入

BiocManager::install("KMunicate")
library(KMunicate)

2.使用KMunicate包里自带的数据集 brcancer

data("brcancer", package = "KMunicate")
str(brcancer)

3.使用survival包中的 survfit 函数拟合 Kaplan-Meier 曲线

fit <- survfit(Surv(rectime,censrec) ~ 1,data =brcancer)
fit

4.定义绘图的水平轴,例如在时间零和最大观察时间之间定义 4个等距间隔。

pt <- seq(0,max(brcan
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